136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1447 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1447  cytochrome c class I  100 
 
 
284 aa  583  1e-166  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0356963  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15700  cytochrome c, mono- and diheme variants family  72.97 
 
 
259 aa  386  1e-106  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.871134  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1891  cytochrome c class I  67.18 
 
 
259 aa  367  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.527374  hitchhiker  0.000337472 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  69.35 
 
 
261 aa  328  5.0000000000000004e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14180  cytochrome c, mono- and diheme variants family  61.65 
 
 
266 aa  328  6e-89  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.616928  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2009  cytochrome c class I  69.5 
 
 
259 aa  324  8.000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2210  cytochrome c, class I  56.65 
 
 
262 aa  288  6e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0119453  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12130  cytochrome c, mono- and diheme variants family  64.06 
 
 
256 aa  288  6e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.298886  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1947  cytochrome c class I  57.03 
 
 
262 aa  279  4e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000151337 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  52.47 
 
 
263 aa  279  4e-74  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  52.83 
 
 
276 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1678  cytochrome c class I  51.47 
 
 
289 aa  268  8e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2676  hypothetical protein  51.15 
 
 
269 aa  256  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.543217 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3251  cytochrome c class I  53.45 
 
 
277 aa  253  3e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0775555 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0963  cytochrome c, class I  50.98 
 
 
268 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0745087 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3062  cytochrome c class I  51.43 
 
 
303 aa  226  4e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0184477  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3107  cytochrome c, class I  48.37 
 
 
305 aa  224  1e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510771  normal  0.352992 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  49.39 
 
 
289 aa  219  6e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1810  cytochrome c class I  45.12 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3341  cytochrome c class I  48.39 
 
 
295 aa  207  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3294  cytochrome c, class I  42.09 
 
 
277 aa  207  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.79873  normal  0.176806 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10680  cytochrome c, mono- and diheme variants family  44.44 
 
 
275 aa  206  3e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0523281  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3292  cytochrome c, class I  47.66 
 
 
272 aa  206  4e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.250177  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3354  cytochrome c, class I  47.66 
 
 
272 aa  206  4e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0582943  normal  0.0591201 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3303  cytochrome c, class I  47.66 
 
 
272 aa  206  4e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  47.81 
 
 
270 aa  204  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3526  cytochrome c class I  45.93 
 
 
277 aa  203  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021541 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4119  cytochrome c class I  45.16 
 
 
271 aa  198  7.999999999999999e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.83541 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3558  cytochrome c, class I  46.48 
 
 
273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0912153 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2955  cytochrome c, class I  46.75 
 
 
278 aa  193  3e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136352  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  39.4 
 
 
307 aa  189  4e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12222  ubiquinol-cytochrome C reductase qcrC (cytochrome C subunit)  44.66 
 
 
280 aa  186  3e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3134  cytochrome c class I  38.89 
 
 
311 aa  180  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  47.66 
 
 
295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2693  cytochrome c class I  40 
 
 
306 aa  170  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.714589  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  40.65 
 
 
280 aa  168  8e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3249  cytochrome c class I  42.06 
 
 
255 aa  159  7e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00726195  hitchhiker  0.0000284914 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.9 
 
 
312 aa  65.9  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.7 
 
 
308 aa  65.9  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  26.77 
 
 
304 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2776  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.88 
 
 
310 aa  60.5  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000169467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.2 
 
 
323 aa  58.9  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.59 
 
 
308 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1820  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  29.17 
 
 
327 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.700431  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  26.87 
 
 
317 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.64 
 
 
382 aa  54.3  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  27.27 
 
 
304 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  25.84 
 
 
326 aa  53.5  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  32.64 
 
 
374 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  26.34 
 
 
224 aa  53.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.95 
 
 
293 aa  52.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3823  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.47 
 
 
325 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85561  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.38 
 
 
313 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.75 
 
 
323 aa  52  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4258  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.05 
 
 
325 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.816603 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2001  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.66 
 
 
325 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.57 
 
 
298 aa  51.2  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.168664  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1526  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.28 
 
 
311 aa  51.2  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.7 
 
 
313 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3576  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.08 
 
 
326 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1107  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.5 
 
 
307 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1867  normal  0.890058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1200  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26 
 
 
307 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944048  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1968  cytochrome c class I  29.85 
 
 
238 aa  50.4  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000548419  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.54 
 
 
296 aa  50.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1610  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.38 
 
 
325 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  32.85 
 
 
205 aa  50.1  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.7 
 
 
313 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0905  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  25.24 
 
 
287 aa  49.7  0.00006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.269734  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.7 
 
 
313 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1798  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.5 
 
 
292 aa  49.3  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  27.21 
 
 
325 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.5 
 
 
322 aa  48.5  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  23.15 
 
 
318 aa  48.9  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.7 
 
 
322 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.7 
 
 
322 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.7 
 
 
322 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2778  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.47 
 
 
305 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.452004  normal  0.247491 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  27.81 
 
 
350 aa  48.1  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2821  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.63 
 
 
303 aa  47.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.106321  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4302  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.21 
 
 
305 aa  48.1  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0300725  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2475  putative cytochrome C oxidase (subunit III) transmembrane protein  29.45 
 
 
307 aa  48.1  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.48971  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.52 
 
 
322 aa  47.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2607  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.7 
 
 
332 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00078494  normal  0.780558 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.87 
 
 
306 aa  47.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.13 
 
 
304 aa  47.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.15 
 
 
318 aa  48.1  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2376  hypothetical protein  22.86 
 
 
224 aa  47.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0256417  normal  0.420009 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1455  cytochrome c class I  23.69 
 
 
278 aa  48.1  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000371587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.09 
 
 
308 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.12 
 
 
325 aa  47  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  25.74 
 
 
322 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2204  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.74 
 
 
322 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000397613  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1003  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.99 
 
 
304 aa  47.4  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4959  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.6 
 
 
287 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21117  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1087  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.99 
 
 
304 aa  47  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497321  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.74 
 
 
322 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0262117  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.74 
 
 
322 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106993  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.74 
 
 
322 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000127298  normal  0.441817 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44400  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.08 
 
 
318 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3780  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  27.08 
 
 
318 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>