More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA2237 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  100 
 
 
134 aa  261  3e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.67 
 
 
134 aa  189  7e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  62.69 
 
 
134 aa  179  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  66.41 
 
 
135 aa  178  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.43 
 
 
134 aa  173  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.94 
 
 
134 aa  173  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.89 
 
 
136 aa  170  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00516772  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.35 
 
 
135 aa  159  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2106  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.54 
 
 
135 aa  159  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.59 
 
 
135 aa  155  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.54 
 
 
135 aa  154  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4816  transport protein ExbD  61.16 
 
 
139 aa  141  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55340  transport protein ExbD  61.16 
 
 
139 aa  141  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2499  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.03 
 
 
141 aa  140  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2402  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.24 
 
 
134 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.705571  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2198  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.4 
 
 
137 aa  126  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  37.01 
 
 
140 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  37.01 
 
 
142 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  37.01 
 
 
142 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  37.01 
 
 
142 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  37.01 
 
 
142 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  37.01 
 
 
142 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  37.01 
 
 
142 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  36.22 
 
 
142 aa  97.8  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 
140 aa  91.7  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 
140 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 
142 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 
140 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.82 
 
 
141 aa  88.6  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
143 aa  87.4  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.03 
 
 
137 aa  84  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.06 
 
 
140 aa  83.6  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.13 
 
 
138 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  34.45 
 
 
140 aa  82.4  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
142 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.07 
 
 
137 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0690  biopolymer transport protein  37.98 
 
 
132 aa  81.3  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0276966  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.59 
 
 
138 aa  80.1  0.000000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  34.75 
 
 
139 aa  78.6  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
136 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
141 aa  78.2  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
136 aa  78.6  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 
133 aa  78.6  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
140 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
149 aa  78.2  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  33.33 
 
 
147 aa  78.2  0.00000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1965  biopolymer transport transmembrane protein  31.78 
 
 
137 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 
133 aa  77.8  0.00000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
135 aa  77.4  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.1 
 
 
144 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  34.75 
 
 
139 aa  77.4  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  37.6 
 
 
144 aa  77  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  37.6 
 
 
144 aa  77  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.6 
 
 
144 aa  77  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.2 
 
 
143 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.89 
 
 
144 aa  77  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
144 aa  76.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.9 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.9 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35 
 
 
166 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.9 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4606  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.82 
 
 
142 aa  76.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  30.53 
 
 
139 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.9 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  35.61 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 
140 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  36.8 
 
 
144 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.9 
 
 
176 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0757  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.59 
 
 
142 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
133 aa  74.7  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3787  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.75 
 
 
148 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
142 aa  73.9  0.0000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.880505  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 
147 aa  73.9  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
134 aa  73.9  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  38.1 
 
 
145 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  31.82 
 
 
142 aa  72.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.75 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
141 aa  73.6  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  32.77 
 
 
153 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2118  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.07 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0526178  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2237  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
137 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
137 aa  72.4  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3062  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 
127 aa  72.4  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196503  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  33.58 
 
 
152 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
158 aa  72  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.23 
 
 
136 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.25 
 
 
158 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1443  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.38 
 
 
142 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  31.09 
 
 
153 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3669  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
127 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.51 
 
 
143 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.38 
 
 
142 aa  72  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.970491  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  31.09 
 
 
153 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  38.1 
 
 
145 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  33.9 
 
 
139 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 
144 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3233  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
142 aa  70.9  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1794  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
136 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0946301  normal  0.726356 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>