149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6015 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  55.58 
 
 
783 aa  889    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  56.4 
 
 
788 aa  902    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  55.58 
 
 
783 aa  889    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  55.71 
 
 
783 aa  890    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  54.31 
 
 
783 aa  875    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  55.58 
 
 
783 aa  889    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  54.75 
 
 
786 aa  886    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  55.88 
 
 
787 aa  901    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  55.2 
 
 
783 aa  885    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  55.46 
 
 
783 aa  889    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  56.15 
 
 
787 aa  905    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  57.29 
 
 
788 aa  909    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  48.19 
 
 
787 aa  743    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  57.79 
 
 
787 aa  931    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  56.76 
 
 
793 aa  913    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  56.12 
 
 
792 aa  900    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  54.57 
 
 
783 aa  879    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  46.43 
 
 
794 aa  694    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  56.68 
 
 
816 aa  920    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  56.91 
 
 
789 aa  907    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  57.29 
 
 
794 aa  924    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  45.69 
 
 
786 aa  707    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  56.91 
 
 
788 aa  911    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  56.96 
 
 
787 aa  899    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  57.29 
 
 
794 aa  924    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  54.31 
 
 
783 aa  874    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  44.17 
 
 
809 aa  666    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  57.68 
 
 
791 aa  928    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  55.26 
 
 
786 aa  903    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  57.92 
 
 
790 aa  931    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  57.14 
 
 
789 aa  911    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  100 
 
 
795 aa  1640    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  56.65 
 
 
788 aa  909    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  54.12 
 
 
820 aa  855    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  57.03 
 
 
786 aa  891    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  55.71 
 
 
783 aa  890    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  56.27 
 
 
788 aa  874    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  47.75 
 
 
787 aa  742    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  57.54 
 
 
790 aa  925    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  54.75 
 
 
786 aa  887    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  57.22 
 
 
788 aa  899    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  57.02 
 
 
789 aa  909    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  56.91 
 
 
794 aa  923    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  47.61 
 
 
816 aa  737    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  55.71 
 
 
783 aa  890    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  55.71 
 
 
783 aa  891    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  57.92 
 
 
787 aa  910    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  54.44 
 
 
783 aa  877    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  46.86 
 
 
789 aa  726    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  56.91 
 
 
791 aa  921    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  57.14 
 
 
789 aa  911    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  56.02 
 
 
786 aa  909    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  42.11 
 
 
818 aa  630  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  41.79 
 
 
792 aa  599  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  41.18 
 
 
790 aa  590  1e-167  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  41.04 
 
 
799 aa  587  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  40.2 
 
 
807 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  40.96 
 
 
810 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  41.17 
 
 
795 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  40.15 
 
 
797 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  40.53 
 
 
808 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  39.11 
 
 
821 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  40.91 
 
 
810 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  40.93 
 
 
810 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  42.21 
 
 
801 aa  575  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  40.39 
 
 
809 aa  568  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  40.27 
 
 
809 aa  567  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  40.07 
 
 
809 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  40.27 
 
 
809 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  39.62 
 
 
793 aa  559  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  38.85 
 
 
782 aa  511  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4180  DNA polymerase II  89.22 
 
 
270 aa  503  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.461299  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4181  DNA polymerase II  89.53 
 
 
211 aa  313  5.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.554718  normal  0.912153 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  27.84 
 
 
785 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0616  hypothetical protein  26.47 
 
 
796 aa  173  9e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  27.88 
 
 
929 aa  171  4e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  25.81 
 
 
812 aa  170  1e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  27.5 
 
 
784 aa  163  9e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  27.18 
 
 
784 aa  159  2e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  26.88 
 
 
786 aa  159  2e-37  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  25.48 
 
 
783 aa  157  1e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  26.55 
 
 
795 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  25.04 
 
 
821 aa  154  5e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1156  DNA polymerase B region  25.91 
 
 
818 aa  154  7e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.809491  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  26.16 
 
 
783 aa  154  8.999999999999999e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  25.18 
 
 
912 aa  151  5e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  24.97 
 
 
794 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  25.2 
 
 
781 aa  146  1e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  26.06 
 
 
982 aa  145  3e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04130  DNA polymerase alpha catalytic subunit, putative  25.95 
 
 
1485 aa  130  8.000000000000001e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_297  predicted protein  24.27 
 
 
990 aa  130  8.000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400359  normal  0.313206 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0375  DNA polymerase B region  28.64 
 
 
1353 aa  130  8.000000000000001e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10755  catalytic subunit of the DNA polymerase alpha-primase complex (Eurofung)  24.49 
 
 
1459 aa  122  1.9999999999999998e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  26.33 
 
 
1087 aa  122  3e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  23.6 
 
 
781 aa  120  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  27 
 
 
1058 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  26.56 
 
 
1070 aa  116  2.0000000000000002e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  21.74 
 
 
780 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  23.88 
 
 
810 aa  114  8.000000000000001e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  23.25 
 
 
941 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>