252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_2013 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_2013  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 92 aa  191  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  66.67 
 
 		 90 aa  120  7e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  78.57 
 
 		 89 aa  120  9e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  69.14 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  64.44 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0558  RNA chaperone Hfq  64.44 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00283933  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  69.14 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3710  RNA chaperone Hfq  64.44 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.42469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  64.44 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3893  RNA chaperone Hfq  64.44 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0570071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0598  RNA-binding protein Hfq  64.44 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00147514  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3432  RNA-binding protein Hfq  64.44 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.528645  normal  0.0945438 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0597  RNA-binding protein Hfq  64.44 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.448781  hitchhiker  0.00000118044 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  71.79 
 
 		 103 aa  119  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  71.79 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  71.79 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  71.79 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  71.79 
 
 		 102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  61.22 
 
 		 99 aa  118  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  66.67 
 
 		 89 aa  118  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  67.44 
 
 		 87 aa  118  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  71.05 
 
 		 80 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4779  RNA-binding protein Hfq  70.51 
 
 		 102 aa  117  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00124447  normal  0.127412 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  67.44 
 
 		 87 aa  117  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  71.43 
 
 		 77 aa  117  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  59.79 
 
 		 101 aa  117  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  59.79 
 
 		 101 aa  117  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  71.79 
 
 		 102 aa  117  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  59.79 
 
 		 101 aa  117  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3025  host factor-I protein  62.37 
 
 		 91 aa  116  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0026686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3280  RNA chaperone Hfq  63.33 
 
 		 90 aa  116  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00627762  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3919  RNA-binding protein Hfq  79.41 
 
 		 99 aa  116  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0446304  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1105  RNA-binding protein Hfq  77.94 
 
 		 96 aa  116  9e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  74.65 
 
 		 93 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  66.28 
 
 		 87 aa  115  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  65.22 
 
 		 91 aa  116  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0496  RNA chaperone Hfq  74.65 
 
 		 84 aa  115  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0593828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  75.71 
 
 		 92 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  74.29 
 
 		 82 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  72 
 
 		 81 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  74.65 
 
 		 94 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0535  RNA-binding protein Hfq  79.41 
 
 		 99 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000282638  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0492  RNA-binding protein Hfq  79.41 
 
 		 99 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00316881  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  74.65 
 
 		 85 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  63.74 
 
 		 92 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  74.29 
 
 		 92 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  70.27 
 
 		 90 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  74.29 
 
 		 92 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0325  host factor-I protein  72.46 
 
 		 83 aa  114  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  75 
 
 		 83 aa  114  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2777  RNA-binding protein Hfq  64.37 
 
 		 88 aa  114  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  69.33 
 
 		 82 aa  114  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  69.33 
 
 		 82 aa  114  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  64.2 
 
 		 82 aa  113  6.9999999999999995e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  70.83 
 
 		 81 aa  113  8.999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  69.33 
 
 		 84 aa  113  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  72.86 
 
 		 86 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2302  host factor Hfq  68.75 
 
 		 82 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232756  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2667  RNA-binding protein Hfq  62.79 
 
 		 86 aa  112  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1095  RNA chaperone Hfq  64.37 
 
 		 83 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  60.87 
 
 		 86 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5014  RNA chaperone Hfq  68.75 
 
 		 83 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0484733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  67.57 
 
 		 83 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1175  RNA chaperone Hfq  64.37 
 
 		 83 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.843427  normal  0.622907 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  71.43 
 
 		 83 aa  111  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0075  RNA chaperone Hfq  73.91 
 
 		 84 aa  111  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  72.46 
 
 		 78 aa  111  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2081  RNA-binding protein Hfq  67.11 
 
 		 79 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0916086  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  59.78 
 
 		 86 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  59.78 
 
 		 86 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1589  RNA-binding protein Hfq  72.46 
 
 		 81 aa  110  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000194767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  59.78 
 
 		 86 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2101  RNA-binding protein Hfq  68.49 
 
 		 79 aa  110  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0726249  normal  0.0347469 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1429  RNA chaperone Hfq  62.92 
 
 		 83 aa  110  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.180806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  72.86 
 
 		 86 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2192  RNA chaperone Hfq  74.63 
 
 		 81 aa  109  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1877  RNA-binding protein Hfq  74.63 
 
 		 89 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.542624  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1220  RNA-binding protein Hfq  68.06 
 
 		 79 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0921  RNA-binding protein Hfq  71.21 
 
 		 183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  75.76 
 
 		 89 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1493  host factor Hfq  71.21 
 
 		 183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  71.21 
 
 		 201 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3385  RNA-binding protein Hfq  69.44 
 
 		 78 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1064  RNA-binding protein Hfq  68.06 
 
 		 79 aa  108  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  61.45 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1156  RNA-binding protein Hfq  68.06 
 
 		 79 aa  108  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  61.45 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  68.49 
 
 		 80 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  68.49 
 
 		 78 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  68.49 
 
 		 78 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  68.49 
 
 		 78 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  68.49 
 
 		 80 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  68.49 
 
 		 79 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>