51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0086 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  100 
 
 
81 aa  164  3e-40  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  47.95 
 
 
87 aa  71.6  3e-12  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  decreased coverage  0.00778138 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1181  Like-Sm ribonucleoprotein core  42.47 
 
 
87 aa  68.2  4e-11  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00764274  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  40.58 
 
 
72 aa  68.2  4e-11  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0736  like-Sm ribonucleoprotein, core  43.84 
 
 
100 aa  63.5  9e-10  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0227658  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10966  small nuclear ribonucleoprotein SmF, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15500)  40.79 
 
 
88 aa  63.2  1e-09  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0013173  normal  0.021031 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  37.68 
 
 
72 aa  60.8  5e-09  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2102  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  38.67 
 
 
86 aa  60.1  1e-08  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  43.48 
 
 
71 aa  59.7  1e-08  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03220  mRNA processing-related protein, putative  44.78 
 
 
87 aa  60.1  1e-08  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10719  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G06325)  37.5 
 
 
80 aa  58.9  2e-08  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  6.82628e-11 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1974  like-Sm ribonucleoprotein core  37.31 
 
 
86 aa  57  9e-08  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.470211  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34727  predicted protein  39.44 
 
 
79 aa  57  9e-08  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.681508 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0866  like-Sm ribonucleoprotein core  37.8 
 
 
86 aa  57  9e-08  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  38.81 
 
 
75 aa  56.6  1e-07  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  42.19 
 
 
80 aa  55.5  2e-07  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0692  like-Sm ribonucleoprotein, core  37.31 
 
 
86 aa  55.8  2e-07  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.22559 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  42.19 
 
 
80 aa  55.1  3e-07  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  42.19 
 
 
80 aa  54.7  5e-07  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20167  predicted protein  38.16 
 
 
87 aa  54.3  6e-07  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.06 
 
 
80 aa  53.5  9e-07  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal 
 
 
-
 
NC_006683  CNN01500  u6 snRNA-associated sm-like protein lsm6, putative  37.5 
 
 
88 aa  52.8  2e-06  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.919907  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2332  like-Sm ribonucleoprotein, core  35.82 
 
 
86 aa  50.4  7e-06  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00160681  hitchhiker  0.000613176 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0396  Like-Sm ribonucleoprotein core  42.03 
 
 
75 aa  50.4  8e-06  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0297604 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_8518  predicted protein  34.38 
 
 
66 aa  50.1  1e-05  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.678912  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  35.53 
 
 
80 aa  49.7  1e-05  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  38.89 
 
 
79 aa  48.5  3e-05  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0149  hypothetical protein  40.58 
 
 
75 aa  48.5  3e-05  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00289239  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  35.38 
 
 
73 aa  47.4  8e-05  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.13 
 
 
76 aa  47  9e-05  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  33.33 
 
 
76 aa  46.6  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2924  Like-Sm ribonucleoprotein core  35.9 
 
 
74 aa  46.6  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3597  small nuclear riboprotein-like protein  32.84 
 
 
74 aa  45.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0124482 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  33.87 
 
 
75 aa  46.2  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.133876 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46368  predicted protein  39.44 
 
 
78 aa  45.8  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.674682  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0349  like-Sm ribonucleoprotein core  36.62 
 
 
80 aa  45.1  0.0003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  38.57 
 
 
71 aa  45.4  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0653  Like-Sm ribonucleoprotein core  38.24 
 
 
72 aa  44.7  0.0004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  37.68 
 
 
75 aa  44.7  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299461  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2097  Like-Sm ribonucleoprotein core  34.29 
 
 
60 aa  43.9  0.0007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.765143 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54497  predicted protein  31.51 
 
 
147 aa  43.5  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.142266  normal  0.642668 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0177  small ribonucleoprotein  33.33 
 
 
65 aa  42  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10781  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSM4, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12020)  31.51 
 
 
119 aa  41.2  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.678126  normal  0.810635 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0470  like-Sm ribonucleoprotein core  38.03 
 
 
72 aa  41.6  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31317  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA00090  conserved hypothetical protein  26.67 
 
 
216 aa  41.2  0.005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0822069  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1521  like-Sm ribonucleoprotein core  35.71 
 
 
72 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0711074  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0437  like-Sm ribonucleoprotein, core  35.71 
 
 
72 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0398  like-Sm ribonucleoprotein core  35.71 
 
 
72 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_7848  predicted protein  29.87 
 
 
135 aa  40.8  0.007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.957276  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1066  Like-Sm ribonucleoprotein core  32.91 
 
 
287 aa  40.4  0.009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  30.16 
 
 
78 aa  40  0.01  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>