More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1431 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  85.4 
 
 
364 aa  644  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 
367 aa  756  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.1 
 
 
386 aa  553  1e-156  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.72 
 
 
358 aa  538  1e-152  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  55.71 
 
 
360 aa  393  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.02 
 
 
359 aa  382  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.84 
 
 
343 aa  323  4e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.1547e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  49.28 
 
 
351 aa  321  2e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.15048e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.7 
 
 
351 aa  317  3e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.54 
 
 
351 aa  313  4e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.76 
 
 
346 aa  311  1e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.1721e-08  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.7 
 
 
360 aa  311  1e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.24 
 
 
347 aa  303  3e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.08 
 
 
371 aa  298  8e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  47.56 
 
 
364 aa  298  1e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  45.8 
 
 
359 aa  295  1e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.74 
 
 
354 aa  293  2e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.18 
 
 
373 aa  293  3e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.93 
 
 
356 aa  292  7e-78  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.47 
 
 
373 aa  291  1e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.98 
 
 
373 aa  290  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 
371 aa  290  2e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.98 
 
 
373 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.98 
 
 
373 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.98 
 
 
373 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.98 
 
 
373 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.98 
 
 
373 aa  289  6e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  41.67 
 
 
358 aa  289  6e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  42.24 
 
 
357 aa  288  8e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.27 
 
 
373 aa  288  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.69 
 
 
373 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  43.6 
 
 
342 aa  287  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.58 
 
 
356 aa  286  5e-76  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.41 
 
 
373 aa  286  5e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.06 
 
 
356 aa  285  1e-75  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.58 
 
 
356 aa  285  1e-75  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  44.09 
 
 
375 aa  283  2e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.33 
 
 
373 aa  284  2e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.12 
 
 
373 aa  283  3e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.12 
 
 
373 aa  283  3e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.41 
 
 
375 aa  283  3e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  42.02 
 
 
401 aa  283  4e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.18 
 
 
381 aa  282  6e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  47.4 
 
 
362 aa  282  8e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  47.4 
 
 
363 aa  282  8e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.83 
 
 
373 aa  281  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.83 
 
 
373 aa  280  3e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004351  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.83 
 
 
375 aa  278  7e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  45.98 
 
 
372 aa  278  8e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  45.69 
 
 
372 aa  278  9e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.89 
 
 
358 aa  278  1e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.33 
 
 
384 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.33 
 
 
384 aa  277  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.33 
 
 
384 aa  277  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.33 
 
 
384 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  42.33 
 
 
384 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  42.33 
 
 
384 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  42.33 
 
 
384 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  43.27 
 
 
350 aa  277  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0726  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.83 
 
 
383 aa  276  3e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  42.03 
 
 
364 aa  276  3e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.97 
 
 
380 aa  276  5e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  45.69 
 
 
372 aa  276  6e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01053  radical SAM enzyme, Cfr family  41.46 
 
 
393 aa  276  6e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184624  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  42.57 
 
 
403 aa  275  6e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1716  radical SAM protein  41.46 
 
 
401 aa  276  6e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.973881  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  44.71 
 
 
404 aa  275  6e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06113  radical SAM enzyme, Cfr family  41.46 
 
 
393 aa  276  6e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.245547  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.33 
 
 
384 aa  275  6e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1780  hypothetical protein  41.46 
 
 
406 aa  275  7e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  44.34 
 
 
377 aa  275  7e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.38 
 
 
372 aa  275  8e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  43.06 
 
 
369 aa  275  8e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.05 
 
 
384 aa  275  9e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  43.22 
 
 
356 aa  275  1e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4986  radical SAM enzyme, Cfr family  45.06 
 
 
349 aa  274  2e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.323052  hitchhiker  0.00454129 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1165  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.83 
 
 
372 aa  273  2e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.505082 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.48 
 
 
388 aa  273  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  44.31 
 
 
391 aa  273  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2093  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.72 
 
 
356 aa  273  4e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  42.98 
 
 
367 aa  273  4e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  44.8 
 
 
371 aa  273  5e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  47.25 
 
 
377 aa  272  6e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  42.69 
 
 
347 aa  272  6e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  42.74 
 
 
392 aa  272  7e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  42.74 
 
 
392 aa  272  7e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.48 
 
 
388 aa  272  8e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.48 
 
 
388 aa  272  8e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.48 
 
 
388 aa  272  8e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.48 
 
 
388 aa  272  8e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.48 
 
 
388 aa  271  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  42.74 
 
 
392 aa  271  9e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  43.59 
 
 
376 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0458  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.31 
 
 
368 aa  271  1e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  43.14 
 
 
384 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.43 
 
 
373 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0016411  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1660  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40 
 
 
389 aa  271  2e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  41.83 
 
 
348 aa  271  2e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  40.62 
 
 
413 aa  270  3e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  40.62 
 
 
409 aa  270  3e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>