130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0952 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0952  putative helicase  100 
 
 		 829 aa  1603    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.249866 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5583  putative helicase  66.35 
 
 		 874 aa  914    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1311  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  47.41 
 
 		 748 aa  582  1.0000000000000001e-165  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5818  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  46.23 
 
 		 766 aa  584  1.0000000000000001e-165  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.814611 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22980  DNA/RNA helicase, superfamily I  44.88 
 
 		 741 aa  559  1e-158  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.51647  normal  0.435822 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3607  ATP-dependent DNA helicase  46.71 
 
 		 759 aa  538  1e-151  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0408041 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1510  ATP-dependent DNA helicase  41.85 
 
 		 742 aa  532  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000268127 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0765  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  44.42 
 
 		 832 aa  527  1e-148  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.360581  normal  0.192195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1511  ATP-dependent DNA helicase  41.5 
 
 		 742 aa  524  1e-147  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1552  hypothetical protein  44.56 
 
 		 754 aa  518  1.0000000000000001e-145  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457555  normal  0.0469841 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16000  DNA/RNA helicase, superfamily I  44.01 
 
 		 813 aa  514  1e-144  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0108  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  44.08 
 
 		 804 aa  513  1e-144  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4189  hypothetical protein  42.97 
 
 		 902 aa  511  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.060673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1438  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  45.36 
 
 		 767 aa  501  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0481652  normal  0.535977 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1592  hypothetical protein  45.28 
 
 		 776 aa  497  1e-139  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.430325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7576  hypothetical protein  42.24 
 
 		 795 aa  495  9.999999999999999e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1575  UvrD/REP helicase  48.94 
 
 		 750 aa  483  1e-135  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0191582 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2428  ATP-dependent DNA helicase  43.96 
 
 		 726 aa  481  1e-134  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0523427  normal  0.292743 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10650  DNA/RNA helicase, superfamily I  41.76 
 
 		 747 aa  482  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.85506  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3796  putative helicase  39.74 
 
 		 735 aa  478  1e-133  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1059  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  40.52 
 
 		 732 aa  479  1e-133  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.394879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3817  hypothetical protein  43.21 
 
 		 765 aa  472  1.0000000000000001e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2425  hypothetical protein  42.61 
 
 		 771 aa  471  1.0000000000000001e-131  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.548064  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1262  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  47.74 
 
 		 757 aa  467  9.999999999999999e-131  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188499  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14320  DNA/RNA helicase, superfamily I  42.55 
 
 		 758 aa  466  9.999999999999999e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00598075  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2857  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  40.75 
 
 		 788 aa  466  9.999999999999999e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5052  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  39.74 
 
 		 733 aa  456  1e-127  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.540758  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0032  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  42.73 
 
 		 786 aa  457  1e-127  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2150  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  40.58 
 
 		 746 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2598  putative helicase  38.74 
 
 		 734 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.75582 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5266  putative helicase  39.15 
 
 		 724 aa  437  1e-121  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5355  putative helicase  39.15 
 
 		 724 aa  437  1e-121  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5645  putative helicase  39.27 
 
 		 724 aa  437  1e-121  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.577217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0171  superfamily I DNA and RNA helicase  38.57 
 
 		 759 aa  436  1e-120  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0576  DNA or RNA helicase, Superfamily I family protein  36.11 
 
 		 758 aa  428  1e-118  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0841204 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5043  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  43.38 
 
 		 685 aa  388  1e-106  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5784  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  34.4 
 
 		 691 aa  342  2e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3388  hypothetical protein  36.14 
 
 		 706 aa  318  4e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.667328 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4531  putative helicase protein  34.76 
 
 		 726 aa  317  7e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3630  hypothetical protein  36.21 
 
 		 705 aa  310  1.0000000000000001e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000100418 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4508  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  33.72 
 
 		 693 aa  301  2e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4104  AAA ATPase  35.39 
 
 		 799 aa  293  8e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.133628  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4154  superfamily I DNA and RNA helicase  34.71 
 
 		 742 aa  285  2.0000000000000002e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1826  superfamily I DNA and RNA helicase  36.24 
 
 		 716 aa  286  2.0000000000000002e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.200376  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09430  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.97 
 
 		 705 aa  283  9e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.260549 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0213  superfamily I DNA and RNA helicases  37.8 
 
 		 717 aa  278  3e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3352  superfamily I DNA and RNA helicase  33.55 
 
