164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7371 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7371  PTS system permease (IIAMan), nitrogen regulatory IIA protein  100 
 
 
82 aa  166  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0440  PTS system fructose subfamily IIA component  97.56 
 
 
133 aa  163  8e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0345  PTS system fructose subfamily IIA component  96.34 
 
 
133 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0466  PTS system fructose subfamily IIA component  95.12 
 
 
133 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0370  PTS system fructose subfamily IIA component  95.12 
 
 
152 aa  160  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0594  PTS system fructose subfamily IIA component  95.12 
 
 
133 aa  159  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0232573  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0358  PTS system fructose subfamily IIA component  93.9 
 
 
133 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  73.75 
 
 
163 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  73.75 
 
 
133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  72.5 
 
 
133 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  72.5 
 
 
133 aa  124  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  72.5 
 
 
133 aa  124  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  72.5 
 
 
133 aa  124  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2848  PTS system fructose subfamily IIA component  74.39 
 
 
133 aa  123  8.000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707563  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  71.43 
 
 
135 aa  119  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  67.07 
 
 
133 aa  116  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  65.82 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  69.62 
 
 
133 aa  115  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  65 
 
 
133 aa  108  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  66.67 
 
 
133 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  64.63 
 
 
133 aa  108  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  66.67 
 
 
133 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  66.25 
 
 
135 aa  108  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  65.79 
 
 
140 aa  107  5e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  61.25 
 
 
133 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0825  PTS system fructose subfamily IIA component  62.2 
 
 
133 aa  104  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2094  PTS system, IIA component  59.76 
 
 
133 aa  103  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.98601  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2013  PTS system, IIA component  59.76 
 
 
133 aa  103  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0744543  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2903  PTS system fructose subfamily IIA component  62.03 
 
 
134 aa  102  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312046  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  59.74 
 
 
135 aa  94.4  5e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1901  PTS system fructose subfamily IIA component  58.67 
 
 
165 aa  92  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.128091 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  53.95 
 
 
142 aa  87.8  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2065  PTS system fructose subfamily IIA component  50 
 
 
147 aa  87.8  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  59.21 
 
 
135 aa  83.6  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  51.85 
 
 
147 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0502  PTS system fructose subfamily IIA component  48.65 
 
 
138 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0208  PTS system IIA component  54.29 
 
 
129 aa  77.8  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.787809 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2561  PTS system fructose subfamily IIA component  53.52 
 
 
132 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0153  PTS system fructose subfamily IIA component  50 
 
 
139 aa  77  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.327367 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1685  PTS system, IIA component  52.11 
 
 
132 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0318  PTS system fructose subfamily IIA component  52.11 
 
 
132 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.818339 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1934  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  44.59 
 
 
133 aa  75.5  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.841781  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0155  PTS system fructose subfamily IIA component  48.75 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0166  PTS system fructose subfamily IIA component  48.75 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0148  phosphotransferase system, fructose subfamily IIA component  48.75 
 
 
138 aa  75.1  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2967  PTS system fructose subfamily IIA component  44.59 
 
 
131 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.434901  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  47.62 
 
 
145 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1883  PTS system, IIA component, putative  40.54 
 
 
130 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.821865  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  46.34 
 
 
172 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1287  PTS system fructose subfamily IIA component  41.67 
 
 
130 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.178169  hitchhiker  0.00000226517 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  43.9 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2162  PTS system fructose subfamily IIA component  45.83 
 
 
130 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0978  PTS system fructose subfamily IIA component  41.89 
 
 
130 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3386  PTS system fructose subfamily IIA component  41.56 
 
 
131 aa  62.8  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2849  PTS system fructose subfamily IIA component  51.61 
 
 
141 aa  62  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0540  PTS system fructose subfamily IIA component  48.33 
 
 
130 aa  62  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2437  PTS system fructose subfamily IIA component  51.61 
 
 
134 aa  61.6  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060686  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0873  PTS system fructose subfamily IIA component  41.56 
 
 
131 aa  61.6  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1775  PTS system, IIA component  45.45 
 
 
152 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.714918  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1597  PTS system fructose subfamily IIA component  48.1 
 
 
136 aa  58.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  52.17 
 
 
131 aa  58.2  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  34.62 
 
 
138 aa  58.2  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0937  PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIA component  43.06 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3371  PTS system N-acetylgalactosamine-specific transporter subunit IIA component  43.06 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.530615 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0989  PTS system fructose subfamily IIA component  43.06 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  49.06 
 
 
141 aa  55.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  39.39 
 
 
129 aa  56.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  50 
 
 
135 aa  55.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0745  PTS system fructose subfamily IIA component  52.27 
 
 
130 aa  56.2  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  35.06 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  38.89 
 
 
322 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  38.89 
 
 
322 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0260  PTS system fructose subfamily IIA component  48.08 
 
 
165 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  38.89 
 
 
322 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  38.89 
 
 
322 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  38.89 
 
 
322 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01787  fused mannose-specific PTS enzymes: IIA component/IIB component  38.89 
 
 
323 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0965607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1826  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  38.89 
 
 
323 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000156617  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0529  PTS system fructose subfamily IIA component  51.06 
 
 
175 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467487  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2546  PTS system, mannose-specific IIAB component  38.89 
 
 
323 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000579402  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01775  hypothetical protein  38.89 
 
 
323 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0856085  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1907  PTS system, mannose-specific IIAB component  38.89 
 
 
323 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2045  PTS system, mannose-specific IIAB component  38.89 
 
 
323 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000183907  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2083  PTS system, mannose-specific IIAB component  38.89 
 
 
323 aa  51.2  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000444348  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1371  PTS system, mannose-specific IIAB component  38.89 
 
 
323 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000647863  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4186  putative sugar transport PTS system IIA component  48.08 
 
 
186 aa  51.2  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2386  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIA subunit  37.84 
 
 
320 aa  51.2  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0244  PTS system fructose subfamily IIA component  47.92 
 
 
151 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.533558  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2131  PTS system fructose subfamily IIA component  37.68 
 
 
134 aa  50.8  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129231  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  43.64 
 
 
151 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0202  PTS system fructose subfamily IIA component  47.92 
 
 
151 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262504  normal  0.29106 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0221  PTS system fructose subfamily IIA component  46.94 
 
 
151 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000694463 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0346  hypothetical protein  47.92 
 
 
169 aa  49.7  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55769  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02952  hypothetical protein  36.11 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2248  PTS system fructose subfamily IIA component  46.15 
 
 
156 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2862  PTS system fructose subfamily IIA component  46.15 
 
 
156 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.454457  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3326  PTS system, mannose/sorbose-specific, IIA component  36.11 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3616  PTS system, mannose/sorbose-specific, IIA component  36.11 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0564  PTS system fructose subfamily IIA component  36.11 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.576662  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2873  PTS system fructose subfamily IIA component  46.15 
 
 
156 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.534201  normal  0.418859 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>