88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04053 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_04053  Transcriptional Regulator, XRE family protein  100 
 
 		 106 aa  206  9e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  83.02 
 
 		 103 aa  167  6e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1125  XRE family transcriptional regulator  52 
 
 		 104 aa  99.4  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4570  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.27714 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2252  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 100 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00411497  normal  0.680338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1622  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 100 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 252 aa  50.8  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3380  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 115 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.738813  hitchhiker  0.00256975 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  32.1 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001517  predicted transcriptional regulator  44.64 
 
 		 84 aa  47.8  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000562754  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3478  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022624 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3350  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3247  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 179 aa  47  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 189 aa  47  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1872  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 115 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.765913  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4562  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00197637  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  40 
 
 		 283 aa  46.2  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 82 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2363  transcriptional regulator, XRE family  45.1 
 
 		 117 aa  45.4  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1891  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00988673  normal  0.0163804 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6814  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0688  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1050  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 184 aa  45.1  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000000995235  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  42.31 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 83 aa  44.7  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3780  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 122 aa  44.7  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 193 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 193 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 193 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3829  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 201 aa  44.3  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.440396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2503  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 117 aa  43.9  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 74 aa  43.9  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1291  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 184 aa  43.9  0.0008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0600797  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 77 aa  43.5  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 205 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 76 aa  43.5  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 92 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 188 aa  43.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4620  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 177 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.157225  normal  0.499919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4487  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 177 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422127 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 60 aa  42.7  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0889  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 190 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000492608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5804  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365754  normal  0.0338567 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 403 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 113 aa  41.6  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  28.36 
 
 		 124 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01906  hypothetical protein  32 
 
 		 180 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.610922  normal  0.293874 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 108 aa  42  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1574  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 184 aa  42  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.844747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0538  XRE family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 202 aa  42  0.003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0998  transcriptional regulator, XRE family  30.26 
 
 		 195 aa  42  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  37.5 
 
 		 60 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 90 aa  41.2  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  36.84 
 
 		 347 aa  41.2  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3115  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 503 aa  41.2  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  28.74 
 
 		 186 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 154 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  54.76 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  44.23 
 
 		 264 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0512  XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 185 aa  40.8  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 198 aa  40.8  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5908  helix-turn-helix domain protein  39.24 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.84632  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  31.76 
 
 		 258 aa  40.4  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1297  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 182 aa  40.8  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.814605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  33.33 
 
 		 509 aa  40.4  0.008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  41.07 
 
 		 186 aa  40.4  0.008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  30.58 
 
 		 200 aa  40.4  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 182 aa  40.4  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 183 aa  40.4  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1547  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 102 aa  40.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.358445  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 183 aa  40.4  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2543  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 104 aa  40.4  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0592097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1730  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 184 aa  40.4  0.009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 183 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 183 aa  40  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 182 aa  40  0.01  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 183 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 183 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2901  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 183 aa  40  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>