207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0047 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  100 
 
 
133 aa  270  7e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  90.23 
 
 
133 aa  246  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  90.23 
 
 
133 aa  246  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  86.47 
 
 
133 aa  234  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2013  PTS system, IIA component  78.95 
 
 
133 aa  211  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0744543  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2094  PTS system, IIA component  78.2 
 
 
133 aa  211  3.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.98601  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0825  PTS system fructose subfamily IIA component  75.94 
 
 
133 aa  204  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  72.93 
 
 
133 aa  200  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2848  PTS system fructose subfamily IIA component  72.18 
 
 
133 aa  194  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707563  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  69.17 
 
 
133 aa  192  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  69.17 
 
 
163 aa  191  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  69.17 
 
 
133 aa  189  8e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  69.17 
 
 
133 aa  189  8e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  69.92 
 
 
133 aa  189  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  68.42 
 
 
133 aa  188  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  67.67 
 
 
133 aa  187  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  66.92 
 
 
133 aa  186  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  67.42 
 
 
135 aa  182  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  67.16 
 
 
135 aa  180  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0358  PTS system fructose subfamily IIA component  64.66 
 
 
133 aa  178  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0594  PTS system fructose subfamily IIA component  65.41 
 
 
133 aa  177  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0232573  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0370  PTS system fructose subfamily IIA component  65.41 
 
 
152 aa  177  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  65.65 
 
 
134 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0466  PTS system fructose subfamily IIA component  65.41 
 
 
133 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0440  PTS system fructose subfamily IIA component  66.17 
 
 
133 aa  177  4.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0345  PTS system fructose subfamily IIA component  65.41 
 
 
133 aa  176  7e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  60.77 
 
 
142 aa  172  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  67.69 
 
 
135 aa  171  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2903  PTS system fructose subfamily IIA component  61.54 
 
 
134 aa  165  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312046  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  59.09 
 
 
135 aa  160  6e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  53.08 
 
 
140 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1901  PTS system fructose subfamily IIA component  51.94 
 
 
165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.128091 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0166  PTS system fructose subfamily IIA component  45.52 
 
 
138 aa  113  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0155  PTS system fructose subfamily IIA component  45.52 
 
 
138 aa  113  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0148  phosphotransferase system, fructose subfamily IIA component  45.8 
 
 
138 aa  110  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2065  PTS system fructose subfamily IIA component  40.46 
 
 
147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0153  PTS system fructose subfamily IIA component  45.04 
 
 
139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.327367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7371  PTS system permease (IIAMan), nitrogen regulatory IIA protein  65 
 
 
82 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0540  PTS system fructose subfamily IIA component  50 
 
 
130 aa  107  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1685  PTS system, IIA component  47.58 
 
 
132 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0318  PTS system fructose subfamily IIA component  47.58 
 
 
132 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.818339 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2561  PTS system fructose subfamily IIA component  47.58 
 
 
132 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1287  PTS system fructose subfamily IIA component  48.41 
 
 
130 aa  106  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.178169  hitchhiker  0.00000226517 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0208  PTS system IIA component  47.58 
 
 
129 aa  105  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.787809 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2437  PTS system fructose subfamily IIA component  50 
 
 
134 aa  105  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060686  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1597  PTS system fructose subfamily IIA component  48.12 
 
 
136 aa  104  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  38.35 
 
 
136 aa  101  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2967  PTS system fructose subfamily IIA component  44.62 
 
 
131 aa  99.8  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.434901  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  40.15 
 
 
147 aa  99  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  40.15 
 
 
172 aa  98.2  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0502  PTS system fructose subfamily IIA component  38.06 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  40.15 
 
 
145 aa  97.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0873  PTS system fructose subfamily IIA component  42.31 
 
 
131 aa  97.1  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3386  PTS system fructose subfamily IIA component  42.31 
 
 
131 aa  96.7  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1883  PTS system, IIA component, putative  43.08 
 
 
130 aa  95.9  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.821865  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2849  PTS system fructose subfamily IIA component  45.16 
 
 
141 aa  92.8  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1934  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  39.39 
 
 
133 aa  90.9  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.841781  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0978  PTS system fructose subfamily IIA component  38.21 
 
 
130 aa  88.6  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2162  PTS system fructose subfamily IIA component  37.69 
 
 
130 aa  84.7  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1775  PTS system, IIA component  36.84 
 
 
152 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.714918  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  31.97 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  35.48 
 
 
129 aa  76.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  33.33 
 
 
138 aa  76.6  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  38.32 
 
 
130 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  37.84 
 
 
151 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0469  PTS system fructose subfamily IIA component  40.18 
 
 
129 aa  71.2  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0464  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  33.63 
 
 
331 aa  70.5  0.000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000451703  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0451  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  34.96 
 
 
322 aa  69.7  0.00000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.178007  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0120  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  35.71 
 
 
132 aa  69.3  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000167564  hitchhiker  1.7476000000000002e-20 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  38.46 
 
 
141 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0464  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  37.74 
 
 
332 aa  67.8  0.00000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000027828  normal  0.826743 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3022  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  31.31 
 
 
134 aa  67  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0221  PTS system fructose subfamily IIA component  31.78 
 
 
151 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000694463 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0200  protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  29.13 
 
 
329 aa  66.6  0.0000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000259121  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
140 aa  66.6  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2628  PTS system fructose subfamily IIA component  29.25 
 
 
138 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.404863  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3020  PTS system, IIA component, putative  29.25 
 
 
138 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1795  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  31.5 
 
 
332 aa  65.1  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.172068  hitchhiker  1.3720900000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2965  PTS system, IIA component  30.61 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  31.31 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0202  PTS system fructose subfamily IIA component  31.78 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262504  normal  0.29106 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0244  PTS system fructose subfamily IIA component  32.43 
 
 
151 aa  63.5  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.533558  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4186  putative sugar transport PTS system IIA component  31.15 
 
 
186 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0346  hypothetical protein  33.33 
 
 
169 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55769  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0818  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  29.52 
 
 
326 aa  62  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  30.3 
 
 
135 aa  61.2  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0361  PTS system, mannose-specific IIAB components  31 
 
 
336 aa  61.2  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00370358  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1658  PTS system fructose subfamily IIA component  34.17 
 
 
140 aa  61.2  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.780383 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0804  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  28.57 
 
 
326 aa  60.5  0.000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0529  PTS system fructose subfamily IIA component  32 
 
 
175 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467487  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2131  PTS system fructose subfamily IIA component  29.27 
 
 
134 aa  60.5  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129231  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3205  PTS system fructose subfamily IIA component  30.23 
 
 
143 aa  60.5  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2096  PTS system fructose subfamily IIA component  30.1 
 
 
142 aa  60.5  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  33.61 
 
 
322 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  33.61 
 
 
322 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  33.61 
 
 
322 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  33.61 
 
 
322 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  33.61 
 
 
322 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1768  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  29.91 
 
 
314 aa  60.1  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000481917  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2862  PTS system fructose subfamily IIA component  32.38 
 
 
156 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.454457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>