More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1528 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_1528  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  599  1e-170  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1533  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.289037  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0142  LysR family malolactic regulator  35.05 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000010919  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0942  malolactic fermentation system transcription activator  36.86 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000616664  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1565  malolactic fermentation system transcription activator  32.98 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1004  malolactic fermentation system transcription activator  32.31 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0504  malolactic fermentation system transcription activator  26.55 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.18 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.17 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.75 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.75 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.75 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.83 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.83 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.08 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.16 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.58 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  24.58 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.01 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  25.55 
 
 		 320 aa  94  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.58 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 301 aa  92.4  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  25.42 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.24 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 293 aa  89  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 293 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 293 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 293 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  26.86 
 
 		 330 aa  88.2  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 293 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  23.58 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0055  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 297 aa  85.5  9e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000650557  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  23.58 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.33 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  23.53 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  21.28 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 286 aa  83.2  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0335  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.854024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.18 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 329 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  26.15 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.18 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.9 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.33 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  21.07 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0691  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.780494  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  22.04 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  24.11 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  26.91 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  29.88 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  29.88 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>