279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1310 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  100 
 
 		 393 aa  778    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  62.73 
 
 		 392 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  52.76 
 
 		 386 aa  398  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  47.49 
 
 		 384 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  46.7 
 
 		 385 aa  362  5.0000000000000005e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  46.7 
 
 		 385 aa  362  9e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  48.68 
 
 		 382 aa  361  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  46.44 
 
 		 385 aa  360  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  47.43 
 
 		 383 aa  355  6.999999999999999e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  48.94 
 
 		 388 aa  353  2.9999999999999997e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  49.87 
 
 		 405 aa  353  4e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  48.94 
 
 		 395 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  47.62 
 
 		 392 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  47.09 
 
 		 384 aa  349  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  48.55 
 
 		 427 aa  348  1e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  46.83 
 
 		 382 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  47.62 
 
 		 382 aa  346  4e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  46.03 
 
 		 392 aa  343  4e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  45.5 
 
 		 386 aa  342  5e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  48.68 
 
 		 384 aa  342  7e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  46.56 
 
 		 384 aa  342  8e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  48.68 
 
 		 384 aa  342  8e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  48.02 
 
 		 381 aa  341  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  46.95 
 
 		 392 aa  338  9e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  49.47 
 
 		 394 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  48.9 
 
 		 389 aa  335  5.999999999999999e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  47.09 
 
 		 396 aa  335  1e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  47.97 
 
 		 381 aa  332  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  49.2 
 
 		 389 aa  329  6e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  47.76 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  47.76 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  46.34 
 
 		 386 aa  325  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  46.17 
 
 		 385 aa  323  2e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  48.55 
 
 		 385 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  49.21 
 
 		 384 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  46.17 
 
 		 385 aa  318  1e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  44.13 
 
 		 405 aa  313  1.9999999999999998e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  45.09 
 
 		 395 aa  310  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  45.43 
 
 		 401 aa  308  9e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  39.63 
 
 		 391 aa  300  3e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  41.64 
 
 		 395 aa  296  5e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  40.32 
 
 		 396 aa  260  4e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  38.79 
 
 		 392 aa  256  4e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  36.95 
 
 		 388 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  38.12 
 
 		 392 aa  239  8e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  35.81 
 
 		 399 aa  225  9e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  38.36 
 
 		 381 aa  220  3e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  34.21 
 
 		 379 aa  214  9.999999999999999e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  36.59 
 
 		 374 aa  210  4e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  30.66 
 
 		 392 aa  200  3e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  39.6 
 
 		 377 aa  197  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  36.13 
 
 		 396 aa  191  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  35.6 
 
 		 377 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  35.41 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  35.41 
 
 		 377 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  35.29 
 
 		 377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  35.9 
 
 		 377 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  34.45 
 
 		 377 aa  176  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  33.7 
 
 		 377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  33.7 
 
 		 375 aa  170  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0300  putative ribonuclease D  28.95 
 
 		 387 aa  170  5e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  33.7 
 
 		 375 aa  170  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  33.7 
 
 		 375 aa  170  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  33.43 
 
 		 371 aa  168  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  33.43 
 
 		 375 aa  168  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  33.43 
 
 		 371 aa  168  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  32.54 
 
 		 423 aa  168  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  33.43 
 
 		 375 aa  168  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  33.43 
 
 		 375 aa  168  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  28.8 
 
 		 386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  32.87 
 
 		 375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  33.72 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  33.06 
 
 		 384 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  32.53 
 
 		 400 aa  162  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  33.33 
 
 		 375 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  35.57 
 
 		 396 aa  162  9e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  33.33 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  29.65 
 
 		 379 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  33.33 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  33.98 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  32.31 
 
 		 373 aa  161  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  32.31 
 
 		 373 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  32.31 
 
 		 373 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  34.4 
 
 		 393 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  37.03 
 
 		 375 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  34.23 
 
 		 374 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  33.06 
 
 		 375 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  38.22 
 
 		 358 aa  159  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  36.87 
 
 		 375 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  28.37 
 
 		 367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  32 
 
 		 384 aa  156  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  32.57 
 
 		 386 aa  155  8e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6686  Ribonuclease D  35.87 
 
 		 400 aa  155  9e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  32.18 
 
 		 373 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  31.98 
 
 		 374 aa  152  8e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  29.33 
 
 		 388 aa  151  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  28.53 
 
 		 370 aa  151  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  27.86 
 
 		 388 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  29.26 
 
 		 371 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  31.27 
 
 		 374 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>