276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3106 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  62.33 
 
 
607 aa  746    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0476  quinoprotein glucose dehydrogenase  65.89 
 
 
600 aa  821    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  62.54 
 
 
619 aa  785    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0508  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  68.84 
 
 
601 aa  825    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619983  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  67.75 
 
 
601 aa  800    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  66.5 
 
 
600 aa  827    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  67.63 
 
 
601 aa  821    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  68.84 
 
 
601 aa  826    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  89.1 
 
 
608 aa  1073    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  54.11 
 
 
601 aa  655    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0344  Pyrrolo-quinoline quinone  54.63 
 
 
623 aa  642    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.122301  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2314  Pyrrolo-quinoline quinone  55.43 
 
 
625 aa  640    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000100555  unclonable  0.000000320672 
 
 
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  68.96 
 
 
605 aa  863    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5977  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  69.31 
 
 
600 aa  832    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.391325  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  67.22 
 
 
601 aa  826    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5752  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  68.9 
 
 
599 aa  823    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0649397 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  100 
 
 
606 aa  1244    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  65.56 
 
 
600 aa  811    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  68.94 
 
 
601 aa  836    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2082  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  58.35 
 
 
588 aa  703    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.687191  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  70.81 
 
 
606 aa  882    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  68.25 
 
 
599 aa  827    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  68.96 
 
 
608 aa  880    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0421  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  58.35 
 
 
590 aa  723    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  65.89 
 
 
601 aa  805    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1932  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  58.88 
 
 
592 aa  712    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0203998 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  67.63 
 
 
601 aa  821    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  90.59 
 
 
606 aa  1134    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  66.33 
 
 
600 aa  824    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  65.03 
 
 
600 aa  822    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  52.32 
 
 
615 aa  625  1e-178  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1717  Pyrrolo-quinoline quinone  50.5 
 
 
620 aa  595  1e-169  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000584084  unclonable  0.000000429175 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0779  methanol dehydrogenase protein, large subunit  49.32 
 
 
601 aa  591  1e-167  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0879687  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1829  Pyrrolo-quinoline quinone  50.09 
 
 
620 aa  586  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.732346 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2044  Pyrrolo-quinoline quinone  49 
 
 
599 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.115508  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4210  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  48.68 
 
 
627 aa  560  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719388  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4632  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  50.09 
 
 
626 aa  557  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.271906 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0471  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  48.01 
 
 
625 aa  552  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4518  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  49.24 
 
 
626 aa  555  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.966685  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4150  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  49.24 
 
 
626 aa  555  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383489  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  48.56 
 
 
629 aa  549  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771392  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2993  Pyrrolo-quinoline quinone  44.91 
 
 
632 aa  548  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.391865  normal  0.445791 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1907  Pyrrolo-quinoline quinone  47.88 
 
 
624 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0135977  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  44.54 
 
 
604 aa  495  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  46.43 
 
 
601 aa  492  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  44.31 
 
 
613 aa  481  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  44.09 
 
 
616 aa  476  1e-133  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3149  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  44.67 
 
 
631 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  42.76 
 
 
613 aa  451  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  43.25 
 
 
611 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  41.18 
 
 
605 aa  436  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  39.61 
 
 
580 aa  347  4e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.96 
 
 
587 aa  345  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  41.57 
 
 
584 aa  343  5e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  41.19 
 
 
584 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.63 
 
 
579 aa  341  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  39.43 
 
 
579 aa  341  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.42 
 
 
587 aa  339  9e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.42 
 
 
587 aa  339  9e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  37.63 
 
 
591 aa  339  9e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.99 
 
 
589 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  38.61 
 
 
602 aa  335  2e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  36.9 
 
 
580 aa  334  2e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.55 
 
 
602 aa  331  2e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  39.53 
 
 
554 aa  330  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  39.69 
 
 
593 aa  330  4e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.65 
 
 
597 aa  323  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.51 
 
 
595 aa  323  6e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  36.51 
 
 
595 aa  323  7e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  36.51 
 
 
595 aa  323  7e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.54 
 
 
588 aa  321  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  36.72 
 
 
702 aa  318  1e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.61 
 
 
582 aa  319  1e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.32 
 
 
726 aa  319  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  39.81 
 
 
587 aa  318  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  36.26 
 
 
587 aa  316  6e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  37.35 
 
 
623 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  37.26 
 
 
623 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  37.59 
 
 
549 aa  311  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  37.09 
 
 
620 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  35.62 
 
 
570 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.29 
 
 
631 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  37.11 
 
 
631 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  37.11 
 
 
631 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  34.21 
 
 
738 aa  299  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  38.14 
 
 
618 aa  298  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  36.48 
 
 
705 aa  297  4e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  36.48 
 
 
588 aa  296  6e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  34.78 
 
 
720 aa  295  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  35.38 
 
 
562 aa  294  3e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  34.62 
 
 
721 aa  291  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  34.23 
 
 
573 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  34.23 
 
 
573 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  34.83 
 
 
724 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.05 
 
 
573 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.07 
 
 
697 aa  287  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  34.13 
 
 
718 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  35.58 
 
 
709 aa  283  5.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.73 
 
 
707 aa  283  7.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  34.64 
 
 
698 aa  282  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>