More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3089 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 360 aa  742    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.1 
 
 		 364 aa  395  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  55.71 
 
 		 367 aa  393  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.14 
 
 		 358 aa  383  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  55.14 
 
 		 386 aa  376  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.59 
 
 		 359 aa  374  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.9 
 
 		 343 aa  300  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.82 
 
 		 351 aa  300  3e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.12 
 
 		 346 aa  292  5e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.78 
 
 		 371 aa  289  6e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  44.54 
 
 		 342 aa  288  7e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  41.29 
 
 		 358 aa  286  4e-76  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  41.74 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  43.23 
 
 		 369 aa  285  7e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.51 
 
 		 381 aa  285  9e-76  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  43.1 
 
 		 377 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  43.5 
 
 		 391 aa  283  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  43.91 
 
 		 392 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.94 
 
 		 360 aa  279  5e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  43.34 
 
 		 392 aa  278  9e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  43.34 
 
 		 392 aa  278  9e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  42.09 
 
 		 410 aa  278  1e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  42.11 
 
 		 396 aa  277  2e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.76 
 
 		 347 aa  276  5e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.65 
 
 		 351 aa  276  5e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  43.1 
 
 		 399 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  40.68 
 
 		 382 aa  273  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  41.38 
 
 		 382 aa  273  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  45.32 
 
 		 356 aa  273  3e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  41.97 
 
 		 406 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  42.06 
 
 		 427 aa  272  6e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.06 
 
 		 351 aa  272  7e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  40.92 
 
 		 382 aa  272  8.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  42.15 
 
 		 376 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  39.72 
 
 		 364 aa  270  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.07 
 
 		 371 aa  271  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  42.18 
 
 		 399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  42.18 
 
 		 398 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  42.4 
 
 		 362 aa  269  4e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  40.9 
 
 		 403 aa  269  4e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  42.4 
 
 		 363 aa  269  5e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  40.63 
 
 		 382 aa  269  5e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  41.67 
 
 		 404 aa  269  5e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  40.74 
 
 		 359 aa  269  5.9999999999999995e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.59 
 
 		 373 aa  269  7e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  41.9 
 
 		 399 aa  269  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.31 
 
 		 373 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.31 
 
 		 373 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  39.89 
 
 		 404 aa  268  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  40.93 
 
 		 425 aa  268  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.47 
 
 		 365 aa  268  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  40.06 
 
 		 381 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  40.06 
 
 		 381 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  40.06 
 
 		 381 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.12 
 
 		 364 aa  267  2e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  40.06 
 
 		 381 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 373 aa  267  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.44 
 
 		 356 aa  266  2.9999999999999995e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  42.34 
 
 		 372 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.75 
 
 		 373 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  40.46 
 
 		 382 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  40.28 
 
 		 390 aa  266  4e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.17 
 
 		 356 aa  266  4e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  40.88 
 
 		 382 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0825  hypothetical protein  43.3 
 
 		 366 aa  266  4e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  39.67 
 
 		 413 aa  266  4e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.1 
 
 		 373 aa  266  4e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.03 
 
 		 373 aa  266  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  39.94 
 
 		 409 aa  266  5e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  40.93 
 
 		 425 aa  265  7e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  40 
 
 		 408 aa  265  7e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  43.32 
 
 		 403 aa  265  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.48 
 
 		 373 aa  265  7e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  41.95 
 
 		 372 aa  265  8e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.31 
 
 		 373 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  38.94 
 
 		 372 aa  265  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  41.95 
 
 		 372 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  40.95 
 
 		 397 aa  265  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  42.94 
 
 		 397 aa  265  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  40.8 
 
 		 382 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  40.66 
 
 		 425 aa  264  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.89 
 
 		 356 aa  264  2e-69  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.5 
 
 		 380 aa  264  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.46 
 
 		 373 aa  264  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.89 
 
 		 356 aa  264  2e-69  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  42.23 
 
 		 402 aa  263  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  41.23 
 
 		 339 aa  263  3e-69  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  41.62 
 
 		 428 aa  263  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  39.66 
 
 		 379 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  39.6 
 
 		 382 aa  263  4e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  40.8 
 
 		 381 aa  263  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0083  radical SAM protein  40.8 
 
 		 391 aa  262  6e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.27 
 
 		 358 aa  262  8e-69  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  39.66 
 
 		 378 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  41.01 
 
 		 394 aa  261  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.18 
 
 		 373 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.18 
 
 		 373 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.87 
 
 		 373 aa  261  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  41.57 
 
 		 409 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>