151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1645 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  43.41 
 
 		 790 aa  646    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  70.13 
 
 		 794 aa  1149    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333031 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  68.92 
 
 		 783 aa  1103    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  68.66 
 
 		 783 aa  1102    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  74.52 
 
 		 791 aa  1210    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  69.3 
 
 		 783 aa  1120    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  73.7 
 
 		 786 aa  1182    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  68.54 
 
 		 783 aa  1100    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  73.57 
 
 		 786 aa  1178    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  44.57 
 
 		 818 aa  684    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  44.19 
 
 		 808 aa  652    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  76.52 
 
 		 787 aa  1248    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  74.65 
 
 		 789 aa  1193    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  70.1 
 
 		 788 aa  1134    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  52.96 
 
 		 787 aa  833    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  77.03 
 
 		 787 aa  1253    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  85.28 
 
 		 788 aa  1394    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  77.83 
 
 		 787 aa  1281    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  70 
 
 		 793 aa  1145    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  69.3 
 
 		 783 aa  1118    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  43.83 
 
 		 809 aa  636    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  68.79 
 
 		 783 aa  1102    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  49.24 
 
 		 794 aa  744    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  73.89 
 
 		 816 aa  1194    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  100 
 
 		 789 aa  1613    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  70.51 
 
 		 794 aa  1151    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  47.52 
 
 		 786 aa  723    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  45.08 
 
 		 810 aa  663    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  44.71 
 
 		 810 aa  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  70.1 
 
 		 788 aa  1138    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  77.66 
 
 		 787 aa  1231    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  70.51 
 
 		 794 aa  1151    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  45.41 
 
 		 810 aa  662    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  72.91 
 
 		 792 aa  1178    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  46.1 
 
 		 801 aa  651    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  69.3 
 
 		 783 aa  1119    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  49.01 
 
 		 809 aa  758    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  68.54 
 
 		 783 aa  1098    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  43.83 
 
 		 809 aa  637    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  44.83 
 
 		 807 aa  672    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  56.91 
 
 		 795 aa  898    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  45.43 
 
 		 795 aa  658    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  68.66 
 
 		 783 aa  1102    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  73.03 
 
 		 788 aa  1125    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  69.17 
 
 		 783 aa  1116    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  69.3 
 
 		 820 aa  1105    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  43.77 
 
 		 797 aa  643    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  75.1 
 
 		 786 aa  1178    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  74.71 
 
 		 786 aa  1194    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  68.66 
 
 		 790 aa  1112    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  52.58 
 
 		 787 aa  817    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  68.92 
 
 		 783 aa  1103    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  73.44 
 
 		 786 aa  1177    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  77.92 
 
 		 788 aa  1231    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  43.95 
 
 		 809 aa  638    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  74.65 
 
 		 789 aa  1193    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  51.58 
 
 		 789 aa  817    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  53.33 
 
 		 816 aa  839    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  68.66 
 
 		 783 aa  1100    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  68.92 
 
 		 783 aa  1107    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  43.95 
 
 		 793 aa  650    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  75.25 
 
 		 787 aa  1200    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  45.56 
 
 		 799 aa  674    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  69.34 
 
 		 790 aa  1114    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  72.01 
 
 		 788 aa  1139    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  70.74 
 
 		 791 aa  1145    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  74.52 
 
 		 789 aa  1191    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  42.89 
 
 		 792 aa  634  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  43.58 
 
 		 809 aa  634  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  40.39 
 
 		 821 aa  593  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  39.95 
 
 		 782 aa  555  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4180  DNA polymerase II  60.9 
 
 		 270 aa  335  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.461299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  28.75 
 
 		 783 aa  195  3e-48  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  27.79 
 
 		 785 aa  189  2e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  28.18 
 
 		 786 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  28.01 
 
 		 784 aa  178  4e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  29.26 
 
 		 812 aa  177  6e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  26.65 
 
 		 794 aa  175  2.9999999999999996e-42  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  25.8 
 
 		 784 aa  170  7e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  28.47 
 
 		 795 aa  168  4e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4181  DNA polymerase II  49.12 
 
 		 211 aa  166  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.554718  normal  0.912153 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0616  hypothetical protein  27.29 
 
 		 796 aa  162  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  27.27 
 
 		 821 aa  162  3e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1156  DNA polymerase B region  25.58 
 
 		 818 aa  159  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.809491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  26.77 
 
 		 781 aa  158  3e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  24.59 
 
 		 929 aa  155  2.9999999999999998e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  24.96 
 
 		 912 aa  150  7e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  26.85 
 
 		 982 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  25.86 
 
 		 783 aa  144  8e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0375  DNA polymerase B region  26.98 
 
 		 1353 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  27.06 
 
 		 1058 aa  137  9e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  26.64 
 
 		 941 aa  137  9e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  21.12 
 
 		 780 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  21.12 
 
 		 780 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  23.85 
 
 		 811 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_297  predicted protein  26.02 
 
 		 990 aa  132  3e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400359  normal  0.313206 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10755  catalytic subunit of the DNA polymerase alpha-primase complex (Eurofung)  26.41 
 
 		 1459 aa  131  4.0000000000000003e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  21.31 
 
 		 781 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  23.93 
 
 		 932 aa  127  9e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07325  catalytic subunit of DNA polymerase delta (Eurofung)  27.02 
 
 		 1044 aa  127  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>