More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0448 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0373  ammonium transporter  88.54 
 
 		 480 aa  766    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0272  ammonium transporter  85.42 
 
 		 480 aa  796    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.352116 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0448  ammonium transporter  100 
 
 		 480 aa  951    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.595017  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0278  ammonium transporter  91.88 
 
 		 480 aa  827    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379824  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1817  ammonium transporter  70.18 
 
 		 500 aa  621  1e-177  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.664398  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3626  ammonium transporter  69.74 
 
 		 499 aa  618  1e-176  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5498  ammonium transporter  69.52 
 
 		 500 aa  595  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.705033  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2375  ammonium transporter  65.73 
 
 		 498 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.442944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2099  ammonium transporter  66.89 
 
 		 498 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315626  normal  0.0101926 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2051  ammonium transporter  66.89 
 
 		 498 aa  568  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.608567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0054  ammonium transporter  65.48 
 
 		 499 aa  567  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265828  normal  0.286755 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2136  ammonium transporter  66.96 
 
 		 480 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0292  ammonium transporter  64.33 
 
 		 500 aa  561  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2208  ammonium transporter  67.11 
 
 		 498 aa  562  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.653827  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1860  ammonium transporter  62.8 
 
 		 506 aa  545  1e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.889912 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3769  ammonium transporter  62.06 
 
 		 477 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.63779 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4093  ammonium transporter  61.98 
 
 		 476 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0199  ammonium transporter  58.89 
 
 		 515 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.356507 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0218  ammonium transporter  58.94 
 
 		 524 aa  514  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000738069 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0343  ammonium transporter  58.89 
 
 		 436 aa  511  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1956  ammonium transporter  56.22 
 
 		 494 aa  511  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2734  ammonium transporter  62.45 
 
 		 509 aa  508  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.17122 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0292  ammonium transporter  58.31 
 
 		 513 aa  502  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0241  ammonium transporter  58.54 
 
 		 510 aa  502  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.60924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2170  ammonium transporter  57.36 
 
 		 512 aa  492  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0246241  normal  0.111123 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4237  ammonium transporter  56.89 
 
 		 452 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2514  ammonium transporter  54.45 
 
 		 461 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0323636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0434  ammonium transporter  54.42 
 
 		 434 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0771346  normal  0.5124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3941  ammonium transporter  54.8 
 
 		 504 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0241  ammonium transporter  57.24 
 
 		 468 aa  456  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.943388 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0184  ammonium transporter  54.59 
 
 		 515 aa  456  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3236  ammonium transporter  55.85 
 
 		 454 aa  458  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0172  putative ammonium transporter transmembrane protein  56.55 
 
 		 508 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.17564  normal  0.523075 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0473  ammonium transporter  56.99 
 
 		 522 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2327  ammonium transporter  56.24 
 
 		 489 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.414332  normal  0.481619 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2032  ammonium transporter  54.76 
 
 		 482 aa  449  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482356  normal  0.210082 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0121  ammonium transporter  55.9 
 
 		 521 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0596893 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0694  ammonium transporter  52.88 
 
 		 452 aa  447  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.561386  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1917  ammonium transporter  52.08 
 
 		 449 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3051  ammonium transporter  54.97 
 
 		 451 aa  441  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0488  ammonium transporter  51.87 
 
 		 500 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.256418  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3217  ammonium transporter  52.21 
 
 		 444 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0469  ammonium transporter  51.87 
 
 		 500 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.929058  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0653  ammonium transporter  52.21 
 
 		 478 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1401  ammonium transporter  51.87 
 
 		 466 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0192  ammonium transporter  51.87 
 
 		 466 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2828  ammonium transporter  51.87 
 
 		 466 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0408  ammonium transporter  51.99 
 
 		 469 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.737141  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2876  ammonium transporter  51.43 
 
 		 500 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0601179  normal  0.287688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0888  ammonium transporter  54.35 
 
 		 450 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4189  ammonium transporter  53.32 
 
 		 499 aa  423  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.793194 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2251  ammonium transporter  51.43 
 
 		 500 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112232  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3313  ammonium transporter  56.33 
 
 		 512 aa  425  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.572322  normal  0.097706 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0219  ammonium transporter  55.58 
 
 		 432 aa  423  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2865  ammonium transporter  51.43 
 
 		 500 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00160968  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2546  ammonium transporter  54.35 
 
 		 450 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0526  ammonium transporter  53.1 
 
 		 502 aa  418  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2526  ammonium transporter  50.65 
 
 		 438 aa  421  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2911  ammonium transporter  50.65 
 
 		 438 aa  421  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6194  ammonium transporter  51.77 
 
 		 504 aa  421  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0438  ammonium transporter  51.33 
 
 		 500 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.481032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0257  ammonium transporter  51.11 
 
 		 501 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5505  ammonium transporter  50.31 
 
 		 445 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.698175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0120  ammonium transporter  53.26 
 
 		 450 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03566  ammonium transporter  52.56 
 
 		 480 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0994  ammonium transporter  48.73 
 
 		 436 aa  415  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.540241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0303  ammonium transporter  54.26 
 
 		 457 aa  413  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0593  ammonium transporter  53.67 
 
 		 440 aa  412  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1129  ammonium transporter  49 
 
 		 431 aa  411  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3250  ammonium transporter  49.58 
 
 		 430 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1061  ammonium transporter  49.57 
 
 		 428 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1305  ammonium transporter  48.85 
 
 		 444 aa  403  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0239  ammonium transporter  51.12 
 
 		 444 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.050651  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2356  ammonium transporter  48.64 
 
 		 435 aa  399  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69795  ammonium transporter AmtB  51.72 
 
 		 442 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.155925  normal  0.25807 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2782  ammonium transporter  50.88 
 
 		 503 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0900246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0959  ammonium transporter  50.21 
 
 		 433 aa  395  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2920  ammonium transporter  50.88 
 
 		 497 aa  395  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617737  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6029  ammonium transporter  51.29 
 
 		 442 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0598  ammonium transporter  49.13 
 
 		 463 aa  394  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419594 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3038  ammonium transporter  49.55 
 
 		 430 aa  390  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.447574 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3077  ammonium transporter  49.55 
 
 		 430 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.822444  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0377  ammonium transporter  49.01 
 
 		 433 aa  390  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182782  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5294  ammonium transporter  51.85 
 
 		 443 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0919  ammonium transporter  48.91 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1110  ammonium transporter  51.42 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0348758  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3219  ammonium transporter  49.55 
 
 		 430 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5233  ammonium transporter  52.07 
 
 		 443 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.265886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0218  ammonium transporter  51.12 
 
 		 445 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5142  ammonium transporter  52.07 
 
 		 443 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00403  ammonium transporter  48.9 
 
 		 428 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0189  ammonium transporter  53.02 
 
 		 445 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2277  ammonium transporter  46.41 
 
 		 441 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459413  normal  0.0110546 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1122  ammonium transporter  52.43 
 
 		 483 aa  385  1e-105  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.909008  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0523  ammonium transporter  48.68 
 
 		 428 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.536777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1088  ammonium transporter  51.32 
 
 		 484 aa  382  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.149046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3164  ammonium transporter  48.9 
 
 		 428 aa  384  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0487  ammonium transporter  48.9 
 
 		 428 aa  383  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0504  ammonium transporter  48.46 
 
 		 428 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0177698  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0495  ammonium transporter  48.9 
 
 		 428 aa  384  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>