191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0208 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0208  PTS system IIA component  100 
 
 
129 aa  259  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.787809 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1685  PTS system, IIA component  74.6 
 
 
132 aa  183  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0318  PTS system fructose subfamily IIA component  74.6 
 
 
132 aa  183  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.818339 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2561  PTS system fructose subfamily IIA component  74.6 
 
 
132 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2849  PTS system fructose subfamily IIA component  72.22 
 
 
141 aa  166  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2437  PTS system fructose subfamily IIA component  73.39 
 
 
134 aa  163  8e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060686  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0540  PTS system fructose subfamily IIA component  65.35 
 
 
130 aa  137  4.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2848  PTS system fructose subfamily IIA component  51.61 
 
 
133 aa  124  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707563  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0594  PTS system fructose subfamily IIA component  49.19 
 
 
133 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0232573  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0825  PTS system fructose subfamily IIA component  48.39 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0345  PTS system fructose subfamily IIA component  49.19 
 
 
133 aa  118  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  47.58 
 
 
134 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2013  PTS system, IIA component  47.58 
 
 
133 aa  117  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0744543  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2094  PTS system, IIA component  47.58 
 
 
133 aa  117  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.98601  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0466  PTS system fructose subfamily IIA component  48.39 
 
 
133 aa  116  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0370  PTS system fructose subfamily IIA component  48.39 
 
 
152 aa  116  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0440  PTS system fructose subfamily IIA component  48.39 
 
 
133 aa  115  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  51.61 
 
 
133 aa  115  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  50.4 
 
 
135 aa  116  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0358  PTS system fructose subfamily IIA component  47.58 
 
 
133 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  50.81 
 
 
133 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  47.58 
 
 
135 aa  114  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  50.81 
 
 
133 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  50 
 
 
133 aa  114  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  50.81 
 
 
133 aa  114  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  47.58 
 
 
133 aa  114  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  48.78 
 
 
140 aa  114  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  50 
 
 
163 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  49.59 
 
 
133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  49.59 
 
 
133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  47.58 
 
 
133 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  47.58 
 
 
133 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2903  PTS system fructose subfamily IIA component  45.16 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312046  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  47.58 
 
 
133 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  45.53 
 
 
135 aa  106  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  47.58 
 
 
133 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  46.77 
 
 
135 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  41.94 
 
 
142 aa  97.4  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0153  PTS system fructose subfamily IIA component  42.4 
 
 
139 aa  90.5  7e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.327367 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1901  PTS system fructose subfamily IIA component  40 
 
 
165 aa  90.5  7e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.128091 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2967  PTS system fructose subfamily IIA component  43.27 
 
 
131 aa  89.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.434901  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0148  phosphotransferase system, fructose subfamily IIA component  43.52 
 
 
138 aa  88.6  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0155  PTS system fructose subfamily IIA component  42.99 
 
 
138 aa  87.8  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0166  PTS system fructose subfamily IIA component  42.99 
 
 
138 aa  87.8  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  38.02 
 
 
147 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1883  PTS system, IIA component, putative  44.23 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.821865  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  36.36 
 
 
145 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7371  PTS system permease (IIAMan), nitrogen regulatory IIA protein  54.29 
 
 
82 aa  77.8  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3386  PTS system fructose subfamily IIA component  39.81 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0873  PTS system fructose subfamily IIA component  39.81 
 
 
131 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1287  PTS system fructose subfamily IIA component  39.06 
 
 
130 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.178169  hitchhiker  0.00000226517 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1597  PTS system fructose subfamily IIA component  36.89 
 
 
136 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2065  PTS system fructose subfamily IIA component  38.1 
 
 
147 aa  73.2  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2096  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
142 aa  72  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  33.06 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1775  PTS system, IIA component  35.04 
 
 
152 aa  68.2  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.714918  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0502  PTS system fructose subfamily IIA component  36.51 
 
 
138 aa  68.2  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  33.07 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2813  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  32.58 
 
 
323 aa  65.9  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.047129 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  31.4 
 
 
130 aa  64.7  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  30.77 
 
 
141 aa  64.7  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0260  PTS system fructose subfamily IIA component  33.85 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0132  PTS system fructose subfamily IIA component  33.01 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2162  PTS system fructose subfamily IIA component  34.48 
 
 
130 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4186  putative sugar transport PTS system IIA component  30.77 
 
 
186 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  31.09 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
140 aa  61.6  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2386  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIA subunit  29.23 
 
 
320 aa  61.6  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0529  PTS system fructose subfamily IIA component  30 
 
 
175 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467487  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2248  PTS system fructose subfamily IIA component  32.03 
 
 
156 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2873  PTS system fructose subfamily IIA component  32.03 
 
 
156 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.534201  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2862  PTS system fructose subfamily IIA component  32.03 
 
 
156 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.454457  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2390  PTS system fructose subfamily IIA component  29.13 
 
 
144 aa  60.8  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6191  PTS system fructose subfamily IIA component  31.2 
 
 
156 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0937  PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIA component  32.28 
 
 
146 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0989  PTS system fructose subfamily IIA component  32.28 
 
 
146 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3371  PTS system N-acetylgalactosamine-specific transporter subunit IIA component  32.28 
 
 
146 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.530615 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2779  PTS system fructose subfamily IIA component  31.2 
 
 
156 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2917  PTS system fructose subfamily IIA component  31.2 
 
 
156 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2965  PTS system, IIA component  28.3 
 
 
134 aa  59.7  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  33.06 
 
 
151 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3396  PTS system fructose subfamily IIA component  26.77 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3844  PTS system fructose subfamily IIA component  33.07 
 
 
144 aa  59.3  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0441  PTS system fructose subfamily IIA component  31.78 
 
 
156 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.624983  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  29.63 
 
 
322 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0451  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  28.46 
 
 
322 aa  58.5  0.00000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.178007  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  29.63 
 
 
322 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  29.63 
 
 
322 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  29.63 
 
 
322 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  29.63 
 
 
322 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3576  PTS system fructose subfamily IIA component  26.15 
 
 
144 aa  58.2  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.440401  normal  0.531464 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1826  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  29.63 
 
 
323 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000156617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1371  PTS system, mannose-specific IIAB component  29.63 
 
 
323 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000647863  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01775  hypothetical protein  29.63 
 
 
323 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0856085  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2546  PTS system, mannose-specific IIAB component  29.63 
 
 
323 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000579402  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0978  PTS system fructose subfamily IIA component  29.81 
 
 
130 aa  57.8  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1907  PTS system, mannose-specific IIAB component  29.63 
 
 
323 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431359  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2083  PTS system, mannose-specific IIAB component  29.63 
 
 
323 aa  57.8  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000444348  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2045  PTS system, mannose-specific IIAB component  29.63 
 
 
323 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000183907  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>