 		 715 aa  276  8e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5180  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  36.95 
 
 		 715 aa  273  1e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292486 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13570  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.5 
 
 		 764 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.176836 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0962  hypothetical protein  33.61 
 
 		 703 aa  270  8e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.916066  normal  0.251911 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1829  ATP-dependent DNA helicase  31.99 
 
 		 706 aa  270  8.999999999999999e-71  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4092  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  32.09 
 
 		 670 aa  257  8e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.445905  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0457  superfamily I DNA and RNA helicase  36.53 
 
 		 710 aa  255  2.0000000000000002e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2903  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.58 
 
 		 732 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0195315  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7542  hypothetical protein  35.08 
 
 		 761 aa  249  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.322202 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4871  hypothetical protein  32.82 
 
 		 666 aa  248  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3495  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  33.38 
 
 		 728 aa  239  2e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.471615  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05760  DNA/RNA helicase, superfamily I  31.64 
 
 		 755 aa  225  2e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.594948 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8908  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  30.33 
 
 		 672 aa  221  3.9999999999999997e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3297  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  32.34 
 
 		 659 aa  214  4.9999999999999996e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.925836 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1900  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.95 
 
 		 724 aa  213  1e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8108  ATP-dependent DNA helicase  36.38 
 
 		 719 aa  200  7.999999999999999e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0489  hypothetical protein  30.07 
 
 		 692 aa  200  9e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0388236 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21750  DNA/RNA helicase, superfamily I  34.91 
 
 		 695 aa  200  9e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.114546 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2447  putative ATP-dependent DNA helicase  36.66 
 
 		 792 aa  195  3e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.250058  normal  0.190451 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4077  hypothetical protein  36.7 
 
 		 695 aa  193  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0451671 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1224  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  35.75 
 
 		 645 aa  190  1e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4482  hypothetical protein  36.98 
 
 		 680 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2694  hypothetical protein  36.12 
 
 		 679 aa  179  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.129277 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2397  putative ATP/GTP binding protein  38.27 
 
 		 727 aa  177  6e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115029  normal  0.0547233 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0164  ATP-dependent DNA helicase  32.02 
 
 		 684 aa  177  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.532739 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24030  DNA/RNA helicase, superfamily I  33.19 
 
 		 710 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4146  putative ATP-dependent DNA helicase  32.59 
 
 		 717 aa  164  5.0000000000000005e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0580  putative helicase  37.14 
 
 		 706 aa  144  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.937698  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0566  helicase, putative  37.14 
 
 		 706 aa  144  7e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.712813  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  35.41 
 
 		 689 aa  127  9e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  35.41 
 
 		 689 aa  127  9e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000164243 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2839  uvrD/Rep helicase family protein  35.41 
 
 		 689 aa  126  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000185117  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  35.41 
 
 		 689 aa  127  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  35.41 
 
 		 689 aa  127  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  34.93 
 
 		 689 aa  126  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2268  ATP-dependent DNA helicase replicase  33.46 
 
 		 753 aa  126  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472116  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  34.93 
 
 		 691 aa  126  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  34.93 
 
 		 691 aa  126  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  34.93 
 
 		 691 aa  126  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2547  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.75 
 
 		 861 aa  125  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0101417  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2679  Superfamily I DNA and RNA helicase  31.44 
 
 		 1048 aa  124  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357877  normal  0.0252741 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  34.93 
 
 		 689 aa  124  6e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1625  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  31.2 
 
 		 768 aa  124  7e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0895  superfamily I DNA helicase  27.8 
 
 		 755 aa  117  7.999999999999999e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.531504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1872  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.28 
 
 		 763 aa  117  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1882  superfamily I DNA/RNA helicase  30.38 
 
 		 787 aa  116  2.0000000000000002e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3423  superfamily I DNA helicase  31.2 
 
 		 760 aa  116  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000327842  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1440  superfamily I DNA/RNA helicase  30.1 
 
 		 762 aa  115  3e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1591  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35 
 
 		 763 aa  115  5e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.68447  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2835  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.97 
 
 		 716 aa  114  1.0000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  37.74 
 
 		 712 aa  113  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1680  superfamily I DNA/RNA helicase  27.91 
 
 		 764 aa  112  3e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.119697  hitchhiker  0.00309861 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0083  hypothetical protein  33.33 
 
 		 785 aa  112  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0360  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  35.48 
 
 		 736 aa  111  5e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>