More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1559 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  100 
 
 		 333 aa  682    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  54.46 
 
 		 337 aa  390  1e-107  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  55.65 
 
 		 337 aa  389  1e-107  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  45.65 
 
 		 330 aa  297  1e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.29 
 
 		 328 aa  289  4e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  45.99 
 
 		 328 aa  288  6e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  37.09 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  35.8 
 
 		 353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 332 aa  199  5e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  35.8 
 
 		 336 aa  199  7e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  37.91 
 
 		 342 aa  199  7.999999999999999e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  37.24 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 337 aa  197  3e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  35.93 
 
 		 335 aa  195  7e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  35.44 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 336 aa  194  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.09 
 
 		 330 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.31 
 
 		 339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  32.45 
 
 		 346 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.32 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  37.31 
 
 		 342 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  34.35 
 
 		 349 aa  187  3e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 		 349 aa  186  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.09 
 
 		 338 aa  185  9e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  34.03 
 
 		 339 aa  185  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 		 338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.31 
 
 		 336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  35.42 
 
 		 330 aa  184  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.43 
 
 		 347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  35.42 
 
 		 333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  34.81 
 
 		 338 aa  182  5.0000000000000004e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 347 aa  182  7e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 346 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.53 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 326 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0509  transcriptional regulator, LacI family  34.53 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000057395  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  33.84 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  34.5 
 
 		 337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.53 
 
 		 337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 334 aa  179  4.999999999999999e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 343 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 343 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  35.93 
 
 		 332 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  34.75 
 
 		 327 aa  179  7e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  35.63 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.33 
 
 		 335 aa  179  7e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 333 aa  179  7e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  34.41 
 
 		 329 aa  179  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 343 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 343 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 343 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 343 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  35.63 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  34.13 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 352 aa  178  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  35.33 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  35.33 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.64 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  35.33 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  35.03 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  35.33 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  34.42 
 
 		 331 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  34.73 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.04 
 
 		 335 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.76 
 
 		 337 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  32.53 
 
 		 340 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  35.03 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  35.03 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  32.63 
 
 		 333 aa  176  7e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.23 
 
 		 337 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 340 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  32.45 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  38.24 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  31.82 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.04 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.04 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.04 
 
 		 342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  32.08 
 
 		 346 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  33.93 
 
 		 343 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.82 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  36.18 
 
 		 333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  29.67 
 
 		 333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  34.14 
 
 		 339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.02 
 
 		 340 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  34.93 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 340 aa  172  5.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  32.45 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  33.93 
 
 		 343 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 323 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>