149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1820 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  78.43 
 
 		 809 aa  1285    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  45 
 
 		 788 aa  662    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  44.31 
 
 		 786 aa  655    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  41.95 
 
 		 818 aa  649    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  100 
 
 		 808 aa  1669    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  43.81 
 
 		 792 aa  648    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  43.98 
 
 		 787 aa  652    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  43.72 
 
 		 788 aa  653    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  43.79 
 
 		 793 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  43.89 
 
 		 794 aa  648    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  45.64 
 
 		 794 aa  694    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  58.85 
 
 		 821 aa  959    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  44.19 
 
 		 789 aa  656    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  43.55 
 
 		 794 aa  641    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  45.32 
 
 		 786 aa  678    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  86.77 
 
 		 810 aa  1415    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  86.65 
 
 		 810 aa  1414    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  58.77 
 
 		 792 aa  973    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  45.61 
 
 		 788 aa  669    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  44.34 
 
 		 787 aa  641    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  43.55 
 
 		 794 aa  641    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  87.02 
 
 		 810 aa  1425    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  54.22 
 
 		 801 aa  865    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  45.24 
 
 		 809 aa  655    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  43 
 
 		 791 aa  635    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  43 
 
 		 783 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  43.7 
 
 		 786 aa  647    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  78.8 
 
 		 809 aa  1293    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  47 
 
 		 789 aa  662    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  58.43 
 
 		 795 aa  972    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  77.72 
 
 		 797 aa  1275    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  45.11 
 
 		 787 aa  666    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  44.43 
 
 		 786 aa  657    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  78.68 
 
 		 809 aa  1292    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  59.61 
 
 		 807 aa  1002    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  45.09 
 
 		 816 aa  665    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  61.19 
 
 		 793 aa  1014    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  61.88 
 
 		 799 aa  1031    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  78.19 
 
 		 809 aa  1286    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  43.05 
 
 		 791 aa  642    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  43.47 
 
 		 786 aa  648    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  42.98 
 
 		 783 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  43.31 
 
 		 816 aa  634  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  42.87 
 
 		 783 aa  633  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  42.87 
 
 		 783 aa  633  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  44.01 
 
 		 788 aa  633  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  42.33 
 
 		 787 aa  629  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  43.07 
 
 		 790 aa  626  1e-178  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  42.39 
 
 		 787 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  42.41 
 
 		 787 aa  625  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  43.31 
 
 		 790 aa  625  1e-177  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  42.07 
 
 		 783 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  41.95 
 
 		 783 aa  620  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  42.07 
 
 		 783 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  41.95 
 
 		 783 aa  620  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  41.95 
 
 		 783 aa  619  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  41.95 
 
 		 783 aa  620  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  41.83 
 
 		 783 aa  619  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  41.83 
 
 		 783 aa  618  1e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  41.95 
 
 		 783 aa  617  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  43 
 
 		 820 aa  615  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  42.84 
 
 		 786 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  41.97 
 
 		 787 aa  611  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  42.56 
 
 		 788 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  42.2 
 
 		 789 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  42.07 
 
 		 789 aa  598  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  42.07 
 
 		 789 aa  598  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  40.44 
 
 		 790 aa  581  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  41.76 
 
 		 788 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  40.53 
 
 		 795 aa  570  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  38.71 
 
 		 782 aa  511  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4180  DNA polymerase II  52.48 
 
 		 270 aa  247  8e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.461299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  24.84 
 
 		 783 aa  183  1e-44  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  26.54 
 
 		 786 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  26.16 
 
 		 785 aa  168  4e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  25.25 
 
 		 912 aa  163  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  26.72 
 
 		 810 aa  162  2e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  27.38 
 
 		 781 aa  162  2e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  26.4 
 
 		 784 aa  161  4e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0375  DNA polymerase B region  28.15 
 
 		 1353 aa  161  4e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  26.39 
 
 		 780 aa  159  1e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  26.11 
 
 		 780 aa  159  2e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  26.06 
 
 		 941 aa  157  7e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1156  DNA polymerase B region  26.18 
 
 		 818 aa  156  2e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.809491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  25.75 
 
 		 811 aa  156  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  25.94 
 
 		 781 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  26.77 
 
 		 1058 aa  153  8.999999999999999e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  27.11 
 
 		 812 aa  153  1e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  24.45 
 
 		 784 aa  152  2e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  23.48 
 
 		 910 aa  152  3e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0616  hypothetical protein  26.06 
 
 		 796 aa  150  7e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  25.63 
 
 		 982 aa  150  9e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  26.96 
 
 		 795 aa  148  5e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  24.63 
 
 		 932 aa  145  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  26.8 
 
 		 821 aa  145  3e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  25.6 
 
 		 794 aa  144  5e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  24.96 
 
 		 783 aa  141  4.999999999999999e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  24.53 
 
 		 1070 aa  140  1e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  25.14 
 
 		 929 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07325  catalytic subunit of DNA polymerase delta (Eurofung)  25.99 
 
 		 1044 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>