More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0792 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  100 
 
 		 331 aa  665    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0815  DNA-binding transcriptional regulator FruR  99.09 
 
 		 354 aa  659    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0826  DNA-binding transcriptional regulator FruR  97.58 
 
 		 331 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.751385 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4401  DNA-binding transcriptional regulator FruR  94.86 
 
 		 331 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  77.74 
 
 		 331 aa  513  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.723307  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0953  fructose repressor FruR, putative  74.39 
 
 		 331 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0820  DNA-binding transcriptional regulator FruR  74.62 
 
 		 331 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.193508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1582  DNA-binding transcriptional regulator FruR  67.99 
 
 		 329 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18230  DNA-binding transcriptional regulator FruR  68.29 
 
 		 329 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0329354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0785  DNA-binding transcriptional regulator FruR  62.5 
 
 		 330 aa  388  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12180  DNA-binding transcriptional regulator FruR  63.41 
 
 		 330 aa  378  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382176  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000221  fructose repressor FruR LacI family  49.85 
 
 		 326 aa  311  9e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05957  DNA-binding transcriptional regulator FruR  49.85 
 
 		 331 aa  311  1e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0089  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.29 
 
 		 325 aa  300  2e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2649  DNA-binding transcriptional regulator FruR  50.76 
 
 		 337 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.30336  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3791  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.45 
 
 		 334 aa  286  4e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0626  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.11 
 
 		 334 aa  285  5e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.800956  normal  0.256043 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3603  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.85 
 
 		 334 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0750  DNA-binding transcriptional regulator FruR  48.35 
 
 		 334 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00081  DNA-binding transcriptional dual regulator  46.69 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0086  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.69 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0088  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.69 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.936017 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3577  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.69 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0073  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.69 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0082  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.69 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00080  hypothetical protein  46.69 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0085  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.69 
 
 		 334 aa  280  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3520  transcriptional regulator, LacI family  46.69 
 
 		 334 aa  279  4e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.39 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000945493 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0134  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.39 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.118856 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.39 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.15013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0135  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.39 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3550  DNA-binding transcriptional regulator FruR  48.02 
 
 		 327 aa  277  2e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0127  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.39 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3399  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.11 
 
 		 336 aa  275  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3529  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.11 
 
 		 336 aa  275  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0452  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.48 
 
 		 326 aa  275  8e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2929  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.11 
 
 		 336 aa  274  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0598  DNA-binding transcriptional regulator FruR  46.81 
 
 		 334 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0636  DNA-binding transcriptional regulator FruR  47.11 
 
 		 334 aa  272  6e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4207  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 347 aa  156  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2023  LacI family transcription regulator  29.43 
 
 		 338 aa  155  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072894 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2909  sucrose operon repressor  30.91 
 
 		 335 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00007545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3596  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 339 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0347  transcriptional regulator, LacI family  30.34 
 
 		 339 aa  146  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.427458  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0391  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.133972  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02609  hypothetical protein  32.42 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3759  transcriptional regulator, LacI family  30.38 
 
 		 339 aa  139  7.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.899629  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02648  L-fuculose phosphate aldolase  31.96 
 
 		 314 aa  137  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3916  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2811  regulatory protein LacI  31.02 
 
 		 412 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0874  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 339 aa  122  9e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.415502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.03 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  25.16 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.15 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  26.32 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  29.72 
 
 		 348 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  29.55 
 
 		 334 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  28.21 
 
 		 326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3944  transcriptional regulator, LacI family  27.66 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.912483  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  23.72 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  34.95 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  28.96 
 
 		 342 aa  117  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3640  regulatory protein LacI  27.88 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4042  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.48 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4614  transcriptional regulator, LacI family  29.22 
 
 		 352 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.995462 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  27.78 
 
 		 336 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  36.1 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  24.84 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  31.84 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  24.27 
 
 		 342 aa  109  5e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  30.2 
 
 		 347 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5308  transcriptional regulator, LacI family  27.36 
 
 		 352 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1892  transcriptional regulator, LacI family  26.38 
 
 		 345 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1826  catabolite control protein A  26.71 
 
 		 329 aa  106  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000092301  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0604  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00243454  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1791  catabolite control protein A  26.71 
 
 		 329 aa  106  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.42313  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  26.58 
 
 		 334 aa  106  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  31.22 
 
 		 328 aa  105  7e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.5 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  27.56 
 
 		 342 aa  105  9e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6362  transcriptional regulator, LacI family  28.81 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.97 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  32.04 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1086  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.35 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.2 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1148  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.48 
 
 		 336 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.907007  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1186  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.58 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0999  LacI family transcription regulator  26.58 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1002  LacI family transcription regulator  26.58 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1164  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  26.58 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1853  LacI family transcription regulator  28.03 
 
 		 340 aa  103  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0619869  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  23.49 
 
 		 340 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  26.84 
 
 		 340 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  25.62 
 
 		 340 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0239  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.89 
 
 		 351 aa  103  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.547484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>