More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0164 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0164  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
658 aa  1372    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0377  AMP-dependent synthetase and ligase  32.71 
 
 
652 aa  351  3e-95  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2186  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 
669 aa  321  3e-86  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.197211  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2120  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 
672 aa  310  5e-83  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.342483  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  32.35 
 
 
623 aa  309  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 
633 aa  306  7e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.02 
 
 
618 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2212  AMP-dependent synthetase and ligase  30.01 
 
 
685 aa  304  3.0000000000000004e-81  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.169636 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  31.09 
 
 
601 aa  303  6.000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  31.36 
 
 
611 aa  303  8.000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 
594 aa  296  1e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  31.26 
 
 
598 aa  294  3e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 
598 aa  293  8e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 
592 aa  293  9e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2236  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 
660 aa  292  1e-77  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.83669 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  30.15 
 
 
601 aa  292  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  30.41 
 
 
602 aa  291  3e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.38 
 
 
602 aa  290  4e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.89 
 
 
599 aa  289  1e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  29.01 
 
 
601 aa  288  2.9999999999999996e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.19 
 
 
601 aa  286  1.0000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 
597 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2556  AMP-dependent synthetase and ligase  29.03 
 
 
660 aa  285  3.0000000000000004e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  29.13 
 
 
601 aa  283  6.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  31.54 
 
 
598 aa  283  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  31.38 
 
 
606 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 
606 aa  281  2e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 
597 aa  281  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 
607 aa  280  7e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 
606 aa  280  7e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.41 
 
 
606 aa  279  1e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 
610 aa  279  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 
606 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 
600 aa  278  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 
607 aa  278  3e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  29.2 
 
 
602 aa  277  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  30.59 
 
 
603 aa  277  5e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 
598 aa  277  5e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 
607 aa  276  6e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 
597 aa  274  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 
598 aa  275  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  30.59 
 
 
603 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 
597 aa  274  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  29.49 
 
 
626 aa  273  6e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 
597 aa  273  7e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  28.66 
 
 
588 aa  273  9e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 
601 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  28.66 
 
 
601 aa  272  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  28.66 
 
 
601 aa  272  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 
601 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 
601 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  29.53 
 
 
568 aa  272  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 
601 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  29.05 
 
 
633 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 
610 aa  270  5.9999999999999995e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 
597 aa  270  7e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.36 
 
 
597 aa  269  1e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  29.49 
 
 
649 aa  269  1e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 
622 aa  269  1e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  30.44 
 
 
603 aa  268  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  30.88 
 
 
602 aa  268  2.9999999999999995e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  30.56 
 
 
602 aa  267  4e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  30.12 
 
 
597 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 
599 aa  266  1e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 
603 aa  265  1e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  29.53 
 
 
610 aa  265  2e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  28.86 
 
 
612 aa  265  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.87 
 
 
599 aa  264  3e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 
607 aa  264  4e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  28.21 
 
 
617 aa  264  4e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 
609 aa  264  4.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  30.68 
 
 
605 aa  264  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.63 
 
 
610 aa  263  8e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 
599 aa  263  1e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  30.25 
 
 
587 aa  261  2e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 
609 aa  261  3e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  29.66 
 
 
608 aa  261  4e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  30.68 
 
 
604 aa  260  6e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 
599 aa  260  6e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  30.08 
 
 
604 aa  260  7e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 
610 aa  258  2e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.18 
 
 
604 aa  258  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 
604 aa  256  1.0000000000000001e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 
616 aa  254  3e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 
602 aa  254  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 
602 aa  254  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 
602 aa  254  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 
637 aa  253  7e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  29.77 
 
 
607 aa  253  7e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 
597 aa  253  8.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 
596 aa  253  9.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.06 
 
 
610 aa  252  1e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 
601 aa  251  4e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  31.48 
 
 
622 aa  250  6e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 
606 aa  249  8e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 
600 aa  249  9e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  29.74 
 
 
595 aa  249  1e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  30.09 
 
 
619 aa  249  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.92 
 
 
598 aa  248  2e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 
597 aa  248  3e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>