More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0270 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0276  ammonium transporter  77.22 
 
 		 443 aa  664    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0294  ammonium transporter  83.09 
 
 		 436 aa  673    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.509038 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0270  ammonium transporter  100 
 
 		 433 aa  846    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.3359 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1305  ammonium transporter  56.26 
 
 		 444 aa  466  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1129  ammonium transporter  57.14 
 
 		 431 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2526  ammonium transporter  56.93 
 
 		 438 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2911  ammonium transporter  56.93 
 
 		 438 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3217  ammonium transporter  55.18 
 
 		 444 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0192  ammonium transporter  55.18 
 
 		 466 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1401  ammonium transporter  55.18 
 
 		 466 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0653  ammonium transporter  55.18 
 
 		 478 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2828  ammonium transporter  55.18 
 
 		 466 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0408  ammonium transporter  55.42 
 
 		 469 aa  431  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.737141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0488  ammonium transporter  55.18 
 
 		 500 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.256418  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0469  ammonium transporter  55.18 
 
 		 500 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.929058  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2876  ammonium transporter  54.46 
 
 		 500 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0601179  normal  0.287688 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0598  ammonium transporter  52.49 
 
 		 463 aa  422  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419594 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6194  ammonium transporter  54.94 
 
 		 504 aa  423  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3728  ammonium transporter  53.35 
 
 		 437 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0257  ammonium transporter  53.49 
 
 		 501 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2251  ammonium transporter  54.46 
 
 		 500 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112232  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0438  ammonium transporter  54.7 
 
 		 500 aa  424  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.481032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2865  ammonium transporter  54.46 
 
 		 500 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00160968  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0706  ammonium transporter  52.87 
 
 		 437 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3605  ammonium transporter  52.87 
 
 		 437 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1182  ammonium transporter  52.98 
 
 		 432 aa  420  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000100846 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3537  ammonium transporter  52.87 
 
 		 437 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.945825  decreased coverage  0.00000925998 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4189  ammonium transporter  53.73 
 
 		 499 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.793194 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3995  ammonium transporter  51.61 
 
 		 445 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2356  ammonium transporter  53.73 
 
 		 435 aa  413  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1303  ammonium transporter  53.44 
 
 		 459 aa  413  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0959  ammonium transporter  54.36 
 
 		 433 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0526  ammonium transporter  54.22 
 
 		 502 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2782  ammonium transporter  54.7 
 
 		 503 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0900246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3160  ammonium transporter  49.88 
 
 		 466 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0807  ammonium transporter  49.89 
 
 		 466 aa  401  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2920  ammonium transporter  54.7 
 
 		 497 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617737  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0377  ammonium transporter  51.56 
 
 		 433 aa  404  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182782  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1061  ammonium transporter  53.32 
 
 		 461 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.379928  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0778  ammonium transporter  49.42 
 
 		 466 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1896  ammonium transporter  55.05 
 
 		 433 aa  397  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.786334  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2065  ammonium transporter  50.72 
 
 		 431 aa  395  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000790161  normal  0.636143 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1101  ammonium transporter  50.61 
 
 		 432 aa  396  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.991152  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0084  ammonium transporter  57.92 
 
 		 449 aa  394  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0565  ammonium transporter  52.7 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000907445  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0994  ammonium transporter  49.66 
 
 		 436 aa  389  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.540241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2862  ammonium transporter  49.75 
 
 		 457 aa  384  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.33659  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4373  ammonium transporter  52.53 
 
 		 439 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1019  ammonium transporter  52.06 
 
 		 451 aa  383  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.197623  normal  0.642415 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1490  ammonium transporter  51.2 
 
 		 472 aa  383  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1956  ammonium transporter  48.16 
 
 		 494 aa  384  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0434  ammonium transporter  48.76 
 
 		 434 aa  381  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0771346  normal  0.5124 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2514  ammonium transporter  48.95 
 
 		 461 aa  381  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0323636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1889  ammonium transporter  50.6 
 
 		 434 aa  376  1e-103  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.39856  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0192  ammonium transporter  51.71 
 
 		 467 aa  375  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3855  ammonium transporter  51.21 
 
 		 466 aa  376  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0800844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47780  Ammonium transporter  50.68 
 
 		 438 aa  374  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.261032  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0292  ammonium transporter  47.09 
 
 		 513 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3626  ammonium transporter  42.83 
 
 		 499 aa  373  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.115388 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0142  ammonium transporter  51.11 
 
 		 464 aa  373  1e-102  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000211671  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0727  ammonium transporter  50.86 
 
 		 449 aa  374  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.379173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0178  ammonium transporter  50.82 
 
 		 482 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6029  ammonium transporter  51.08 
 
 		 442 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1817  ammonium transporter  44.88 
 
 		 500 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.664398  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69795  ammonium transporter AmtB  51.08 
 
 		 442 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.155925  normal  0.25807 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2878  ammonium transporter  48.69 
 
 		 439 aa  369  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0343  ammonium transporter  46.85 
 
 		 436 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0177  ammonium transporter  50.24 
 
 		 436 aa  367  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000694522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0549  ammonium transporter  47.17 
 
 		 427 aa  368  1e-100  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5498  ammonium transporter  44.64 
 
 		 500 aa  365  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.705033  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0199  ammonium transporter  47.09 
 
 		 515 aa  365  1e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.356507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5505  ammonium transporter  49.64 
 
 		 445 aa  364  2e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.698175  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2136  ammonium transporter  48.42 
 
 		 480 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0218  ammonium transporter  46.85 
 
 		 524 aa  363  5.0000000000000005e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000738069 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3250  ammonium transporter  45.58 
 
 		 430 aa  362  9e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3048  ammonium transporter  50.12 
 
 		 405 aa  361  1e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3769  ammonium transporter  46.64 
 
 		 477 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.63779 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0241  ammonium transporter  46.15 
 
 		 510 aa  360  3e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.60924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1061  ammonium transporter  46.94 
 
 		 428 aa  360  3e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03566  ammonium transporter  50.37 
 
 		 480 aa  358  9.999999999999999e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2375  ammonium transporter  43.1 
 
 		 498 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.442944 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3038  ammonium transporter  47.24 
 
 		 430 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.447574 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3219  ammonium transporter  47.24 
 
 		 430 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3077  ammonium transporter  47.24 
 
 		 430 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.822444  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4093  ammonium transporter  46.05 
 
 		 476 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2099  ammonium transporter  43.86 
 
 		 498 aa  355  7.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.315626  normal  0.0101926 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0239  ammonium transporter  50.24 
 
 		 444 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.050651  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0054  ammonium transporter  45.79 
 
 		 499 aa  353  2e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265828  normal  0.286755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2051  ammonium transporter  44.49 
 
 		 498 aa  354  2e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.608567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0566  ammonium transporter  46.93 
 
 		 428 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.887749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0523  ammonium transporter  46.93 
 
 		 428 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.536777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0513  ammonium transporter  46.93 
 
 		 428 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0507  ammonium transporter  46.93 
 
 		 428 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0504  ammonium transporter  46.68 
 
 		 428 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0177698  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2734  ammonium transporter  45.81 
 
 		 509 aa  353  5e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.17122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5294  ammonium transporter  50.61 
 
 		 443 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4237  ammonium transporter  45.81 
 
 		 452 aa  352  1e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0919  ammonium transporter  45.48 
 
 		 428 aa  350  3e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2331  ammonium transporter  48.69 
 
 		 446 aa  350  3e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1269  ammonium transporter  47.15 
 
 		 411 aa  350  4e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000200287  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>