More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1959 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_1959  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
710 aa  1367  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  3.63453e-06  hitchhiker  7.21686e-06 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1733  putative acyl-CoA synthetase, long-chain-fatty acid:CoA ligase  40.12 
 
 
614 aa  288  3e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.961848  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  33.18 
 
 
597 aa  232  1e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 
597 aa  216  1e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.75 
 
 
599 aa  210  7e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  31.6 
 
 
605 aa  207  5e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 
591 aa  205  2e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  29.02 
 
 
600 aa  203  8e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 
599 aa  200  7e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 
601 aa  199  1e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 
600 aa  199  2e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.88 
 
 
597 aa  198  2e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 
590 aa  197  7e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 
607 aa  196  9e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 
615 aa  196  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 
602 aa  191  5e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 
593 aa  191  5e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  29.47 
 
 
601 aa  189  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 
597 aa  189  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 
615 aa  187  4e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 
612 aa  186  1e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 
596 aa  186  1e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.5 
 
 
611 aa  185  3e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  31.59 
 
 
612 aa  184  5e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 
632 aa  184  5e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  2.76011e-05 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  29.81 
 
 
595 aa  184  5e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 
599 aa  184  6e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  30.38 
 
 
599 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 
599 aa  179  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 
622 aa  178  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.05 
 
 
598 aa  177  4e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.32 
 
 
606 aa  176  1e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  27.04 
 
 
619 aa  176  2e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  27.19 
 
 
602 aa  173  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  29.04 
 
 
616 aa  172  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 
603 aa  170  8e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 
608 aa  169  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.71 
 
 
602 aa  169  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 
602 aa  169  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  29.09 
 
 
604 aa  169  2e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 
606 aa  167  6e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  3.27223e-05 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  28.1 
 
 
597 aa  165  2e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  29.96 
 
 
606 aa  166  2e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  27.72 
 
 
600 aa  165  3e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 
597 aa  164  5e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 
597 aa  164  5e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  28.44 
 
 
599 aa  164  6e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  30.53 
 
 
606 aa  160  6e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  25.67 
 
 
618 aa  160  8e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  28.74 
 
 
600 aa  159  1e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  25.92 
 
 
603 aa  158  3e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.93 
 
 
606 aa  157  6e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  28.44 
 
 
607 aa  156  2e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1204  AMP-dependent synthetase and ligase  27.84 
 
 
609 aa  151  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.110372  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 
602 aa  151  4e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0860  AMP-binding enzyme  27.82 
 
 
682 aa  150  1e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0944  AMP-dependent synthetase and ligase  29.13 
 
 
622 aa  147  6e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0592  long-chain acyl-CoA synthetase  27.76 
 
 
677 aa  147  6e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 
590 aa  147  6e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1274  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 
609 aa  147  6e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.55356e-10 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 
599 aa  142  2e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  22.98 
 
 
592 aa  140  7e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 
592 aa  140  9e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 
604 aa  138  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  28.49 
 
 
580 aa  137  1e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 
598 aa  136  2e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  23.64 
 
 
598 aa  134  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  28.29 
 
 
580 aa  134  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  25.5 
 
 
597 aa  133  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  25.5 
 
 
597 aa  133  1e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  25.94 
 
 
597 aa  133  1e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  25.34 
 
 
610 aa  132  2e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  24.05 
 
 
592 aa  132  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3960  AMP-dependent synthetase and ligase  28.88 
 
 
635 aa  131  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.522834  normal  0.0456544 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  27.03 
 
 
679 aa  130  1e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  22.96 
 
 
607 aa  128  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  25.22 
 
 
601 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  25.38 
 
 
601 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  25.22 
 
 
601 aa  127  8e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  25.22 
 
 
601 aa  127  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  25.66 
 
 
568 aa  126  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  23.11 
 
 
592 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  23.98 
 
 
602 aa  124  7e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  23.16 
 
 
590 aa  124  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.76 
 
 
610 aa  121  4e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  24.35 
 
 
610 aa  121  5e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  23.58 
 
 
598 aa  121  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  26.32 
 
 
601 aa  120  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  22.64 
 
 
597 aa  120  1e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  27.43 
 
 
509 aa  119  2e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  23.5 
 
 
598 aa  118  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 
612 aa  118  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  23.86 
 
 
598 aa  117  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  25.69 
 
 
601 aa  117  7e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  22.49 
 
 
610 aa  117  8e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  23.55 
 
 
594 aa  116  2e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  22.44 
 
 
610 aa  115  4e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  24.08 
 
 
605 aa  115  4e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  25.91 
 
 
633 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0164  AMP-dependent synthetase and ligase  23.67 
 
 
658 aa  114  7e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>