143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_1907 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001800  Ssol_1620  DNA-directed DNA polymerase  66.02 
 
 		 882 aa  1196    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0874595  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0298  DNA polymerase I  47.97 
 
 		 835 aa  714    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.131674  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0816  DNA polymerase I  45.06 
 
 		 854 aa  707    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.766661  hitchhiker  0.00661096 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1087  DNA polymerase I  45.6 
 
 		 853 aa  707    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1361  DNA polymerase I  44.67 
 
 		 854 aa  704    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0798  DNA polymerase I  45.84 
 
 		 853 aa  717    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1907  DNA polymerase I  100 
 
 		 877 aa  1783    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.488214 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0144  DNA polymerase I  45.29 
 
 		 871 aa  728    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.248865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0948  DNA polymerase I  39.74 
 
 		 852 aa  612  1e-173  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.158363 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  27.4 
 
 		 780 aa  215  3.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  27.15 
 
 		 780 aa  210  1e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  27.07 
 
 		 781 aa  207  7e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  27.5 
 
 		 781 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  27.04 
 
 		 786 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  26.13 
 
 		 785 aa  195  3e-48  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  27.6 
 
 		 783 aa  194  5e-48  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  26.42 
 
 		 783 aa  177  6e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  24.87 
 
 		 784 aa  176  9.999999999999999e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  25.96 
 
 		 794 aa  177  9.999999999999999e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  27.46 
 
 		 810 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  26.54 
 
 		 812 aa  164  9e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  25.18 
 
 		 811 aa  146  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1156  DNA polymerase B region  24.93 
 
 		 818 aa  139  2e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.809491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1210  DNA polymerase B region  28.64 
 
 		 723 aa  139  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.219967  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0616  hypothetical protein  28.05 
 
 		 796 aa  137  8e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  24 
 
 		 912 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  24.87 
 
 		 821 aa  133  1.0000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  26.42 
 
 		 941 aa  128  5e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  24.08 
 
 		 795 aa  127  8.000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  24.96 
 
 		 791 aa  125  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  24.96 
 
 		 816 aa  125  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  24.81 
 
 		 790 aa  123  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  26.22 
 
 		 910 aa  123  9.999999999999999e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  24.56 
 
 		 792 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  26.49 
 
 		 982 aa  119  3e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  24.67 
 
 		 788 aa  117  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  25.4 
 
 		 793 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  23.4 
 
 		 787 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  23.84 
 
 		 929 aa  114  1.0000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  23.39 
 
 		 787 aa  112  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  26.04 
 
 		 794 aa  112  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  23.23 
 
 		 932 aa  111  5e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  24.53 
 
 		 788 aa  111  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  24.36 
 
 		 810 aa  110  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0375  DNA polymerase B region  24.14 
 
 		 1353 aa  110  1e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0922  DNA-directed DNA polymerase  25 
 
 		 607 aa  110  1e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.434202  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  23.18 
 
 		 787 aa  110  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  24.67 
 
 		 794 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  25.59 
 
 		 786 aa  108  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86981  DNA-directed DNA polymerase alpha Required for mitotic DNA synthesis, premeiotic DNA synthesis, recombination, and full sporulation  25.88 
 
 		 1463 aa  108  4e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  23.25 
 
 		 787 aa  108  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  24.09 
 
 		 794 aa  107  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  24.09 
 
 		 794 aa  107  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  23.45 
 
 		 783 aa  106  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  24.42 
 
 		 784 aa  106  2e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  24.37 
 
 		 789 aa  106  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  24.26 
 
 		 789 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  23.45 
 
 		 783 aa  106  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  23.45 
 
 		 783 aa  106  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  23.59 
 
 		 786 aa  105  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  27.5 
 
 		 782 aa  105  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  25.04 
 
 		 791 aa  105  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  22.85 
 
 		 783 aa  105  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  22.85 
 
 		 783 aa  105  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  24.26 
 
 		 795 aa  105  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  26.74 
 
 		 789 aa  105  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  26.74 
 
 		 789 aa  105  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  26.74 
 
 		 789 aa  105  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  23.89 
 
 		 810 aa  105  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  23.3 
 
 		 783 aa  105  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  24.34 
 
 		 788 aa  104  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  22.9 
 
 		 810 aa  104  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  24.27 
 
 		 808 aa  103  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  23.3 
 
 		 783 aa  102  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  22.55 
 
 		 783 aa  102  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  22.4 
 
 		 783 aa  102  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04130  DNA polymerase alpha catalytic subunit, putative  25 
 
 		 1485 aa  101  6e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  24.95 
 
 		 783 aa  101  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  24.95 
 
 		 783 aa  101  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  24.95 
 
 		 783 aa  100  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  24.76 
 
 		 783 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  23 
 
 		 797 aa  100  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  26.51 
 
 		 793 aa  100  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3264  DNA polymerase I  24.78 
 
 		 716 aa  99.8  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  24.34 
 
 		 787 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  24.11 
 
 		 788 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  24.42 
 
 		 795 aa  98.6  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  24.56 
 
 		 801 aa  97.8  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  23.16 
 
 		 788 aa  96.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  23.08 
 
 		 786 aa  96.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  22.22 
 
 		 786 aa  95.9  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  24.92 
 
 		 821 aa  95.9  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  22.69 
 
 		 809 aa  95.9  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  22.22 
 
 		 786 aa  95.9  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  22.48 
 
 		 809 aa  95.5  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  26.82 
 
 		 1087 aa  94.7  6e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  22.4 
 
 		 786 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  22.41 
 
 		 809 aa  94.7  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  23.63 
 
 		 788 aa  93.6  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  22.27 
 
 		 809 aa  93.2  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>