More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0698 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  93.77 
 
 		 305 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  91.48 
 
 		 305 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  85.25 
 
 		 304 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  65.28 
 
 		 315 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  65.62 
 
 		 294 aa  392  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  55.6 
 
 		 286 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 309 aa  254  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  49.13 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 307 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  46.53 
 
 		 309 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 292 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  41.2 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  41.03 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 288 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 288 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 288 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  41.05 
 
 		 288 aa  199  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.32 
 
 		 318 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  40.6 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  38.78 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  40.48 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.6 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.44 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.89 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 294 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.08 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.73 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.73 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.73 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.73 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  39.1 
 
 		 295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 292 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.03 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 295 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 295 aa  169  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 310 aa  168  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 311 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 320 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 320 aa  162  9e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 399 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.42 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.42 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>