133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7309 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  100 
 
 
283 aa  568  1e-161  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  8.44609e-09  hitchhiker  2.8574e-05 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  36.42 
 
 
182 aa  80.5  3e-14  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  36.47 
 
 
175 aa  75.5  1e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  34.12 
 
 
174 aa  72.8  5e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  26.75 
 
 
147 aa  72.8  6e-12  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  28.62 
 
 
352 aa  68.9  1e-10  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2215  hypothetical protein  27.95 
 
 
171 aa  67.4  2e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00779528  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  38.84 
 
 
156 aa  64.7  2e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  29.24 
 
 
410 aa  63.5  4e-09  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0887  hypothetical protein  33.8 
 
 
168 aa  63.2  5e-09  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102968  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  31.79 
 
 
173 aa  60.8  2e-08  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  38.26 
 
 
177 aa  60.8  2e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4244  hypothetical protein  30.67 
 
 
261 aa  61.2  2e-08  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  32.98 
 
 
393 aa  60.5  3e-08  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  36.84 
 
 
312 aa  56.6  4e-07  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  28.08 
 
 
347 aa  56.6  4e-07  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0443  hypothetical protein  32.17 
 
 
170 aa  55.8  8e-07  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.151743  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2449  protein of unknown function DUF955  29.7 
 
 
165 aa  55.5  1e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37310  hypothetical protein  33.83 
 
 
302 aa  55.5  1e-06  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1373  hypothetical protein  30.38 
 
 
269 aa  55.1  1e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0476075  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  31.2 
 
 
270 aa  54.7  2e-06  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  33.07 
 
 
390 aa  53.9  3e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  30.74 
 
 
366 aa  53.9  3e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  28.91 
 
 
346 aa  53.5  4e-06  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  33.58 
 
 
362 aa  53.1  5e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  35.59 
 
 
1177 aa  52.8  6e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0915  hypothetical protein  30.65 
 
 
341 aa  52.8  6e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.938831  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  31.25 
 
 
355 aa  52.4  8e-06  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0743  hypothetical protein  32.14 
 
 
296 aa  52.4  1e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  35.29 
 
 
1180 aa  50.8  2e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  1.34392e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  33.33 
 
 
188 aa  51.2  2e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0909  hypothetical protein  34.23 
 
 
221 aa  50.1  4e-05  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  28.46 
 
 
349 aa  50.1  4e-05  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
118 aa  50.1  5e-05  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  6.79525e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2718  hypothetical protein  28.68 
 
 
266 aa  49.7  6e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  30.82 
 
 
286 aa  48.9  8e-05  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  25.1 
 
 
342 aa  48.9  9e-05  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01690  predicted Zn peptidase  32.11 
 
 
246 aa  48.9  9e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.224928 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  29.6 
 
 
251 aa  48.5  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  30.14 
 
 
303 aa  48.1  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0729  hypothetical protein  34.44 
 
 
435 aa  48.1  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  24.44 
 
 
367 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0733  hypothetical protein  34.44 
 
 
435 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0252542  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0050  protein of unknown function DUF955  33.02 
 
 
160 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  7.33414e-12 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  30.28 
 
 
365 aa  48.1  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  25 
 
 
399 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_002978  WD0622  transcriptional regulator, putative  25.5 
 
 
303 aa  47.4  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.436499  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3252  hypothetical protein  27.69 
 
 
376 aa  47  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  32.31 
 
 
357 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  2.10124e-07  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  31.03 
 
 
149 aa  47  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.85883e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  30.53 
 
 
294 aa  47.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  24.62 
 
 
367 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  31.13 
 
 
367 aa  47  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0586  putative transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 
103 aa  46.6  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.378153  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2661  hypothetical protein  28.12 
 
 
216 aa  47  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2853  hypothetical protein  28.65 
 
 
216 aa  46.6  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.14989  normal  0.354963 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  31.03 
 
 
149 aa  46.2  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  1.16919e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 
205 aa  46.6  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04053  Transcriptional Regulator, XRE family protein  40 
 
 
106 aa  46.2  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2878  hypothetical protein  22.84 
 
 
271 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0229  hypothetical protein  22.84 
 
 
271 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  42.65 
 
 
186 aa  45.8  0.0007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  24.62 
 
 
350 aa  45.8  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 
355 aa  45.8  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 
205 aa  45.8  0.0008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  1.09326e-06  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  31.03 
 
 
149 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 
505 aa  45.8  0.0008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 
115 aa  45.8  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  31.4 
 
 
92 aa  45.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 
149 aa  45.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  4.14379e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0800  helix-turn-helix domain protein  40.62 
 
 
192 aa  45.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.860069  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1801  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.67 
 
 
171 aa  45.4  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  32.18 
 
 
149 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  33.06 
 
 
196 aa  45.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5814  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
193 aa  45.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  26.79 
 
 
410 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  23.86 
 
 
399 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  1.22328e-07  unclonable  3.70902e-10 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  25.8 
 
 
354 aa  45.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  1.60143e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3138  helix-turn-helix domain protein  34.62 
 
 
183 aa  44.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0455565  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  28.17 
 
 
122 aa  44.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.61389e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  29.3 
 
 
370 aa  44.3  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal 
 
 
-
 
NC_011724  BbuZS7_B25  hypothetical protein  25.69 
 
 
231 aa  44.7  0.002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.548873  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  27.03 
 
 
352 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1309  hypothetical protein  30.77 
 
 
284 aa  44.3  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.584713  normal  0.697402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  26.24 
 
 
355 aa  44.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  6.45952e-10  unclonable  7.76593e-07 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3107  transcriptional regulator, XRE family  32.29 
 
 
164 aa  44.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2659  hypothetical protein  31.11 
 
 
425 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00418802  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2613  hypothetical protein  27.23 
 
 
216 aa  44.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.277347  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  38.82 
 
 
103 aa  43.9  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4294  XRE family transcriptional regulator  24.81 
 
 
374 aa  43.9  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3017  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
164 aa  43.9  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  1.35436e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1303  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
163 aa  43.9  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0137454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1025  putative transcriptional regulator  44.93 
 
 
68 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0506  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 
194 aa  43.9  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0504214  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 
145 aa  43.9  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0781  hypothetical protein  25.34 
 
 
232 aa  43.9  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2773  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 
171 aa  43.9  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.809106  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  31.08 
 
 
308 aa  43.9  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  34.33 
 
 
302 aa  44.3  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2795  putative transcriptional regulator, XRE family  32.63 
 
 
164 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.527164  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>