More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1769 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1769  polysaccharide export protein, PEP-CTERM sytem-associated  100 
 
 		 268 aa  540  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2478  polysaccharide export protein, PEP-CTERM sytem-associated  96.88 
 
 		 268 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1985  outer membrane protein, putative  61.97 
 
 		 282 aa  358  4e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2475  polysaccharide export protein  63.26 
 
 		 283 aa  353  2e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2365  polysaccharide export protein  58.8 
 
 		 282 aa  347  8e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0830  capsular polysaccharide transport protein  50.6 
 
 		 269 aa  260  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.738185  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2030  polysaccharide export protein  49.59 
 
 		 282 aa  242  5e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.440027  normal  0.0564831 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2222  polysaccharide export protein  45.32 
 
 		 281 aa  241  9e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.456122  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3071  polysaccharide export protein  40.67 
 
 		 268 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0689  polysaccharide export protein, PEP-CTERM sytem-associated  43.27 
 
 		 268 aa  209  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.659999 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  34.68 
 
 		 388 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1842  polysaccharide export protein  34.27 
 
 		 379 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.185865  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1369  capsular polysaccharide export protein, putative  29.27 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.361316  normal  0.297509 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1823  polysaccharide export protein  32.66 
 
 		 387 aa  124  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0435675  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1658  polysaccharide export protein  29.82 
 
 		 277 aa  109  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00056738  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  30.47 
 
 		 576 aa  102  6e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1430  capsular polysaccharide export protein, putative  28.57 
 
 		 333 aa  99  8e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  32.52 
 
 		 869 aa  98.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  29.66 
 
 		 347 aa  98.2  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000178188  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1538  periplasmic polysaccharide export protein  27.67 
 
 		 268 aa  95.5  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0148  capsular polysaccharide export protein, putative  28.74 
 
 		 277 aa  93.6  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001119  polysaccharide export lipoprotein wza  30.43 
 
 		 317 aa  92.8  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000135082  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  31.84 
 
 		 373 aa  92.8  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1712  polysaccharide export protein  28.76 
 
 		 386 aa  91.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69321  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  31.05 
 
 		 897 aa  91.7  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0578  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.31 
 
 		 375 aa  91.3  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.809222  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2193  polysaccharide biosynthesis/export protein  29.43 
 
 		 378 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000597973  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  33.16 
 
 		 834 aa  90.1  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1092  outer membrane lipoprotein, group 4 capsule (G4C) polysaccharide  29.34 
 
 		 386 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  32 
 
 		 833 aa  89  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00986  predicted exopolysaccharide export protein  28.96 
 
 		 379 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2660  polysaccharide export protein  28.96 
 
 		 379 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00993  hypothetical protein  28.96 
 
 		 379 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1219  outer membrane lipoprotein, group 4 capsule (G4C) polysaccharide  28.96 
 
 		 379 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1339  polysaccharide biosynthesis/export domain protein  27.41 
 
 		 377 aa  88.6  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1099  outer membrane lipoprotein, group 4 capsule (G4C) polysaccharide  28.96 
 
 		 386 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0031657  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3833  polysaccharide export protein  28.89 
 
 		 371 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.679596  normal  0.69653 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2332  outer membrane lipoprotein, group 4 capsule (G4C) polysaccharide  28.96 
 
 		 386 aa  88.6  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.132677  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  26.46 
 
 		 910 aa  87.4  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2894  polysaccharide export protein  30.27 
 
 		 377 aa  86.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0993342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2717  polysaccharide export protein  28.14 
 
 		 379 aa  86.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.335454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0289  polysaccharide export protein  27.97 
 
 		 992 aa  86.7  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0619  polysaccharide export protein  28.29 
 
 		 376 aa  86.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112684  normal  0.159669 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2613  polysaccharide export protein  28.57 
 
 		 379 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2650  polysaccharide export protein  33.73 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.28267  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  28.02 
 
 		 753 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2738  polysaccharide export protein  33.73 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2833  polysaccharide export protein  33.73 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.173775  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0660  polysaccharide export protein  25.94 
 
 		 823 aa  84  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  25.82 
 
 		 849 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  27.97 
 
 		 828 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  26.56 
 
 		 478 aa  82.8  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0428  polysaccharide export protein  42.35 
 
 		 202 aa  82.4  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0542078 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3133  polysaccharide export protein  30.36 
 
 		 417 aa  82  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  28 
 
 		 827 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  31.08 
 
 		 830 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  28.63 
 
 		 922 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1463  putative polysaccharide export protein  27.67 
 
 		 352 aa  80.9  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.24713e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3117  polysaccharide export protein  32.3 
 
 		 209 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.222433  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  27.86 
 
 		 824 aa  80.9  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  30.24 
 
 		 920 aa  80.1  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3036  polysaccharide export protein  28.63 
 
 		 378 aa  80.1  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  28.52 
 
 		 919 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2392  polysaccharide export protein  32.92 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  27.12 
 
 		 828 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  28.8 
 
 		 1055 aa  79.3  0.00000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2963  polysaccharide export protein  35.19 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  26.8 
 
 		 912 aa  79  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2367  polysaccharide export protein EpsE  28.04 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1795  polysaccharide export outer membrane protein  26.79 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  28.99 
 
 		 921 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  27.23 
 
 		 948 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1114  polysaccharide export protein  26.11 
 
 		 431 aa  78.6  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0366205  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2867  polysaccharide export protein  27.86 
 
 		 378 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01968  lipoprotein required for capsular polysaccharide translocation through the outer membrane  27.8 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2893  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.59 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1595  polysaccharide export protein  27.8 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.249253  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01957  hypothetical protein  27.8 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1020  EPS I polysaccharide export outer membrane transmembrane protein  27.34 
 
 		 381 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.873856 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0047  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.59 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2997  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.8 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597184 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2300  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.8 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.631767  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0661  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  26.59 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.520209  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0823  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.59 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1579  polysaccharide export protein  27.8 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.479279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1000  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.8 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1170  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.8 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1296  polysaccharide export protein  28.44 
 
 		 378 aa  77.4  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.660258  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2344  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.18 
 
 		 379 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.675285  normal  0.855008 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30130  Polysaccharide export protein  28.2 
 
 		 379 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2243  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.8 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2351  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.8 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2355  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.8 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  29.35 
 
 		 952 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2618  polysaccharide export protein  31.45 
 
 		 193 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.676482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2515  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.59 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0647  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  26.59 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.377734  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2192  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.59 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2458  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.18 
 
 		 379 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0550214 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  26.8 
 
 		 919 aa  77  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>