More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0880 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0880  ribosomal protein L13  100 
 
 		 147 aa  307  2.9999999999999997e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0110  ribosomal protein L13  59.31 
 
 		 147 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00100259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3497  ribosomal protein L13  57.82 
 
 		 150 aa  192  9e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000146493  normal  0.686311 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0721  ribosomal protein L13  60.54 
 
 		 151 aa  188  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3039  50S ribosomal protein L13  54.42 
 
 		 147 aa  187  5e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0862388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0052  50S ribosomal protein L13  53.79 
 
 		 149 aa  186  1e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0375  50S ribosomal protein L13  59.31 
 
 		 151 aa  185  2e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.958432 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1612  50S ribosomal protein L13  57.82 
 
 		 151 aa  185  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0318086  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4741  ribosomal protein L13  55.1 
 
 		 147 aa  179  8.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000831745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2355  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 149 aa  177  4.999999999999999e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.310176  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04085  50S ribosomal protein L13  54.42 
 
 		 151 aa  176  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0401  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 149 aa  176  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0606  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 143 aa  176  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.43755e-16  hitchhiker  0.00414003 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  176  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000118525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  176  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  58.57 
 
 		 142 aa  174  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000333795  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 		 142 aa  174  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2876  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 143 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000282289  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0422  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 149 aa  172  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00538272  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1650  50S ribosomal protein L13  55.71 
 
 		 151 aa  172  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2015  50S ribosomal protein L13  55.71 
 
 		 150 aa  172  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.624053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000518641  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3269  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000128707  hitchhiker  0.00000918521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0678  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000445483  hitchhiker  0.000251831 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  60 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  decreased coverage  0.00000194665 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2245  50S ribosomal protein L13  57.66 
 
 		 145 aa  171  3.9999999999999995e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000176479  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0005  ribosomal protein L13  53.74 
 
 		 147 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.903919  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2012  50S ribosomal protein L13  55.71 
 
 		 149 aa  171  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00853801  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2286  50S ribosomal protein L13  57.66 
 
 		 145 aa  171  3.9999999999999995e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101681  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3191  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 		 142 aa  170  5e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000050014  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0429  ribosomal protein L13  54.23 
 
 		 154 aa  170  5e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.669525  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 		 142 aa  170  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  58.57 
 
 		 142 aa  170  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  58.57 
 
 		 142 aa  170  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  58.57 
 
 		 142 aa  170  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  58.57 
 
 		 142 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4120  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.954115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 142 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000152627  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1799  50S ribosomal protein L13  56.93 
 
 		 145 aa  170  6.999999999999999e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1395  ribosomal protein L13  56.03 
 
 		 146 aa  170  6.999999999999999e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000119663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  58.57 
 
 		 142 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111952  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5158  ribosomal protein L13  56.93 
 
 		 149 aa  169  7.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.282835 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16521  50S ribosomal protein L13  57.58 
 
 		 170 aa  169  7.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0797487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0735  ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 145 aa  169  9e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 142 aa  169  9e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000158843  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23291  50S ribosomal protein L13  55.64 
 
 		 150 aa  169  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1981  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 150 aa  169  1e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0574002  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1812  50S ribosomal protein L13  54.61 
 
 		 149 aa  169  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.181539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3294  50S ribosomal protein L13  61.59 
 
 		 143 aa  169  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000182384  hitchhiker  0.00115677 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 142 aa  168  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4426  ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  57.97 
 
 		 142 aa  168  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1049  50S ribosomal protein L13  55.71 
 
 		 143 aa  169  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000177368  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2298  50S ribosomal protein L13  55.07 
 
 		 144 aa  169  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000160952  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3086  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 		 142 aa  169  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000435691  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  56.43 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0747  50S ribosomal protein L13  60.14 
 
 		 143 aa  167  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000197035  normal  0.0408198 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123224  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0461  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 		 142 aa  167  4e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000797457  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0599  50S ribosomal protein L13  54.01 
 
 		 147 aa  167  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.413798  normal  0.447745 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4222  50S ribosomal protein L13  60.14 
 
 		 143 aa  167  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000936521  hitchhiker  0.00032903 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0031  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  167  5e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0346  ribosomal protein L13  55.71 
 
 		 144 aa  167  6e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000157006  normal  0.759016 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04010  50S ribosomal protein L13  57.25 
 
 		 142 aa  166  7e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  58.57 
 
 		 142 aa  166  8e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2472  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 142 aa  166  8e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00672084  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0904  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  166  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.222508  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01710  LSU ribosomal protein L13P  53.19 
 
 		 148 aa  166  1e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.00000000965518  hitchhiker  0.0000000000992925 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1103  50S ribosomal protein L13  53.19 
 
 		 150 aa  166  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.698543  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19781  50S ribosomal protein L13  53.19 
 
 		 150 aa  166  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3730  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 		 151 aa  166  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04440  50S ribosomal protein L13  55.15 
 
 		 150 aa  165  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.913726  normal  0.278676 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2614  50S ribosomal protein L13  54.01 
 
 		 149 aa  165  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.784186  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3666  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  165  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000138225  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 		 142 aa  165  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004511  LSU ribosomal protein L13p (L13Ae)  56.43 
 
 		 142 aa  165  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000254571  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  56.43 
 
 		 142 aa  165  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000271958  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3360  50S ribosomal protein L13  58.57 
 
 		 142 aa  165  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000892865  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0246  50S ribosomal protein L13  55.07 
 
 		 144 aa  165  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0124742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4284  ribosomal protein L13  52.55 
 
 		 147 aa  165  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0350  50S ribosomal protein L13  55.64 
 
 		 150 aa  164  2.9999999999999998e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.861215 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0912  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 		 142 aa  164  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482809  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0144  50S ribosomal protein L13  56.2 
 
 		 145 aa  164  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000514694  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  56.43 
 
 		 142 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17141  50S ribosomal protein L13  55.4 
 
 		 143 aa  164  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0575985  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0524  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 142 aa  164  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026356  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1134  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 142 aa  164  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5005  50S ribosomal protein L13  56.43 
 
 		 142 aa  164  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00170298  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3349  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 		 142 aa  164  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.084598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1125  50S ribosomal protein L13  54.01 
 
 		 147 aa  164  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.849812 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0459  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 142 aa  164  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000127467  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4468  ribosomal protein L13  51.8 
 
 		 147 aa  164  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1032  50S ribosomal protein L13  56.82 
 
 		 163 aa  164  5e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.108398  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3164  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 142 aa  163  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0732563  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>