More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03226 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  100 
 
 		 248 aa  506  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  62.55 
 
 		 251 aa  316  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  49.39 
 
 		 263 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  49.79 
 
 		 250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  51.45 
 
 		 254 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  49.38 
 
 		 250 aa  241  6e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  49.38 
 
 		 250 aa  241  6e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  49.38 
 
 		 250 aa  241  6e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  49.38 
 
 		 250 aa  241  6e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  49.38 
 
 		 250 aa  241  7e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  49.38 
 
 		 250 aa  241  7e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  49.38 
 
 		 250 aa  241  7e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  48.37 
 
 		 256 aa  241  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  49.79 
 
 		 250 aa  239  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  48.96 
 
 		 250 aa  239  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  48.96 
 
 		 250 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  49.79 
 
 		 250 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  48.96 
 
 		 250 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  51.98 
 
 		 254 aa  239  4e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  48.96 
 
 		 250 aa  239  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  48.96 
 
 		 250 aa  239  4e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  49.79 
 
 		 250 aa  238  5e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  47.97 
 
 		 256 aa  235  6e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  52.42 
 
 		 254 aa  235  6e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  51.32 
 
 		 254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  50.88 
 
 		 254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  48.71 
 
 		 255 aa  232  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  49.79 
 
 		 254 aa  230  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  50.66 
 
 		 254 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  50.66 
 
 		 254 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  50.44 
 
 		 278 aa  229  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  47.84 
 
 		 255 aa  229  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  51.34 
 
 		 254 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  51.34 
 
 		 254 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  51.34 
 
 		 254 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  51.34 
 
 		 254 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  51.34 
 
 		 254 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  50.89 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  50.89 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  50.89 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  50.89 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  50.89 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  50.89 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  50.89 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  50.89 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  50.89 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  45.42 
 
 		 249 aa  224  8e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  45.93 
 
 		 258 aa  215  5e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 261 aa  200  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 257 aa  180  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 258 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 257 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  41.2 
 
 		 257 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  43.23 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 255 aa  175  8e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  40.32 
 
 		 256 aa  174  9e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  41.87 
 
 		 255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 255 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  41.87 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  41.39 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 239 aa  158  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 239 aa  158  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 239 aa  158  6e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 247 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 366 aa  153  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2669  GntR domain-containing protein  35.94 
 
 		 237 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  36.69 
 
 		 255 aa  152  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2802  GntR domain-containing protein  35.94 
 
 		 237 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  34.07 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 255 aa  148  9e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  37.14 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  36.82 
 
 		 257 aa  145  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 241 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 255 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  35.84 
 
 		 255 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6080  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 238 aa  142  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.348599 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4351  GntR domain-containing protein  36.48 
 
 		 265 aa  141  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  34.21 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  35.4 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5900  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 232 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.540308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0204  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  34.15 
 
 		 257 aa  138  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  35.14 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  37.1 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 		 243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  34.25 
 
 		 234 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.92 
 
 		 255 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.33 
 
 		 263 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 255 aa  134  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.73 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  36.44 
 
 		 251 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  37.4 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  35 
 
 		 257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 288 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.67 
 
 		 251 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>