More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0839 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0839  DNA-binding regulatory protein, YebC/PmpR family  100 
 
 		 252 aa  511  1e-144  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0450  hypothetical protein  88.4 
 
 		 251 aa  427  1e-119  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1793  protein of unknown function DUF28  64.66 
 
 		 251 aa  340  2e-92  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.209564  normal  0.104344 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17500  conserved hypothetical protein TIGR01033  63.05 
 
 		 252 aa  335  5e-91  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268105  normal  0.267307 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1989  hypothetical protein  62.95 
 
 		 252 aa  326  2.0000000000000001e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0129309 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2096  hypothetical protein  64.11 
 
 		 249 aa  325  4.0000000000000003e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.803403  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15040  conserved hypothetical protein TIGR01033  62.9 
 
 		 249 aa  323  2e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.105495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15350  conserved hypothetical protein TIGR01033  62.4 
 
 		 251 aa  319  3e-86  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.144785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6116  hypothetical protein  62.65 
 
 		 250 aa  316  3e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.701892  normal  0.165467 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3179  protein of unknown function DUF28  63.45 
 
 		 250 aa  315  4e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0825  protein of unknown function DUF28  61.69 
 
 		 249 aa  315  5e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.141355  normal  0.0381393 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2290  hypothetical protein  61.2 
 
 		 250 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2251  hypothetical protein  61.2 
 
 		 250 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.06842  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2298  hypothetical protein  61.2 
 
 		 250 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3057  protein of unknown function DUF28  60.47 
 
 		 253 aa  310  1e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.205438  normal  0.98142 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2629  hypothetical protein  61.2 
 
 		 251 aa  309  2e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1792  hypothetical protein  60.48 
 
 		 249 aa  308  5.9999999999999995e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12622  hypothetical protein  58.4 
 
 		 251 aa  307  9e-83  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2108  protein of unknown function DUF28  61.63 
 
 		 249 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00811013  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1779  hypothetical protein  60.89 
 
 		 249 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2351  protein of unknown function DUF28  60.4 
 
 		 251 aa  305  3e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3398  protein of unknown function DUF28  59.29 
 
 		 255 aa  305  4.0000000000000004e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00438869  decreased coverage  0.000000218577 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2066  hypothetical protein  59.27 
 
 		 250 aa  305  4.0000000000000004e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1371  protein of unknown function DUF28  58.4 
 
 		 252 aa  303  2.0000000000000002e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.82714  normal  0.0256064 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2570  hypothetical protein  58.4 
 
 		 251 aa  301  1e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2110  protein of unknown function DUF28  61.6 
 
 		 251 aa  298  6e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.190247  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3828  hypothetical protein  57.43 
 
 		 251 aa  296  2e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1346  hypothetical protein  57.66 
 
 		 248 aa  296  2e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.404537  normal  0.548466 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1665  protein of unknown function DUF28  61.81 
 
 		 256 aa  295  4e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0741834  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0743  hypothetical protein  56.85 
 
 		 247 aa  290  1e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000326938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2299  protein of unknown function DUF28  60.64 
 
 		 251 aa  288  7e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1932  protein of unknown function DUF28  60.24 
 
 		 251 aa  288  9e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487076  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13930  conserved hypothetical protein TIGR01033  56.75 
 
 		 254 aa  287  1e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0487372  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1074  hypothetical protein  54.44 
 
 		 247 aa  282  4.0000000000000003e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2383  hypothetical protein  57.09 
 
 		 259 aa  281  6.000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1368  hypothetical protein  57.32 
 
 		 251 aa  280  1e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5147  hypothetical protein  54.88 
 
 		 251 aa  270  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000302619  decreased coverage  0.000117077 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2304  hypothetical protein  52.61 
 
 		 251 aa  270  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0897914  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2034  hypothetical protein  51.81 
 
 		 251 aa  265  7e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000103921 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0933  hypothetical protein  51.61 
 
 		 247 aa  264  1e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000814789 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1416  hypothetical protein  52.02 
 
 		 247 aa  264  1e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000254749  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1643  hypothetical protein  53.39 
 
 		 250 aa  262  3e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3313  hypothetical protein  51.21 
 
 		 247 aa  262  3e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1318  hypothetical protein  54.44 
 
 		 250 aa  263  3e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0714247  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0475  hypothetical protein  53.41 
 
 		 250 aa  261  6e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0165  hypothetical protein  52.99 
 
