136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0576 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0171  superfamily I DNA and RNA helicase  69.72 
 
 		 759 aa  1073    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0576  DNA or RNA helicase, Superfamily I family protein  100 
 
 		 758 aa  1561    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0841204 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22980  DNA/RNA helicase, superfamily I  46.15 
 
 		 741 aa  633  1e-180  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.51647  normal  0.435822 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1059  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  46.68 
 
 		 732 aa  620  1e-176  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.394879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1262  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  46.88 
 
 		 757 aa  611  1e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188499  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2428  ATP-dependent DNA helicase  45.89 
 
 		 726 aa  588  1e-166  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0523427  normal  0.292743 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1511  ATP-dependent DNA helicase  43.96 
 
 		 742 aa  565  1e-160  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1575  UvrD/REP helicase  47.16 
 
 		 750 aa  565  1e-160  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0191582 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1510  ATP-dependent DNA helicase  43.39 
 
 		 742 aa  567  1e-160  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000268127 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14320  DNA/RNA helicase, superfamily I  43.67 
 
 		 758 aa  537  1e-151  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00598075  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3607  ATP-dependent DNA helicase  41.5 
 
 		 759 aa  508  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0408041 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10650  DNA/RNA helicase, superfamily I  41.14 
 
 		 747 aa  505  1e-141  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.85506  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5818  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  41.25 
 
 		 766 aa  493  9.999999999999999e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.814611 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1311  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  41.93 
 
 		 748 aa  482  1e-135  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16000  DNA/RNA helicase, superfamily I  40.05 
 
 		 813 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2150  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  38.99 
 
 		 746 aa  446  1.0000000000000001e-124  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3817  hypothetical protein  39.12 
 
 		 765 aa  441  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1552  hypothetical protein  39.64 
 
 		 754 aa  441  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457555  normal  0.0469841 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7576  hypothetical protein  38.25 
 
 		 795 aa  439  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0765  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.33 
 
 		 832 aa  436  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.360581  normal  0.192195 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1592  hypothetical protein  40.28 
 
 		 776 aa  432  1e-119  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.430325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2857  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.26 
 
 		 788 aa  419  9.999999999999999e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3796  putative helicase  38.27 
 
 		 735 aa  413  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0108  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  39.3 
 
 		 804 aa  414  1e-114  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1438  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.68 
 
 		 767 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0481652  normal  0.535977 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5583  putative helicase  37.94 
 
 		 874 aa  405  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2425  hypothetical protein  37.18 
 
 		 771 aa  404  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.548064  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0032  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  38.2 
 
 		 786 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2598  putative helicase  36.2 
 
 		 734 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.75582 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5052  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  35.42 
 
 		 733 aa  402  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.540758  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0952  putative helicase  35.52 
 
 		 829 aa  392  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.249866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5266  putative helicase  37.02 
 
 		 724 aa  383  1e-105  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5355  putative helicase  37.02 
 
 		 724 aa  383  1e-105  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5645  putative helicase  36.89 
 
 		 724 aa  382  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.577217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5043  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  34.88 
 
 		 685 aa  345  2e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4508  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  34.57 
 
 		 693 aa  318  2e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0962  hypothetical protein  35.3 
 
 		 703 aa  315  1.9999999999999998e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.916066  normal  0.251911 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5784  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  33.11 
 
 		 691 aa  309  2.0000000000000002e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4531  putative helicase protein  33.16 
 
 		 726 aa  307  6e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0213  superfamily I DNA and RNA helicases  33.15 
 
 		 717 aa  287  5.999999999999999e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4154  superfamily I DNA and RNA helicase  33.25 
 
 		 742 aa  283  8.000000000000001e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5180  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  33.33 
 
 		 715 aa  283  1e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292486 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3352  superfamily I DNA and RNA helicase  33.78 
 
 		 715 aa  279  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13570  DNA/RNA helicase, superfamily I  31.46 
 
 		 764 aa  278  2e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.176836 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1826  superfamily I DNA and RNA helicase  33.42 
 
 		 716 aa  279  2e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.200376  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0457  superfamily I DNA and RNA helicase  32.95 
 
 		 710 aa  272  2e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1900  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  31.79 
 
