More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0912 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0912  sigma-70 region 4 domain-containing protein  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2798  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  74.36 
 
 
234 aa  171  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0982  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  72.32 
 
 
256 aa  161  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3546  sporulation sigma factor SigK  58.93 
 
 
249 aa  142  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1582  sporulation sigma factor SigK  64.42 
 
 
226 aa  139  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000492275  normal  0.195753 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0517  sporulation sigma factor SigK  62.5 
 
 
244 aa  134  5e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4421  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
265 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4236  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
237 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4074  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
237 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4084  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
237 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4472  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
237 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4190  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
237 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4566  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
237 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4459  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
237 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177817  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0778  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
237 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.377161  hitchhiker  0.0088749 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3065  sporulation sigma factor SigK  61.06 
 
 
237 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1501  sporulation sigma factor SigK  57.52 
 
 
231 aa  123  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2021  sporulation sigma factor SigK  58.41 
 
 
233 aa  122  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.653409  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1738  sporulation sigma factor SigK  58.41 
 
 
233 aa  122  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.475543  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0982  sporulation sigma factor SigK  57.14 
 
 
245 aa  122  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1737  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  55.56 
 
 
113 aa  118  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0277937 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2471  sporulation sigma factor SigK  55.36 
 
 
236 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2020  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  51.85 
 
 
239 aa  114  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.851025  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1012  sporulation sigma factor SigK  56.9 
 
 
236 aa  113  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2015  sporulation sigma factor SigE  47.32 
 
 
235 aa  111  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.785691  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1733  sporulation sigma factor SigE  47.32 
 
 
235 aa  111  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265453  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3949  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000781708  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3755  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00369355  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3646  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000510031  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3663  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000395259  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3957  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000112899  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1236  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000024975  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4043  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4005  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3918  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000071882 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3731  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  110  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000278458  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1290  sporulation sigma factor SigE  46.43 
 
 
249 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05860  sporulation sigma factor SigK  49.11 
 
 
232 aa  108  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000165586  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0686  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
241 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.144622  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1310  sporulation sigma factor SigE  46.43 
 
 
239 aa  108  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000184343  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1900  sporulation sigma factor SigE  45.54 
 
 
239 aa  108  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2553  sporulation sigma factor SigE  43.75 
 
 
239 aa  108  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000344705  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2062  sporulation sigma factor SigE  45.54 
 
 
243 aa  107  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000360983  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0787  sporulation sigma factor SigE  47.32 
 
 
244 aa  107  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.761292  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1030  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
239 aa  106  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000129886  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4054  sporulation sigma factor SigE  45.13 
 
 
249 aa  105  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000091924  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1426  sporulation sigma factor SigE  43.75 
 
 
241 aa  104  4e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.126635  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2001  sporulation sigma factor SigE  49.11 
 
 
241 aa  103  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000755771  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0852  sporulation sigma factor SigE  44.14 
 
 
243 aa  102  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0114797  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1066  sporulation sigma factor SigE  42.86 
 
 
241 aa  102  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000178993  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0835  sporulation sigma factor SigE  44.64 
 
 
240 aa  102  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.935984  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0447  sporulation sigma factor SigE  43.75 
 
 
244 aa  98.6  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000743913  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4361  RNA polymerase sigma-K factor  58.43 
 
 
100 aa  97.8  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2469  sporulation sigma factor SigE  44.35 
 
 
246 aa  97.1  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130703  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09150  sporulation sigma factor SigE  41.53 
 
 
245 aa  96.7  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000261644  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0736  sporulation sigma factor SigK  47.79 
 
 
219 aa  94.4  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000259555  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2290  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  50.98 
 
 
207 aa  87.8  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.345877  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1553  sporulation sigma factor SigE  41.12 
 
 
242 aa  85.9  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000347236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2655  sporulation sigma factor SigK  37.5 
 
 
232 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2000  sporulation sigma factor SigG  42.16 
 
 
256 aa  63.2  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000480045  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1552  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  34.29 
 
 
256 aa  57.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178805  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0928  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.38 
 
 
311 aa  57.4  0.00000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210299  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0757  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  34.29 
 
 
326 aa  57  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06031  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.46 
 
 
307 aa  56.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06331  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.46 
 
 
307 aa  56.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0577  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.46 
 
 
307 aa  56.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0624  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.58 
 
 
361 aa  56.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00076534  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0836  sporulation sigma factor SigG  34.82 
 
 
234 aa  55.8  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.904059  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06421  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37 
 
 
307 aa  56.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.515657  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1311  sporulation sigma factor SigG  34.19 
 
 
269 aa  55.5  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000268367  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1291  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  33.63 
 
 
259 aa  55.1  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4683  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  34.55 
 
 
367 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0673  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.63 
 
 
363 aa  54.7  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0853  sporulation sigma factor SigG  35.24 
 
 
272 aa  54.7  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0182418  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1680  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  37.86 
 
 
232 aa  54.7  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0687  sporulation sigma factor SigG  35.96 
 
 
257 aa  54.3  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7021  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  32.69 
 
 
390 aa  53.9  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  0.161998 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0013  putative type II alternative sigma factor, sigma70 family  34.65 
 
 
307 aa  53.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0015  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
400 aa  53.5  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128011  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06321  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.65 
 
 
307 aa  53.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.903812  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1067  sporulation sigma factor SigG  35.24 
 
 
257 aa  53.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000166979  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1744  sporulation sigma factor SigF  33.65 
 
 
256 aa  53.5  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4053  sporulation sigma factor SigG  34.29 
 
 
257 aa  53.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000132793  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3521  RpoD family RNA polymerase sigma factor  35.19 
 
 
372 aa  53.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0582772  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  33.64 
 
 
390 aa  52.4  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  32.38 
 
 
616 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3442  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigF  35.45 
 
 
261 aa  52.8  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.38 
 
 
616 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  29.52 
 
 
624 aa  52.4  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.64 
 
 
390 aa  52.4  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.38 
 
 
615 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.38 
 
 
620 aa  52  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09160  sporulation sigma factor SigG  36.7 
 
 
260 aa  52.8  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000197734  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0577  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  35.24 
 
 
280 aa  52.4  0.000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0996  DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32)  37.72 
 
 
458 aa  52.8  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.38 
 
 
615 aa  52  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1425  sporulation sigma factor SigG  34.29 
 
 
255 aa  52.4  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00153435  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0905  type II alternative RNA polymerase sigma factor  37 
 
 
309 aa  51.6  0.000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.159116  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  35.19 
 
 
594 aa  52  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.03 
 
 
668 aa  52  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>