More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0445 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 
386 aa  799  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  76.11 
 
 
364 aa  569  1e-161  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  74.1 
 
 
367 aa  553  1e-156  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.26 
 
 
358 aa  491  1e-138  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  55.14 
 
 
360 aa  376  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.65 
 
 
359 aa  360  3e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.43 
 
 
343 aa  304  1e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.1547e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.26 
 
 
371 aa  303  4e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.05 
 
 
347 aa  300  4e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.48 
 
 
346 aa  297  2e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.1721e-08  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.64 
 
 
351 aa  296  4e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.11 
 
 
373 aa  295  7e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.23 
 
 
351 aa  294  1e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.4 
 
 
351 aa  293  4e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.15048e-35 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.83 
 
 
356 aa  292  5e-78  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.39 
 
 
360 aa  288  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.74 
 
 
354 aa  287  2e-76  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.55 
 
 
358 aa  287  2e-76  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  43.34 
 
 
364 aa  286  4e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.7 
 
 
373 aa  286  4e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.13 
 
 
375 aa  286  5e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.84 
 
 
373 aa  285  7e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  44.51 
 
 
364 aa  285  8e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.54 
 
 
373 aa  285  8e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.41 
 
 
373 aa  285  9e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.67 
 
 
356 aa  285  9e-76  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 
373 aa  285  1e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.25 
 
 
373 aa  285  1e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  41.58 
 
 
403 aa  285  1e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.41 
 
 
373 aa  285  1e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.41 
 
 
373 aa  285  1e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.84 
 
 
373 aa  283  2e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.67 
 
 
356 aa  284  2e-75  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.84 
 
 
373 aa  283  2e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 
373 aa  284  2e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.84 
 
 
373 aa  284  2e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.67 
 
 
356 aa  284  2e-75  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.39 
 
 
373 aa  283  3e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  41.92 
 
 
406 aa  282  6e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0726  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.3 
 
 
383 aa  282  7e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  41.34 
 
 
413 aa  282  7e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  42.82 
 
 
377 aa  282  8e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  41.5 
 
 
409 aa  281  1e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.84 
 
 
373 aa  281  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.82 
 
 
386 aa  280  3e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  43.18 
 
 
356 aa  280  4e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004351  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 
375 aa  280  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.88 
 
 
380 aa  280  4e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.38 
 
 
371 aa  279  6e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.82 
 
 
373 aa  278  8e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.29 
 
 
381 aa  277  2e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.6 
 
 
373 aa  278  2e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0016411  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  41.78 
 
 
392 aa  277  3e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  41.34 
 
 
391 aa  276  4e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  42.82 
 
 
375 aa  276  4e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  41.19 
 
 
404 aa  275  1e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.55 
 
 
372 aa  275  1e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  43.59 
 
 
376 aa  274  2e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  42.02 
 
 
401 aa  274  2e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  40.66 
 
 
392 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  40.82 
 
 
392 aa  273  5e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  40.82 
 
 
392 aa  273  5e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  38.4 
 
 
358 aa  273  5e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  41.34 
 
 
359 aa  272  9e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  42.11 
 
 
342 aa  272  9e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  42.2 
 
 
369 aa  271  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  39.66 
 
 
349 aa  269  6e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  42.9 
 
 
360 aa  268  9e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  42.82 
 
 
372 aa  268  1e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  40.91 
 
 
347 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  39.52 
 
 
396 aa  268  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  41.64 
 
 
362 aa  267  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3115  radical SAM enzyme, Cfr family  44.41 
 
 
353 aa  267  2e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.248396  hitchhiker  8.42526e-08 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1716  radical SAM protein  41.46 
 
 
401 aa  268  2e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.973881  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  43.06 
 
 
382 aa  267  2e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  44.92 
 
 
362 aa  267  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  42.35 
 
 
382 aa  268  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1780  hypothetical protein  41.46 
 
 
406 aa  267  3e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  44.92 
 
 
363 aa  267  3e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06113  radical SAM enzyme, Cfr family  41.18 
 
 
393 aa  267  3e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.245547  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01053  radical SAM enzyme, Cfr family  41.18 
 
 
393 aa  267  3e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184624  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  40.41 
 
 
370 aa  266  4e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  40.41 
 
 
370 aa  266  4e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  43.47 
 
 
384 aa  266  6e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  42.78 
 
 
382 aa  265  8e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  43.14 
 
 
383 aa  265  8e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  41.06 
 
 
350 aa  265  9e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  41.83 
 
 
378 aa  265  9e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  41.67 
 
 
378 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0083  radical SAM protein  42.17 
 
 
391 aa  265  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  41.67 
 
 
378 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  41.67 
 
 
378 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  41.21 
 
 
371 aa  265  1e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  41.67 
 
 
378 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  41.67 
 
 
378 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  41.67 
 
 
378 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  41.67 
 
 
378 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  43.14 
 
 
384 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  43.14 
 
 
383 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  43.8 
 
 
377 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>