More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1646 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1646  putative outer membrane lipoprotein  100 
 
 
194 aa  405  1e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79512  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1917  putative outer membrane lipoprotein  97.41 
 
 
193 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3244  putative outer membrane lipoprotein  78.31 
 
 
191 aa  320  8e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2707  putative outer membrane lipoprotein  79.79 
 
 
194 aa  317  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2784  putative outer membrane lipoprotein  79.79 
 
 
194 aa  317  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2565  putative outer membrane lipoprotein  69.31 
 
 
190 aa  294  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.159761  hitchhiker  0.000144355 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2454  putative outer membrane lipoprotein  69.31 
 
 
190 aa  294  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00195047  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2451  putative outer membrane lipoprotein  69.31 
 
 
190 aa  294  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  5.18421e-09 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2771  putative outer membrane lipoprotein  71.05 
 
 
189 aa  286  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.805322  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2431  putative outer membrane lipoprotein  74.07 
 
 
191 aa  286  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1472  putative outer membrane lipoprotein  71.05 
 
 
188 aa  283  1e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000135569  normal  0.0170642 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2473  putative outer membrane lipoprotein  71.05 
 
 
188 aa  283  1e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.303091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3313  putative outer membrane lipoprotein  71.05 
 
 
188 aa  283  1e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0116683  normal  0.115135 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2324  putative outer membrane lipoprotein  71.05 
 
 
188 aa  283  1e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669952 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2313  putative outer membrane lipoprotein  71.05 
 
 
188 aa  283  1e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.871525  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0783  putative outer membrane lipoprotein  71.05 
 
 
188 aa  283  1e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02064  hypothetical protein  71.05 
 
 
188 aa  283  1e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02105  predicted peptidase, outer membrane lipoprotein  71.05 
 
 
188 aa  283  1e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1482  NLP/P60 protein  71.05 
 
 
188 aa  283  1e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736883  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2335  putative outer membrane lipoprotein  75.77 
 
 
191 aa  282  2e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1501  putative outer membrane lipoprotein  79.52 
 
 
172 aa  278  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2363  putative outer membrane lipoprotein  74.31 
 
 
147 aa  240  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.43067e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2408  putative outer membrane lipoprotein  74.31 
 
 
147 aa  240  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  2.10623e-05 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0391  NlpC/P60 family protein  46.2 
 
 
195 aa  158  5e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4200  NLP/P60 protein  50.39 
 
 
156 aa  144  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0063  NLP/P60 protein  45.45 
 
 
164 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.694655  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0062  NLP/P60 protein  45.45 
 
 
154 aa  139  4e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4296  NLP/P60 protein  45.65 
 
 
164 aa  137  8e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.346407  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0058  NLP/P60 protein  45.65 
 
 
164 aa  137  8e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0061  NLP/P60 family lipoprotein  44.06 
 
 
154 aa  136  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0052  NLP/P60 protein  44.06 
 
 
154 aa  134  7e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00304715  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0063  NLP/P60 protein  43.36 
 
 
159 aa  133  1e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.56196e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0061  NLP/P60 protein  43.36 
 
 
159 aa  133  1e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  4.1841e-08 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0059  NLP/P60 protein  43.36 
 
 
159 aa  133  1e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.560848  hitchhiker  0.000388338 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1293  NLP/P60  45.11 
 
 
205 aa  133  2e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0496746  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0958  NLP/P60 protein  37.57 
 
 
167 aa  132  4e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.414472  normal  0.258055 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1142  lipoprotein NlpC  52.25 
 
 
166 aa  131  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0142689  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1628  NLP/P60 protein  51.64 
 
 
155 aa  130  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3902  NLP/P60 protein  44.54 
 
 
171 aa  130  1e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4872  NLP/P60 protein  45.04 
 
 
183 aa  130  1e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1592  NLP/P60  47.9 
 
 
171 aa  130  2e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.098676  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1118  NLP/P60 protein  45.45 
 
 
189 aa  129  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.579853  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2605  NlpC/P60 family lipoprotein  48.82 
 
 
143 aa  127  7e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1838  NLP/P60 protein  48.82 
 
 
154 aa  127  9e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1732  NlpC/P60 family lipoprotein  48.82 
 
 
154 aa  127  9e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2466  NLP/P60 protein  48.82 
 
 
162 aa  127  9e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.291366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2161  NLP/P60 protein  49.61 
 
