152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2393 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  53.09 
 
 		 787 aa  830    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  67.6 
 
 		 783 aa  1088    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  67.6 
 
 		 783 aa  1086    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  66.71 
 
 		 783 aa  1069    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  51.08 
 
 		 789 aa  813    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  66.58 
 
 		 783 aa  1066    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  100 
 
 		 786 aa  1613    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  43.43 
 
 		 818 aa  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  44.31 
 
 		 808 aa  647    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  75.48 
 
 		 787 aa  1219    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  90.84 
 
 		 786 aa  1474    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  68.07 
 
 		 788 aa  1101    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  69.76 
 
 		 788 aa  1108    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  76.11 
 
 		 787 aa  1231    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  73.28 
 
 		 788 aa  1178    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  76.46 
 
 		 787 aa  1222    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  68.69 
 
 		 793 aa  1107    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  66.58 
 
 		 783 aa  1066    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  67.22 
 
 		 783 aa  1082    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  67.47 
 
 		 783 aa  1085    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  67.6 
 
 		 783 aa  1086    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  49.3 
 
 		 794 aa  735    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  70.54 
 
 		 816 aa  1140    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  73.57 
 
 		 789 aa  1178    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  69.33 
 
 		 794 aa  1120    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  48.48 
 
 		 786 aa  749    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  46.13 
 
 		 810 aa  657    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  46.13 
 
 		 810 aa  659    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  68.58 
 
 		 788 aa  1109    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  76.37 
 
 		 787 aa  1199    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  69.33 
 
 		 794 aa  1120    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  45.89 
 
 		 810 aa  652    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  71.43 
 
 		 791 aa  1150    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  70.78 
 
 		 788 aa  1097    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  46.28 
 
 		 801 aa  638    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  45.66 
 
 		 809 aa  641    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  47.41 
 
 		 809 aa  718    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  72.03 
 
 		 792 aa  1165    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  69.33 
 
 		 794 aa  1122    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  69.38 
 
 		 790 aa  1104    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  67.6 
 
 		 783 aa  1087    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  89.44 
 
 		 786 aa  1446    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  44.25 
 
 		 790 aa  656    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  66.45 
 
 		 783 aa  1067    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  67.98 
 
 		 820 aa  1075    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  45.21 
 
 		 797 aa  645    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  76.72 
 
 		 786 aa  1197    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  71.83 
 
 		 789 aa  1156    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  69.54 
 
 		 790 aa  1078    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  53.53 
 
 		 787 aa  825    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  54.75 
 
 		 795 aa  878    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  99.36 
 
 		 786 aa  1604    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  76.75 
 
 		 788 aa  1206    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  71.83 
 
 		 789 aa  1154    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  44.22 
 
 		 807 aa  664    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  52.96 
 
 		 816 aa  834    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  67.47 
 
 		 783 aa  1085    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  67.73 
 
 		 783 aa  1089    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  72.3 
 
 		 787 aa  1150    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  45.99 
 
 		 799 aa  660    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  67.6 
 
 		 783 aa  1088    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  70.39 
 
 		 791 aa  1128    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  71.83 
 
 		 789 aa  1155    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  45.31 
 
 		 809 aa  634  1e-180  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  45.31 
 
 		 809 aa  634  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  45.29 
 
 		 809 aa  634  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  43.72 
 
 		 792 aa  629  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  43.87 
 
 		 795 aa  625  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  43.18 
 
 		 793 aa  624  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  42.09 
 
 		 821 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  40.85 
 
 		 782 aa  548  1e-154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4180  DNA polymerase II  59.77 
 
 		 270 aa  328  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.461299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  28.81 
 
 		 783 aa  189  2e-46  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  28.02 
 
 		 785 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  27.92 
 
 		 786 aa  180  1e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1156  DNA polymerase B region  26.14 
 
 		 818 aa  174  5.999999999999999e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.809491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  27.17 
 
 		 781 aa  171  4e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  27.71 
 
 		 784 aa  171  5e-41  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0616  hypothetical protein  25.1 
 
 		 796 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  26.29 
 
 		 784 aa  165  4.0000000000000004e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  25.44 
 
 		 910 aa  163  9e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  26.98 
 
 		 812 aa  162  3e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  26.67 
 
 		 794 aa  160  9e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4181  DNA polymerase II  47.37 
 
 		 211 aa  160  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.554718  normal  0.912153 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  25.9 
 
 		 821 aa  159  1e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  27.71 
 
 		 941 aa  158  4e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  29.08 
 
 		 795 aa  154  8e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  25.28 
 
 		 783 aa  152  2e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  25.25 
 
 		 932 aa  151  5e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  24.43 
 
 		 810 aa  147  6e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  23.81 
 
 		 929 aa  145  2e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  23.82 
 
 		 781 aa  144  6e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0375  DNA polymerase B region  27.85 
 
 		 1353 aa  143  9.999999999999999e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  24.08 
 
 		 780 aa  143  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  23.77 
 
 		 780 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  25.39 
 
 		 912 aa  141  3.9999999999999997e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  27.08 
 
 		 1058 aa  137  8e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  22.82 
 
 		 811 aa  135  3e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  25.9 
 
 		 982 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  25.53 
 
 		 1087 aa  121  4.9999999999999996e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>