 		 724 aa  271  4e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1829  ATP-dependent DNA helicase  29.5 
 
 		 706 aa  266  1e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2903  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  33.86 
 
 		 732 aa  264  4.999999999999999e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0195315  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4189  hypothetical protein  43.85 
 
 		 902 aa  263  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.060673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09430  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.81 
 
 		 705 aa  262  2e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.260549 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7542  hypothetical protein  30.82 
 
 		 761 aa  253  9.000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.322202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4104  AAA ATPase  40.9 
 
 		 799 aa  251  3e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.133628  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3297  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  30.72 
 
 		 659 aa  244  6e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.925836 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8908  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  31.82 
 
 		 672 aa  240  5.999999999999999e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0489  hypothetical protein  29.78 
 
 		 692 aa  239  2e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0388236 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05760  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.8 
 
 		 755 aa  237  6e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.594948 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4092  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  30.45 
 
 		 670 aa  230  8e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.445905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3495  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  34.39 
 
 		 728 aa  225  2e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.471615  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3388  hypothetical protein  38.19 
 
 		 706 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.667328 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4077  hypothetical protein  28.63 
 
 		 695 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0451671 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4146  putative ATP-dependent DNA helicase  28.87 
 
 		 717 aa  214  5.999999999999999e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4871  hypothetical protein  30.12 
 
 		 666 aa  212  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1224  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.77 
 
 		 645 aa  211  4e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3630  hypothetical protein  37.47 
 
 		 705 aa  210  9e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000100418 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8108  ATP-dependent DNA helicase  28.93 
 
 		 719 aa  196  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24030  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.28 
 
 		 710 aa  193  8e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21750  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.16 
 
 		 695 aa  187  8e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.114546 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2679  Superfamily I DNA and RNA helicase  27.6 
 
 		 1048 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357877  normal  0.0252741 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2447  putative ATP-dependent DNA helicase  32.7 
 
 		 792 aa  185  3e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.250058  normal  0.190451 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4482  hypothetical protein  28.14 
 
 		 680 aa  183  9.000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0164  ATP-dependent DNA helicase  42.68 
 
 		 684 aa  174  6.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.532739 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2397  putative ATP/GTP binding protein  44.44 
 
 		 727 aa  169  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115029  normal  0.0547233 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2694  hypothetical protein  43.65 
 
 		 679 aa  167  6.9999999999999995e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.129277 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2547  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  25.55 
 
 		 861 aa  160  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0101417  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0566  helicase, putative  35.32 
 
 		 706 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.712813  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0580  putative helicase  35.32 
 
 		 706 aa  134  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.937698  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  34.78 
 
 		 689 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  34.78 
 
 		 691 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  36.32 
 
 		 691 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  34.78 
 
 		 691 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  34.78 
 
 		 689 aa  129  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2839  uvrD/Rep helicase family protein  34.78 
 
 		 689 aa  128  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000185117  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  30.45 
 
 		 689 aa  125  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  30.45 
 
 		 689 aa  125  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  30.45 
 
 		 689 aa  126  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000164243 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  35.24 
 
 		 689 aa  125  3e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0895  superfamily I DNA helicase  34.85 
 
 		 755 aa  123  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.531504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3423  superfamily I DNA helicase  30.66 
 
 		 760 aa  122  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000327842  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  37.33 
 
 		 712 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3516  hypothetical protein  22.4 
 
 		 768 aa  114  9e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1591  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.25 
 
 		 763 aa  112  3e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.68447  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1872  ATP-dependent DNA helicase UvrD  32.88 
 
 		 763 aa  110  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1882  superfamily I DNA/RNA helicase  34.48 
 
 		 787 aa  110  7.000000000000001e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2835  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  34.92 
 
 		 716 aa  110  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1625  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  33.18 
 
 		 768 aa  110  1e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1632  ATP-dependent DNA helicase rep  30.4 
 
 		 703 aa  103  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1440  superfamily I DNA/RNA helicase  30.21 
 
 		 762 aa  102  4e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4227  helicase, UvrD/Rep family  31.2 
 
 		 778 aa  101  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00019989  hitchhiker  0.000557099 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0083  hypothetical protein  32.43 
 
 		 785 aa  100  8e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>