More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4721 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  100 
 
 		 425 aa  835    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  93.24 
 
 		 415 aa  764    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  98.12 
 
 		 425 aa  824    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  75.06 
 
 		 429 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  72.86 
 
 		 435 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  59.13 
 
 		 436 aa  466  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  57.59 
 
 		 445 aa  462  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  59.2 
 
 		 432 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  57.59 
 
 		 445 aa  461  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  59.06 
 
 		 432 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  58.6 
 
 		 431 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  58.11 
 
 		 431 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  56.28 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  57.14 
 
 		 430 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  57.63 
 
 		 428 aa  444  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 429 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  56.94 
 
 		 435 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  56.17 
 
 		 431 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  56.83 
 
 		 423 aa  435  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  55.34 
 
 		 429 aa  434  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  55.37 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  57.24 
 
 		 429 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  55.37 
 
 		 436 aa  406  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  54.59 
 
 		 417 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  55.07 
 
 		 449 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  55.07 
 
 		 417 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  52.73 
 
 		 418 aa  395  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  52.77 
 
 		 411 aa  392  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  51.07 
 
 		 423 aa  380  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  51.93 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  49.52 
 
 		 417 aa  375  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  48.44 
 
 		 421 aa  322  6e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  38.13 
 
 		 408 aa  272  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  43.49 
 
 		 430 aa  250  4e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  40.26 
 
 		 384 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  38.74 
 
 		 425 aa  244  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  41.53 
 
 		 386 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  41.69 
 
 		 481 aa  242  9e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  36.69 
 
 		 393 aa  239  6.999999999999999e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  38.97 
 
 		 426 aa  237  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  45.48 
 
 		 355 aa  231  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  41.43 
 
 		 409 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  42.56 
 
 		 356 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.79 
 
 		 415 aa  226  6e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  41.53 
 
 		 422 aa  225  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  42.23 
 
 		 356 aa  224  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  37.01 
 
 		 397 aa  224  3e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  44.59 
 
 		 357 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.81 
 
 		 414 aa  223  4e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  39.21 
 
 		 410 aa  223  4e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  45.3 
 
 		 357 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  38.94 
 
 		 352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  34.38 
 
 		 390 aa  221  3e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  40.67 
 
 		 419 aa  220  3e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  39.72 
 
 		 424 aa  219  6e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  36.13 
 
 		 385 aa  219  7e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  42.44 
 
 		 354 aa  219  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  39.47 
 
 		 410 aa  219  7.999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  36.7 
 
 		 412 aa  219  8.999999999999998e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  37.79 
 
 		 413 aa  218  1e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  38.67 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  31.98 
 
 		 389 aa  219  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  33.16 
 
 		 390 aa  218  1e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  40.39 
 
 		 419 aa  218  2e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  40.6 
 
 		 371 aa  217  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  43.43 
 
 		 362 aa  217  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  40.36 
 
 		 363 aa  216  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  36.87 
 
 		 369 aa  216  5e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  39.39 
 
 		 359 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  38.33 
 
 		 358 aa  216  8e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  38.86 
 
 		 430 aa  214  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  39.78 
 
 		 396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  45.45 
 
 		 418 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  33.59 
 
 		 391 aa  212  1e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  45.12 
 
 		 418 aa  212  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  36.05 
 
 		 371 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  38.42 
 
 		 385 aa  211  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  40.12 
 
 		 383 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  40.12 
 
 		 361 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  40.12 
 
 		 408 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  34.91 
 
 		 404 aa  210  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  37.92 
 
 		 373 aa  209  5e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  45.12 
 
 		 418 aa  209  6e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  34.11 
 
 		 409 aa  209  9e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 423 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  38.01 
 
 		 358 aa  209  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  39.84 
 
 		 406 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  45.09 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  40.4 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  39.68 
 
 		 380 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  39.71 
 
 		 466 aa  208  2e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  41.06 
 
 		 378 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  41.06 
 
 		 378 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  40.6 
 
 		 363 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  40.23 
 
 		 399 aa  207  4e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  35.71 
 
 		 399 aa  206  6e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  34.78 
 
 		 414 aa  206  6e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  40.67 
 
 		 369 aa  206  7e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  38.2 
 
 		 415 aa  206  8e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  42.91 
 
 		 369 aa  205  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>