 
154 aa  127  1e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4465  NLP/P60 protein  45.38 
 
 
150 aa  125  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1657  NLP/P60 protein  50 
 
 
154 aa  125  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.983654  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2772  NLP/P60 protein  48.03 
 
 
157 aa  125  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02243  hypothetical protein  49.57 
 
 
162 aa  124  9e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1830  NlpC (ORF-17)  46.46 
 
 
154 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1471  hypothetical protein  46.46 
 
 
154 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.235317  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2002  putative lipoprotein nlpC  46.46 
 
 
154 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.303201 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1454  putative lipoprotein nlpC  46.46 
 
 
154 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297729  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1438  NlpC (ORF-17)  46.46 
 
 
154 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0813186 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3992  NLP/P60 protein  47.46 
 
 
196 aa  122  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  8.56339e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1912  lipoprotein, NlpC/P60 family  46.46 
 
 
154 aa  122  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1788  NlpC/P60 family lipoprotein  46.46 
 
 
154 aa  122  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1482  NlpC/P60 family lipoprotein  46.46 
 
 
154 aa  122  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2426  lipoprotein, NlpC/P60 family  46.46 
 
 
154 aa  122  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1927  NlpC/P60 family lipoprotein  46.46 
 
 
154 aa  122  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00858399  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1734  NLP/P60 protein  43.84 
 
 
154 aa  121  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0069  NLP/P60 family lipoprotein  46.15 
 
 
148 aa  121  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01677  predicted lipoprotein  45.67 
 
 
154 aa  120  1e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1923  NLP/P60 protein  45.67 
 
 
154 aa  120  1e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.468553 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01666  hypothetical protein  45.67 
 
 
154 aa  120  1e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0178073  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1934  NLP/P60 protein  45.67 
 
 
154 aa  120  1e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0636747  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0595  NLP/P60 protein  34.15 
 
 
201 aa  120  1e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3689  NLP/P60 family lipoprotein  44.07 
 
 
179 aa  119  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2584  NLP/P60 protein  34.02 
 
 
205 aa  118  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.416294  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1014  NLP/P60 protein  40.16 
 
 
211 aa  118  6e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1387  putative lipoprotein  43.51 
 
 
162 aa  118  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0376898  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0428  NLP/P60 protein  43.65 
 
 
173 aa  116  2e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1267  NLP/P60 protein  34.95 
 
 
214 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.206085 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1746  NLP/P60 protein  37.04 
 
 
203 aa  111  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1669  NLP/P60 protein  35.07 
 
 
214 aa  111  8e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1637  NLP/P60  34.62 
 
 
226 aa  110  1e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.58461  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0427  NLP/P60 protein  39.85 
 
 
240 aa  110  1e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0791  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)-like  34.04 
 
 
221 aa  110  2e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1227  NLP/P60 protein  40.82 
 
 
214 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4049  NLP/P60 protein  35.44 
 
 
212 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1274  NLP/P60 protein  43.64 
 
 
207 aa  107  7e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.951335  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2178  NLP/P60 protein  44.44 
 
 
193 aa  107  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48800  hypothetical protein  32.65 
 
 
205 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.040428  hitchhiker  4.4472e-09 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0230  NLP/P60 protein  42.02 
 
 
188 aa  106  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.382299 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0897  NLP/P60 family protein  38.97 
 
 
231 aa  105  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.624146  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2739  NLP/P60 protein  41.46 
 
 
216 aa  105  5e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.232039  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  43.44 
 
 
183 aa  103  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3056  NLP/P60 protein  47.27 
 
 
347 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  6.88808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4180  hypothetical protein  33.15 
 
 
193 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000520752  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1344  NLP/P60 protein  42.37 
 
 
207 aa  102  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1201  NLP/P60  39.29 
 
 
169 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0170  NLP/P60 protein  36.88 
 
 
184 aa  102  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2940  NLP/P60 protein  41.82 
 
 
265 aa  101  8e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  1.04581e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2142  NLP/P60  36.13 
 
 
226 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0634754  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3684  NLP/P60  33.49 
 
 
242 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.49515  hitchhiker  0.00130241 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1368  NLP/P60 protein  44.55 
 
 
346 aa  100  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00025517  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3368  NLP/P60 protein  46.02 
 
 
246 aa  99.4  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.776928  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33170  NLP/P60 family lipoprotein  34.29 
 
 
173 aa  98.6  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0857869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>