More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0084 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0084  ammonium transporter  100 
 
 
449 aa  879  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2526  ammonium transporter  69.71 
 
 
438 aa  548  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2911  ammonium transporter  69.71 
 
 
438 aa  548  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1305  ammonium transporter  64.76 
 
 
444 aa  544  1e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1129  ammonium transporter  68.06 
 
 
431 aa  532  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1401  ammonium transporter  67.46 
 
 
466 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3217  ammonium transporter  67.46 
 
 
444 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0653  ammonium transporter  67.46 
 
 
478 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0192  ammonium transporter  67.46 
 
 
466 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0469  ammonium transporter  67.46 
 
 
500 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.929058  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0488  ammonium transporter  67.46 
 
 
500 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.256418  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2828  ammonium transporter  67.46 
 
 
466 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0408  ammonium transporter  67.22 
 
 
469 aa  523  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.737141  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0257  ammonium transporter  66.27 
 
 
501 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0438  ammonium transporter  66.51 
 
 
500 aa  518  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.481032  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2865  ammonium transporter  66.03 
 
 
500 aa  516  1e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00160968  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2251  ammonium transporter  66.03 
 
 
500 aa  516  1e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112232  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2876  ammonium transporter  66.03 
 
 
500 aa  516  1e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0601179  normal  0.287688 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6194  ammonium transporter  66.19 
 
 
504 aa  517  1e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0959  ammonium transporter  65.66 
 
 
433 aa  508  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2356  ammonium transporter  64.42 
 
 
435 aa  508  1e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0526  ammonium transporter  66.27 
 
 
502 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4189  ammonium transporter  65.55 
 
 
499 aa  507  1e-142  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.793194 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3855  ammonium transporter  64.75 
 
 
466 aa  506  1e-142  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0800844 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0598  ammonium transporter  63.83 
 
 
463 aa  503  1e-141  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419594 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2782  ammonium transporter  66.51 
 
 
503 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0900246  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2920  ammonium transporter  66.51 
 
 
497 aa  494  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617737  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0377  ammonium transporter  62.93 
 
 
433 aa  488  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182782  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1896  ammonium transporter  64.5 
 
 
433 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.786334  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1303  ammonium transporter  63.59 
 
 
459 aa  479  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0994  ammonium transporter  58.71 
 
 
436 aa  460  1e-128  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.540241  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0276  ammonium transporter  56.29 
 
 
443 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0294  ammonium transporter  57.7 
 
 
436 aa  457  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.509038 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4373  ammonium transporter  60.49 
 
 
439 aa  451  1e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5505  ammonium transporter  62.88 
 
 
445 aa  451  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.698175  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0239  ammonium transporter  63.17 
 
 
444 aa  441  1e-122  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.050651  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0218  ammonium transporter  63.01 
 
 
445 aa  438  1e-122  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47780  Ammonium transporter  64.11 
 
 
438 aa  441  1e-122  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.261032  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5142  ammonium transporter  64.39 
 
 
443 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0434  ammonium transporter  55.47 
 
 
434 aa  434  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0771346  normal  0.5124 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0189  ammonium transporter  64.58 
 
 
445 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1182  ammonium transporter  55.69 
 
 
432 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  1.00846e-06 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5233  ammonium transporter  64.39 
 
 
443 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.265886  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5294  ammonium transporter  64.39 
 
 
443 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69795  ammonium transporter AmtB  60.43 
 
 
442 aa  428  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.155925  normal  0.25807 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3995  ammonium transporter  54.79 
 
 
445 aa  429  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0706  ammonium transporter  55.91 
 
 
437 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0727  ammonium transporter  57.39 
 
 
449 aa  430  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.379173  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1956  ammonium transporter  54.4 
 
 
494 aa  431  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6029  ammonium transporter  60.19 
 
 
442 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1101  ammonium transporter  54.5 
 
 
432 aa  428  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.991152  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1490  ammonium transporter  54.79 
 
 
472 aa  426  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3537  ammonium transporter  55.67 
 
 
437 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.945825  decreased coverage  9.25998e-06 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2862  ammonium transporter  55.64 
 
 
457 aa  428  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.33659  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1019  ammonium transporter  58.37 
 
 
451 aa  425  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.197623  normal  0.642415 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3728  ammonium transporter  55.34 
 
 
437 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3605  ammonium transporter  55.91 
 
 
437 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0270  ammonium transporter  57.32 
 
 
433 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.3359 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2065  ammonium transporter  55.77 
 
 
431 aa  422  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  7.90161e-09  normal  0.636143 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0218  ammonium transporter  53 
 
 
524 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  7.38069e-06 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0292  ammonium transporter  49.2 
 
 
500 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2878  ammonium transporter  55.58 
 
 
439 aa  421  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0343  ammonium transporter  53.83 
 
 
436 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0199  ammonium transporter  53.13 
 
 
515 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.356507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0178  ammonium transporter  53.78 
 
 
482 aa  418  1e-115  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0192  ammonium transporter  55.9 
 
 
467 aa  417  1e-115  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0807  ammonium transporter  53.15 
 
 
466 aa  417  1e-115  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3160  ammonium transporter  53.15 
 
 
466 aa  416  1e-115  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2514  ammonium transporter  50.77 
 
 
461 aa  418  1e-115  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0323636  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0448  ammonium transporter  47.98 
 
 
480 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.595017  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0549  ammonium transporter  57.42 
 
 
427 aa  414  1e-114  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0292  ammonium transporter  53.13 
 
 
513 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0778  ammonium transporter  52.21 
 
 
466 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0054  ammonium transporter  53.02 
 
 
499 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265828  normal  0.286755 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0272  ammonium transporter  47.57 
 
 
480 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1889  ammonium transporter  56.27 
 
 
434 aa  411  1e-113  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.39856  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2136  ammonium transporter  55.33 
 
 
480 aa  411  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0241  ammonium transporter  52.2 
 
 
510 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.60924  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0046  ammonium transporter  54.48 
 
 
429 aa  410  1e-113  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  6.52471e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0565  ammonium transporter  54.59 
 
 
428 aa  407  1e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  9.07445e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2331  ammonium transporter  54.46 
 
 
446 aa  408  1e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1061  ammonium transporter  55.13 
 
 
461 aa  407  1e-112  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.379928  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3626  ammonium transporter  47.93 
 
 
499 aa  406  1e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2375  ammonium transporter  50.21 
 
 
498 aa  405  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.442944 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0303  ammonium transporter  56.64 
 
 
457 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0278  ammonium transporter  47.77 
 
 
480 aa  401  1e-110  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379824  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2099  ammonium transporter  49.26 
 
 
498 aa  399  1e-110  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315626  normal  0.0101926 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1493  ammonium transporter  54.61 
 
 
438 aa  398  1e-109  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3250  ammonium transporter  51.83 
 
 
430 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5498  ammonium transporter  48.01 
 
 
500 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.705033  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3769  ammonium transporter  52.93 
 
 
477 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.63779 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03566  ammonium transporter  55.83 
 
 
480 aa  395  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1817  ammonium transporter  49.12 
 
 
500 aa  396  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.664398  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1860  ammonium transporter  48.6 
 
 
506 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.889912 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1061  ammonium transporter  51.83 
 
 
428 aa  394  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4237  ammonium transporter  52.48 
 
 
452 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2277  ammonium transporter  53.49 
 
 
441 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459413  normal  0.0110546 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0241  ammonium transporter  56.2 
 
 
468 aa  394  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.943388 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4093  ammonium transporter  52.46 
 
 
476 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2051  ammonium transporter  49.79 
 
 
498 aa  392  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.608567  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>