More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1522 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 
301 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  56.36 
 
 
309 aa  338  5.9999999999999996e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
280 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  31.58 
 
 
284 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  31.58 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  33.7 
 
 
320 aa  139  6e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
284 aa  139  7e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.14 
 
 
284 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.9 
 
 
299 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.77 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.77 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
284 aa  133  3e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  32.26 
 
 
298 aa  133  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.96 
 
 
284 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  33.57 
 
 
333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.96 
 
 
289 aa  132  9e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.43 
 
 
284 aa  132  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.43 
 
 
284 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.43 
 
 
284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.3 
 
 
289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.43 
 
 
284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.79 
 
 
286 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.07 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.96 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.96 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.3 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.96 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.07 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.07 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.07 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.94 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.62 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  31.62 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  31.62 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  32.75 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.62 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.62 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.93 
 
 
289 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
304 aa  127  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.93 
 
 
289 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.93 
 
 
289 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.93 
 
 
289 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.93 
 
 
289 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.62 
 
 
289 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.07 
 
 
284 aa  125  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  34.44 
 
 
316 aa  125  7e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.86 
 
 
291 aa  125  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.71 
 
 
284 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.71 
 
 
284 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.71 
 
 
284 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.71 
 
 
284 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.71 
 
 
284 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.71 
 
 
284 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.93 
 
 
289 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.96 
 
 
290 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.93 
 
 
289 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.24 
 
 
284 aa  124  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.69 
 
 
284 aa  122  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.04 
 
 
289 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
278 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.58 
 
 
290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  32 
 
 
296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.93 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.58 
 
 
290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.72 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.58 
 
 
290 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  33.21 
 
 
315 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.27 
 
 
289 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.58 
 
 
290 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.54 
 
 
284 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.29 
 
 
281 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  34.88 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  33.56 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.16 
 
 
282 aa  116  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.32 
 
 
288 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  31.32 
 
 
288 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.71 
 
 
283 aa  116  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
296 aa  115  8.999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 
284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
282 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
282 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  31.77 
 
 
285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.8 
 
 
287 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
281 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  26.09 
 
 
282 aa  114  3e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.4 
 
 
287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003760  glucose repressor HexR for Entner-Doudoroff pathway RpiR family  32.33 
 
 
259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.192568  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.8 
 
 
287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.62 
 
 
287 aa  113  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.91 
 
 
291 aa  112  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  25.75 
 
 
292 aa  112  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
288 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 
287 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>