253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1881 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 80 aa  163  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  89.74 
 
 		 80 aa  147  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  89.04 
 
 		 83 aa  138  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  80.56 
 
 		 85 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  76.06 
 
 		 82 aa  122  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  76.06 
 
 		 83 aa  120  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  73.68 
 
 		 80 aa  119  9e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  67.53 
 
 		 82 aa  115  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  71.83 
 
 		 84 aa  114  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  71.05 
 
 		 86 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  61.97 
 
 		 86 aa  111  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  71.43 
 
 		 80 aa  107  5e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  71.43 
 
 		 80 aa  107  5e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  65.22 
 
 		 75 aa  100  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  64.71 
 
 		 74 aa  100  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  63.89 
 
 		 92 aa  99.8  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  63.01 
 
 		 76 aa  99  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  63.24 
 
 		 74 aa  96.7  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  57.75 
 
 		 84 aa  94.4  5e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  60.56 
 
 		 77 aa  94  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  60.56 
 
 		 77 aa  94  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  60.56 
 
 		 77 aa  94  6e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  55.84 
 
 		 79 aa  94  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  57.75 
 
 		 77 aa  92.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  55.84 
 
 		 77 aa  92  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  56.34 
 
 		 92 aa  91.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  59.42 
 
 		 82 aa  89.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 84 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 84 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 84 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 83 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 84 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 84 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 78 aa  87.4  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 78 aa  87.4  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  62.5 
 
 		 106 aa  87.4  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 78 aa  87.4  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  60.29 
 
 		 83 aa  87  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  54.41 
 
 		 98 aa  86.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  57.58 
 
 		 88 aa  85.9  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  61.54 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  56.58 
 
 		 80 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  56.58 
 
 		 80 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  58.57 
 
 		 80 aa  85.5  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  60.29 
 
 		 84 aa  85.5  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 82 aa  85.9  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  55.84 
 
 		 109 aa  85.9  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  57.14 
 
 		 82 aa  85.1  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  51.9 
 
 		 92 aa  84.3  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 83 aa  84.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 82 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 82 aa  84.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 82 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 82 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  59.38 
 
 		 82 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  56.25 
 
 		 175 aa  84.3  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  49.35 
 
 		 160 aa  84  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 		 82 aa  84  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 		 82 aa  84  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  50.63 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  53.42 
 
 		 85 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  52.86 
 
 		 79 aa  81.3  0.000000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  50.65 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3893  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0570071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 78 aa  81.3  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3710  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.42469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0558  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00283933  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2192  RNA chaperone Hfq  54.29 
 
 		 81 aa  80.9  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0598  RNA-binding protein Hfq  50.65 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00147514  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3432  RNA-binding protein Hfq  50.65 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.528645  normal  0.0945438 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0597  RNA-binding protein Hfq  50.65 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.448781  hitchhiker  0.00000118044 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3280  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00627762  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  54.84 
 
 		 86 aa  80.5  0.000000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  53.25 
 
 		 80 aa  80.9  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  57.14 
 
 		 82 aa  80.1  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  50.63 
 
 		 87 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  50.63 
 
 		 87 aa  79.3  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  53.42 
 
 		 92 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 		 81 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 78 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 80 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 78 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  56.25 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>