More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3027 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  100 
 
 
393 aa  780    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.65 
 
 
418 aa  219  8.999999999999998e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  41.41 
 
 
407 aa  216  5e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.17 
 
 
421 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  38.96 
 
 
407 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  40.2 
 
 
415 aa  213  7e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.02 
 
 
423 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.18 
 
 
418 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.87 
 
 
421 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.87 
 
 
418 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.87 
 
 
418 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.36 
 
 
423 aa  209  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.87 
 
 
418 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.31 
 
 
423 aa  206  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.56 
 
 
418 aa  205  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  37.94 
 
 
443 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  38.29 
 
 
452 aa  203  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.18 
 
 
423 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.18 
 
 
423 aa  203  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.18 
 
 
423 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.18 
 
 
423 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.18 
 
 
423 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.18 
 
 
423 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3334  inner-membrane translocator  37.85 
 
 
388 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.692484  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2317  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.87 
 
 
425 aa  200  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433018  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.63 
 
 
427 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.68 
 
 
427 aa  199  9e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.68 
 
 
423 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  34.2 
 
 
463 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  37.37 
 
 
389 aa  197  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.57 
 
 
412 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.24 
 
 
423 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  38.08 
 
 
376 aa  193  5e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.68 
 
 
417 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.71 
 
 
417 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  40 
 
 
433 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  38.39 
 
 
435 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4917  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraE  38.39 
 
 
437 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.875772  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.41 
 
 
427 aa  188  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4921  inner-membrane translocator  39.03 
 
 
433 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0573712  decreased coverage  0.000000000000182248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.91 
 
 
425 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.57 
 
 
428 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.25 
 
 
427 aa  187  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  38.38 
 
 
433 aa  186  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4657  inner-membrane translocator  38.71 
 
 
433 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123215  decreased coverage  0.00142103 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
339 aa  186  7e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.57 
 
 
428 aa  186  7e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  38.83 
 
 
407 aa  186  8e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.46 
 
 
425 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2478  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.38 
 
 
424 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.81 
 
 
298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.46 
 
 
425 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.46 
 
 
425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0599  inner-membrane translocator  37.74 
 
 
437 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.46 
 
 
425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.46 
 
 
425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.83 
 
 
424 aa  184  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  37.88 
 
 
353 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.88 
 
 
425 aa  183  5.0000000000000004e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.83 
 
 
424 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2857  inner-membrane translocator  37.59 
 
 
393 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0102974  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3255  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.87 
 
 
413 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632438  normal  0.0967059 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2608  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.87 
 
 
413 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0589092  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1778  inner-membrane translocator  38.06 
 
 
444 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  39.1 
 
 
606 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  37.54 
 
 
424 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  38.57 
 
 
425 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  40 
 
 
593 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  35.86 
 
 
327 aa  179  7e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  38.23 
 
 
425 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3201  inner-membrane translocator  38.83 
 
 
428 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.23 
 
 
425 aa  178  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.23 
 
 
425 aa  178  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.23 
 
 
425 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.23 
 
 
425 aa  178  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.23 
 
 
425 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.23 
 
 
425 aa  178  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  38.54 
 
 
317 aa  178  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  38.23 
 
 
425 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  39.66 
 
 
593 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  35.29 
 
 
464 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3324  inner-membrane translocator  35.42 
 
 
484 aa  177  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0986477  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  35.81 
 
 
463 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5436  inner-membrane translocator  36.74 
 
 
475 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 
322 aa  177  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.23 
 
 
424 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5324  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  37.74 
 
 
446 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.538003  normal  0.504195 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4331  inner-membrane translocator  37.42 
 
 
443 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157197  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1621  inner-membrane translocator  36.61 
 
 
445 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0814712  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  34.64 
 
 
321 aa  176  9e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.78 
 
 
389 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  33.69 
 
 
389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26110  ABC-transporter permease protein  39.47 
 
 
424 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0693471  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5537  inner-membrane translocator  35.08 
 
 
385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.69 
 
 
389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.69 
 
 
389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  33.69 
 
 
389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  33.69 
 
 
389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  33.69 
 
 
389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  33.69 
 
 
389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>