More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0142 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_0142  LysR family malolactic regulator  100 
 
 
297 aa  583  1e-165  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  1.0919e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1533  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
293 aa  185  8e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.289037  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1528  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
295 aa  176  4e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1565  malolactic fermentation system transcription activator  32.06 
 
 
297 aa  170  2e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0942  malolactic fermentation system transcription activator  33.1 
 
 
295 aa  163  3e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000616664  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1004  malolactic fermentation system transcription activator  34.01 
 
 
297 aa  162  8e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
307 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  23.81 
 
 
290 aa  130  2e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 
300 aa  127  2e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  25.68 
 
 
294 aa  126  4e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  27.06 
 
 
300 aa  125  6e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
299 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  22.6 
 
 
289 aa  119  8e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 
295 aa  117  2e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  22.41 
 
 
289 aa  113  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 
301 aa  113  4e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  3.15182e-05  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 
296 aa  112  8e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 
293 aa  112  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
294 aa  111  1e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.52 
 
 
293 aa  110  2e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  21.38 
 
 
289 aa  108  9e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
293 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
293 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  24.24 
 
 
293 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
292 aa  105  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  7.76975e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
293 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  24.11 
 
 
320 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 
293 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 
293 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  22.45 
 
 
302 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 
293 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
319 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 
298 aa  103  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
293 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 
305 aa  101  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 
317 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
293 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  21.5 
 
 
296 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
293 aa  100  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 
293 aa  100  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  21.21 
 
 
295 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  22.48 
 
 
294 aa  100  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 
293 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
297 aa  99  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 
297 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 
307 aa  98.2  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  21.5 
 
 
293 aa  99  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
297 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  24.08 
 
 
296 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
297 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 
297 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
297 aa  97.8  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  23.63 
 
 
296 aa  97.1  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  23.75 
 
 
296 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  23.75 
 
 
296 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  20.41 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 
297 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
297 aa  97.4  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  24.08 
 
 
296 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  22.26 
 
 
310 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 
297 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  20.88 
 
 
295 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  20.88 
 
 
295 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  22.5 
 
 
315 aa  96.7  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  20.88 
 
 
295 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 
321 aa  96.3  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 
293 aa  96.3  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
297 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  20.54 
 
 
295 aa  95.9  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 
316 aa  95.9  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 
295 aa  95.9  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  3.81269e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  20.27 
 
 
296 aa  95.9  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.06 
 
 
304 aa  95.9  8e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.07 
 
 
302 aa  95.5  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  24.1 
 
 
296 aa  95.1  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 
321 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0504  malolactic fermentation system transcription activator  22.98 
 
 
294 aa  94.7  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  20.76 
 
 
295 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  22.06 
 
 
312 aa  94.7  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  20.76 
 
 
295 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  20.76 
 
 
295 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  20.76 
 
 
295 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  20.76 
 
 
295 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  25.63 
 
 
297 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 
322 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 
300 aa  94  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4467  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 
300 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 
321 aa  94  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4621  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
295 aa  93.6  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0988877  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  24.1 
 
 
296 aa  94  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  22.14 
 
 
315 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  22.52 
 
 
311 aa  93.2  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  1.80312e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  20.07 
 
 
295 aa  93.2  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  21.31 
 
 
289 aa  93.6  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 
321 aa  93.2  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  22.52 
 
 
311 aa  93.2  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  21.52 
 
 
326 aa  92.4  7e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  20.34 
 
 
295 aa  92.8  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  20.27 
 
 
295 aa  92.4  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  21.76 
 
 
317 aa  92.4  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>