More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_16030 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  100 
 
 
407 aa  805  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  61.42 
 
 
407 aa  416  1e-115  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  56.43 
 
 
402 aa  395  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  54.59 
 
 
410 aa  394  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  54.16 
 
 
422 aa  380  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  3.25025e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  54.59 
 
 
406 aa  380  1e-104  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  53.81 
 
 
420 aa  375  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  52.33 
 
 
424 aa  360  3e-98  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  50.63 
 
 
408 aa  356  4e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  52.08 
 
 
414 aa  347  2e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  52.65 
 
 
430 aa  346  5e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  52.23 
 
 
419 aa  340  2e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 
417 aa  338  8e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  51.71 
 
 
419 aa  338  8e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  47.66 
 
 
408 aa  332  6e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  48.99 
 
 
415 aa  327  2e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  49.74 
 
 
430 aa  326  6e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  49.48 
 
 
410 aa  323  2e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  50.39 
 
 
415 aa  322  6e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  44.01 
 
 
399 aa  275  1e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  36.32 
 
 
393 aa  266  4e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  41.07 
 
 
425 aa  256  6e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  44.64 
 
 
409 aa  254  1e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  43.32 
 
 
399 aa  253  4e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  42.41 
 
 
418 aa  253  4e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  41.55 
 
 
418 aa  252  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  37.41 
 
 
408 aa  251  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  38.07 
 
 
412 aa  251  2e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  2.72693e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  41.55 
 
 
418 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  34.78 
 
 
395 aa  247  3e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  37.27 
 
 
390 aa  244  1e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  36.71 
 
 
409 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  36.6 
 
 
390 aa  241  1e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  37.3 
 
 
391 aa  242  1e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  44.44 
 
 
385 aa  240  3e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  39.2 
 
 
413 aa  239  4e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  36.17 
 
 
385 aa  239  5e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13710  DNA polymerase IV involved in DNA repair  42.64 
 
 
431 aa  239  5e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  36.18 
 
 
409 aa  239  8e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  37.53 
 
 
397 aa  237  3e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4788  DNA-directed DNA polymerase  44.27 
 
 
402 aa  237  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.182226  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  38.78 
 
 
426 aa  236  7e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1122  DNA polymerase IV  47.71 
 
 
413 aa  236  8e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  40.89 
 
 
407 aa  233  4e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  36.2 
 
 
409 aa  232  7e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  34.45 
 
 
389 aa  232  8e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  39.26 
 
 
481 aa  230  3e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  38.27 
 
 
395 aa  230  4e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  39.95 
 
 
386 aa  230  4e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  39.32 
 
 
418 aa  229  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  37 
 
 
407 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  40.76 
 
 
355 aa  228  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3810  DNA polymerase IV  38.12 
 
 
428 aa  228  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0803828  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  37.08 
 
 
384 aa  228  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  38.62 
 
 
431 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3609  DNA-directed DNA polymerase  39.14 
 
 
405 aa  228  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.448364  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  36.09 
 
 
425 aa  227  3e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  37.87 
 
 
429 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  36.52 
 
 
354 aa  227  3e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  36.67 
 
 
413 aa  227  4e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  37.63 
 
 
423 aa  226  7e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1686  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  35.53 
 
 
424 aa  226  7e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5059  DNA polymerase IV  44.18 
 
 
407 aa  226  8e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315945  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  34.28 
 
 
409 aa  225  8e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5147  DNA polymerase IV  44.18 
 
 
407 aa  226  8e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  40.37 
 
 
365 aa  225  8e-58  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5438  DNA polymerase IV  39.9 
 
 
407 aa  225  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.151264  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  37.4 
 
 
432 aa  225  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0243  ImpB/MucB/SamB family protein  35 
 
 
409 aa  225  1e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1021  DNA polymerase IV  39.8 
 
 
401 aa  224  2e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.6656  normal  0.0517924 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  35 
 
 
371 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  39.65 
 
 
356 aa  223  3e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  40.29 
 
 
369 aa  223  4e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5685  DNA polymerase IV  45.37 
 
 
424 aa  223  5e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273553 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10700  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.31 
 
 
422 aa  222  9e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00310871  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  39.95 
 
 
417 aa  222  9e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  37.27 
 
 
429 aa  222  9e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  39.47 
 
 
417 aa  221  2e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  39.04 
 
 
449 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  35.93 
 
 
372 aa  220  4e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  39.62 
 
 
378 aa  219  7e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  39.62 
 
 
378 aa  219  7e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  3.1101e-06 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  35.46 
 
 
411 aa  219  8e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  36.55 
 
 
368 aa  218  1e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  35.28 
 
 
445 aa  218  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  34.21 
 
 
356 aa  218  1e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  40.53 
 
 
378 aa  218  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  32.3 
 
 
412 aa  218  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  34.3 
 
 
453 aa  218  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  35.37 
 
 
408 aa  217  3e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  36.84 
 
 
385 aa  217  3e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  37.99 
 
 
436 aa  217  3e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  35.28 
 
 
445 aa  217  3e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  38.81 
 
 
363 aa  217  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  35.86 
 
 
417 aa  217  4e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  35.82 
 
 
369 aa  216  5e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  7.22148e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  31.78 
 
 
412 aa  216  5e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  37.15 
 
 
429 aa  216  6e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  32.04 
 
 
412 aa  216  6e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  32.04 
 
 
412 aa  216  7e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>