 		 250 aa  260  1e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1245  hypothetical protein  50.4 
 
 		 247 aa  260  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0538  hypothetical protein  54.18 
 
 		 250 aa  259  3e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0657  hypothetical protein  52.19 
 
 		 250 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.384968  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0542  hypothetical protein  53.2 
 
 		 250 aa  258  5.0000000000000005e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2673  hypothetical protein  49.6 
 
 		 247 aa  257  1e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000969674  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3911  protein of unknown function DUF28  49.18 
 
 		 249 aa  256  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.662224  normal  0.0433199 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1487  hypothetical protein  52.74 
 
 		 247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000223264  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0371  hypothetical protein  51.23 
 
 		 246 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00064064  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1219  protein of unknown function DUF28  51 
 
 		 250 aa  251  6e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.100847  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2335  hypothetical protein  51.21 
 
 		 248 aa  250  1e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000225431  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12910  conserved hypothetical protein TIGR01033  55.56 
 
 		 253 aa  250  1e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.335721  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0059  hypothetical protein  51 
 
 		 250 aa  250  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.852085  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0060  hypothetical protein  51 
 
 		 250 aa  250  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0149328  normal  0.895421 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12350  hypothetical protein  51.38 
 
 		 253 aa  248  5e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.242675  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0323  protein of unknown function DUF28  49.24 
 
 		 265 aa  248  8e-65  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0125354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0479  hypothetical protein  47.79 
 
 		 250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000314446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1151  hypothetical protein  44.98 
 
 		 250 aa  242  3e-63  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0501  protein of unknown function DUF28  47.39 
 
 		 249 aa  243  3e-63  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0685  hypothetical protein  47.81 
 
 		 251 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2722  hypothetical protein  52.92 
 
 		 240 aa  242  3.9999999999999997e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0137  hypothetical protein  49.4 
 
 		 248 aa  241  6e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.153689  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1748  hypothetical protein  47.58 
 
 		 249 aa  240  1e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.649879 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2492  hypothetical protein  49.39 
 
 		 250 aa  239  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3547  protein of unknown function DUF28  46 
 
 		 250 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0132193  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4001  hypothetical protein  51.81 
 
 		 248 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4410  hypothetical protein  52 
 
 		 248 aa  239  4e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51810  hypothetical protein  51.6 
 
 		 248 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73043  hitchhiker  0.0000547975 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4544  hypothetical protein  51.2 
 
 		 248 aa  237  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0967  protein of unknown function DUF28  48.12 
 
 		 266 aa  237  1e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.021533  hitchhiker  0.000000117284 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0496  hypothetical protein  51.2 
 
 		 250 aa  236  2e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.813063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3178  protein of unknown function DUF28  49.6 
 
 		 249 aa  236  2e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.777297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0454  hypothetical protein  46.85 
 
 		 253 aa  236  3e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.588948  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0807  hypothetical protein  50.2 
 
 		 251 aa  235  5.0000000000000005e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03900  conserved hypothetical protein TIGR01033  48.11 
 
 		 265 aa  235  6e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.144849 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0661  hypothetical protein  50 
 
 		 248 aa  235  6e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.135239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0925  protein of unknown function DUF28  49.6 
 
 		 250 aa  234  8e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.488101  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2078  hypothetical protein  49.6 
 
 		 248 aa  234  9e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.283628  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01835  hypothetical protein  50.8 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.712982  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1957  hypothetical protein  50.8 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.522715  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2600  hypothetical protein  50.8 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.21652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1936  hypothetical protein  50 
 
 		 248 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2094  hypothetical protein  50.8 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1322  hypothetical protein  50.8 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01823  hypothetical protein  50.8 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.562952  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0996  hypothetical protein  47.39 
 
 		 249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07020  conserved hypothetical protein TIGR01033  47.37 
 
 		 267 aa  234  1.0000000000000001e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000405153  normal  0.306564 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1776  protein of unknown function DUF28  50.4 
 
 		 246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00344475  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1800  hypothetical protein  47.18 
 
 		 250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453018 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3980  hypothetical protein  52 
 
 		 248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.465534  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1768  hypothetical protein  50.4 
 
 		 246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0985  hypothetical protein  49.21 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36720  hypothetical protein  51.19 
 
 		 249 aa  233  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1108  hypothetical protein  50 
 
 		 246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003925  hypothetical protein  48.61 
 
 		 248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00219055  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>