More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3469 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  100 
 
 		 433 aa  863    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  54.31 
 
 		 429 aa  436  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  50.95 
 
 		 421 aa  415  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  53.1 
 
 		 413 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  49.64 
 
 		 400 aa  403  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  50.72 
 
 		 403 aa  402  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  52.49 
 
 		 428 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  50.12 
 
 		 411 aa  398  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  50.96 
 
 		 406 aa  397  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  51.08 
 
 		 404 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  48.69 
 
 		 404 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  49.87 
 
 		 378 aa  382  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  50.64 
 
 		 403 aa  376  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  49.64 
 
 		 406 aa  374  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  49.75 
 
 		 415 aa  372  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  47.49 
 
 		 404 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  47.52 
 
 		 420 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  50.25 
 
 		 404 aa  363  3e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  47.23 
 
 		 405 aa  358  7e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  46.49 
 
 		 421 aa  358  7e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  46.23 
 
 		 410 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  46.06 
 
 		 407 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  47.13 
 
 		 407 aa  355  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  48.23 
 
 		 403 aa  355  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2460  phage integrase family protein  46.71 
 
 		 413 aa  348  1e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  45.88 
 
 		 412 aa  346  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  47.79 
 
 		 413 aa  346  4e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  43.69 
 
 		 462 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  46.95 
 
 		 419 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  46.32 
 
 		 445 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  47.65 
 
 		 409 aa  337  2.9999999999999997e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  44.69 
 
 		 394 aa  325  9e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  43.34 
 
 		 427 aa  318  2e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  44.29 
 
 		 412 aa  316  4e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  42.86 
 
 		 402 aa  316  5e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  44.06 
 
 		 412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  42.62 
 
 		 404 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  42.14 
 
 		 404 aa  299  8e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  42.14 
 
 		 404 aa  299  8e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  43.8 
 
 		 405 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  41.9 
 
 		 409 aa  294  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  41.63 
 
 		 398 aa  294  3e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  40.6 
 
 		 404 aa  293  5e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  41.67 
 
 		 404 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  40.6 
 
 		 420 aa  283  5.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  40.63 
 
 		 419 aa  283  6.000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  37.91 
 
 		 395 aa  282  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  41.73 
 
 		 391 aa  282  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  41.23 
 
 		 421 aa  281  1e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  38.75 
 
 		 404 aa  281  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  39.61 
 
 		 411 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  42.11 
 
 		 404 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  40.53 
 
 		 420 aa  280  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  38.61 
 
 		 410 aa  280  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.29 
 
 		 420 aa  280  4e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  38.5 
 
 		 404 aa  280  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  38.5 
 
 		 404 aa  280  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  38.68 
 
 		 402 aa  280  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  41.75 
 
 		 402 aa  279  9e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  38.81 
 
 		 396 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  38.99 
 
 		 387 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  41.08 
 
 		 404 aa  276  5e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  43.03 
 
 		 401 aa  276  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  38.99 
 
 		 396 aa  275  9e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  41.88 
 
 		 403 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.2 
 
 		 422 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  40.29 
 
 		 397 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  39.38 
 
 		 412 aa  273  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1216  phage integrase family protein  38.11 
 
 		 402 aa  273  6e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.145773 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  39.56 
 
 		 421 aa  273  6e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.68 
 
 		 394 aa  271  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  38.94 
 
 		 421 aa  271  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.62 
 
 		 402 aa  271  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  36.82 
 
 		 397 aa  271  2e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  40.53 
 
 		 404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  42.32 
 
 		 399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.42 
 
 		 394 aa  270  4e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  37.37 
 
 		 404 aa  270  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  39.29 
 
 		 396 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.08 
 
 		 421 aa  268  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  37.47 
 
 		 419 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  40.25 
 
 		 419 aa  266  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  37.1 
 
 		 404 aa  266  5e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  38.17 
 
 		 394 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  40.52 
 
 		 401 aa  266  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  36.62 
 
 		 404 aa  266  7e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  37.15 
 
 		 394 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  37.15 
 
 		 394 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  36.64 
 
 		 419 aa  265  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  36.88 
 
 		 424 aa  263  4e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  40.2 
 
 		 438 aa  263  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  36.88 
 
 		 417 aa  263  4e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3727  integrase family protein  38.36 
 
 		 396 aa  261  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  36.88 
 
 		 419 aa  261  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  37.26 
 
 		 419 aa  260  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04136  predicted integrase  38.11 
 
 		 396 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04100  hypothetical protein  38.11 
 
 		 396 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  36.71 
 
 		 396 aa  260  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  35.91 
 
 		 387 aa  259  9e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  36.09 
 
 		 389 aa  257  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>