More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0627 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0627  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
220 aa  446  1e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.30014e-06  hitchhiker  3.1805e-13 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  84.54 
 
 
207 aa  362  2e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  72.46 
 
 
207 aa  314  6e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.51414e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3327  50S ribosomal protein L4  71.01 
 
 
207 aa  305  5e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.78315e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0934  50S ribosomal protein L4  71.01 
 
 
207 aa  305  5e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  5.21211e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  60.68 
 
 
206 aa  265  3e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  58.54 
 
 
207 aa  259  2e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  56.59 
 
 
206 aa  248  6e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.69503e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  46.86 
 
 
207 aa  204  6e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  45.54 
 
 
206 aa  198  5e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.05367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  193  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.34967e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  47.09 
 
 
207 aa  193  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  9.811e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  47.32 
 
 
206 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  45.15 
 
 
207 aa  187  8e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
206 aa  186  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  6.85593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  45.63 
 
 
207 aa  185  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1934  50S ribosomal protein L4  47.32 
 
 
206 aa  184  7e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1945  50S ribosomal protein L4  47.32 
 
 
206 aa  184  7e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  43.9 
 
 
206 aa  184  8e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  3.20704e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  45.37 
 
 
208 aa  183  2e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  8.79055e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
206 aa  182  3e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  44.55 
 
 
206 aa  181  7e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  2.54915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
205 aa  180  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2773  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 
206 aa  179  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0187174  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  43.69 
 
 
207 aa  179  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  42.65 
 
 
208 aa  180  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.18286e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  40.49 
 
 
206 aa  180  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  3.84651e-12  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  43.84 
 
 
207 aa  178  5e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.66858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  177  8e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.23482e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 
207 aa  177  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.04823e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  43.2 
 
 
207 aa  176  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.44936e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 
207 aa  176  2e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.36863e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  41.26 
 
 
207 aa  175  4e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  175  4e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.63463e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  175  4e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.00585e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  175  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.34057e-10  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1912  50S ribosomal protein L4  46.83 
 
 
206 aa  175  4e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.224726 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.72324e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.90155e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  175  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  2.56275e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  42.23 
 
 
206 aa  174  1e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  43.33 
 
 
215 aa  170  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  40.78 
 
 
207 aa  171  1e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  4.75036e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  41.87 
 
 
207 aa  171  1e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  7.91532e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
206 aa  169  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.29639e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  41.75 
 
 
205 aa  169  3e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  4.72593e-05  unclonable  1.97161e-28 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  41.26 
 
 
207 aa  167  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  3.92239e-05  decreased coverage  1.22182e-05 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  41.06 
 
 
209 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  41.38 
 
 
207 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  8.47375e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  41.58 
 
 
204 aa  166  3e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  41.58 
 
 
204 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  42.86 
 
 
208 aa  166  4e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  5.99505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  40.55 
 
 
221 aa  165  6e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  39.81 
 
 
207 aa  165  6e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  9.84788e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  40.29 
 
 
206 aa  164  1e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
207 aa  163  2e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  3.35339e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
207 aa  163  2e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  36.95 
 
 
207 aa  163  2e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  44.33 
 
 
209 aa  162  4e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1393  50S ribosomal protein L4  41.78 
 
 
235 aa  162  5e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000162338  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1293  50S ribosomal protein L4  41.78 
 
 
235 aa  162  5e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  8.03665e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  43.43 
 
 
222 aa  162  5e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
207 aa  161  8e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.03712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0661  50S ribosomal protein L4  39.32 
 
 
210 aa  160  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  5.86581e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  39.42 
 
 
214 aa  158  6e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  39.55 
 
 
221 aa  158  7e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  1.11144e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  39.13 
 
 
208 aa  157  1e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  3.6372e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  40.1 
 
 
209 aa  155  4e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  40.39 
 
 
215 aa  154  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  38.81 
 
 
223 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  38.46 
 
 
223 aa  153  2e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.24266e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  38.81 
 
 
223 aa  152  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  42.57 
 
 
208 aa  152  4e-36  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  41.87 
 
 
208 aa  150  2e-35  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  6.04234e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  37.86 
 
 
207 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0857  50S ribosomal protein L4  37.7 
 
 
205 aa  149  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  39.32 
 
 
207 aa  148  6e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.03747e-05  hitchhiker  2.67396e-11 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  38.54 
 
 
208 aa  147  1e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  1.69782e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  37.81 
 
 
221 aa  147  1e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.17748e-06 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2323  ribosomal protein L4/L1e  38.14 
 
 
206 aa  147  1e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0012561  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1649  50S ribosomal protein L4  41.75 
 
 
210 aa  147  1e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0961  50S ribosomal protein L4  39.27 
 
 
204 aa  146  2e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  3.92469e-07  hitchhiker  1.64794e-06 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  39.3 
 
 
216 aa  147  2e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 
206 aa  145  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17641  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
210 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17481  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
210 aa  145  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.533381  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  40.4 
 
 
218 aa  146  3e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  37.62 
 
 
205 aa  145  4e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  40.74 
 
 
208 aa  145  5e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  37.68 
 
 
207 aa  145  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  1.46284e-08 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2371  50S ribosomal protein L4  38.5 
 
 
205 aa  144  7e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.456645  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17391  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
210 aa  144  9e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1355  50S ribosomal protein L4  39 
 
 
206 aa  144  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal  0.0533022 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1227  50S ribosomal protein L4  38.16 
 
 
217 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150568  unclonable  1.01553e-05 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  38 
 
 
221 aa  143  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  40.84 
 
 
208 aa  143  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  3.40203e-05  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3523  50S ribosomal protein L4  37.44 
 
 
201 aa  143  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  8.76425e-08  hitchhiker  7.26358e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>