More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2248 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
189 aa  385  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  95.77 
 
 
189 aa  370  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  87.3 
 
 
189 aa  340  7e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  87.3 
 
 
189 aa  324  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3549  RNA polymerase sigma factor  85.71 
 
 
189 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1915  RNA polymerase sigma factor  81.48 
 
 
189 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35016  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  60.11 
 
 
203 aa  232  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  58.47 
 
 
203 aa  231  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  58.47 
 
 
203 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  58.79 
 
 
207 aa  230  1e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  57.3 
 
 
203 aa  227  9e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0093  RNA polymerase sigma factor  58.47 
 
 
203 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3056  RNA polymerase sigma factor  56.28 
 
 
203 aa  221  3e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331913  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0297  RNA polymerase sigma factor  38.92 
 
 
188 aa  133  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240758 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2428  RNA polymerase  39.66 
 
 
178 aa  117  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.994959  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
192 aa  112  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3432  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.59 
 
 
220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.599905  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00212  RNA polymerase sigma-E factor  37.16 
 
 
193 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.51 
 
 
203 aa  107  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.75 
 
 
190 aa  107  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3423  RNA polymerase sigma factor  33.14 
 
 
191 aa  105  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2585  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.21 
 
 
197 aa  104  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0700634  normal  0.0127653 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3783  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.58 
 
 
198 aa  103  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.374124  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3991  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.12 
 
 
186 aa  102  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75873  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.36 
 
 
191 aa  101  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0350  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.02 
 
 
196 aa  101  7e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0293923 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1648  FecI-like sigma-24  33.15 
 
 
199 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182446  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3699  sigma-24 (FecI-like)  35.75 
 
 
203 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0644917  normal  0.86875 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1133  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
195 aa  99.4  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.74 
 
 
215 aa  99  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.239395 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0090  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
212 aa  99  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000230493  normal  0.0688251 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2171  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.74 
 
 
271 aa  98.2  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.09 
 
 
222 aa  98.2  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2016  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.39 
 
 
225 aa  97.8  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0072  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.54 
 
 
179 aa  97.8  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.44538  normal  0.0452866 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.09 
 
 
184 aa  97.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0184  RNA polymerase sigma factor  31.69 
 
 
203 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0696  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.89 
 
 
211 aa  96.7  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000147428  decreased coverage  0.0000446652 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
232 aa  95.9  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.71 
 
 
189 aa  96.3  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
209 aa  95.1  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2038  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
205 aa  95.1  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.304694  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.51 
 
 
209 aa  94  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3852  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.98 
 
 
189 aa  92.8  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2320  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  26.09 
 
 
213 aa  92.8  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.213027  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1685  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.84 
 
 
205 aa  92.4  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  32.76 
 
 
285 aa  91.7  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0342  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.32 
 
 
196 aa  92  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.5 
 
 
283 aa  91.7  5e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3669  sigma-70 region 2  32.08 
 
 
182 aa  91.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.59 
 
 
198 aa  91.3  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.76 
 
 
292 aa  91.3  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0606  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.9 
 
 
194 aa  91.7  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.189337 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.32 
 
 
205 aa  91.3  7e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.76 
 
 
288 aa  91.3  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1084  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.39 
 
 
194 aa  90.1  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.87 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3909  sigma-24 (FecI-like)  32.5 
 
 
182 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0477634  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26600  RNA polymerase sigma factor  32.61 
 
 
194 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.293886  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
205 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.53 
 
 
220 aa  89.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.22 
 
 
202 aa  90.1  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.26 
 
 
223 aa  90.1  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1474  ECF sigma factor  33.33 
 
 
188 aa  89.4  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0463  sigma factor  33.33 
 
 
193 aa  89.4  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0982  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.27 
 
 
185 aa  89.4  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.614695  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.75 
 
 
179 aa  89  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1521  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.18 
 
 
190 aa  89  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.316828 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4228  sigma-24 (FecI-like)  30.82 
 
 
182 aa  89  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
199 aa  89  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
210 aa  89  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
392 aa  88.6  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4271  sigma-24 (FecI-like)  33.16 
 
 
209 aa  88.6  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1825  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.63 
 
 
182 aa  88.6  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0355081  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.69 
 
 
234 aa  88.6  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3071  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.9 
 
 
184 aa  88.6  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0966901  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0087  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.54 
 
 
179 aa  88.2  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2258  RNA polymerase sigma factor  32.4 
 
 
211 aa  88.2  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.149667  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.88 
 
 
200 aa  88.2  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4574  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.76 
 
 
189 aa  87.8  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2361  RNA polymerase sigma-E factor sigma-24 homolog transcription regulator protein  31.79 
 
 
213 aa  87.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.168688 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0697  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  31.03 
 
 
227 aa  87  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40387  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
199 aa  87.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6530  RNA polymerase ECF-type sigma factor  30.86 
 
 
182 aa  87  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
199 aa  87.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
199 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
199 aa  87  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.61 
 
 
199 aa  86.7  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
199 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  32.6 
 
 
241 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>