97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1327 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  100 
 
 
470 aa  979  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  3.99076e-06  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  30.96 
 
 
437 aa  182  1e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  30.98 
 
 
437 aa  176  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  30.98 
 
 
437 aa  176  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  27.57 
 
 
462 aa  174  4e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  29.21 
 
 
476 aa  167  3e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  6.49333e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  27.71 
 
 
467 aa  164  2e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  27.08 
 
 
464 aa  161  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  26.68 
 
 
443 aa  159  2e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  2.65712e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  29.67 
 
 
474 aa  156  6e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  29.31 
 
 
446 aa  156  8e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  27.59 
 
 
491 aa  154  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  28.54 
 
 
445 aa  152  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  28.47 
 
 
444 aa  151  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.49 
 
 
449 aa  150  6e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  27.99 
 
 
469 aa  149  8e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  29.84 
 
 
458 aa  149  1e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  29.34 
 
 
463 aa  145  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  28.17 
 
 
467 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  27.1 
 
 
446 aa  144  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  30.22 
 
 
744 aa  142  9e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  27.8 
 
 
447 aa  141  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.19 
 
 
452 aa  139  1e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  26.37 
 
 
445 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  27.69 
 
 
507 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.05 
 
 
455 aa  137  3e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.2325e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  26.39 
 
 
448 aa  136  1e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  26.39 
 
 
448 aa  136  1e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  28.23 
 
 
466 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  9.64515e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  25.5 
 
 
441 aa  133  9e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  29.76 
 
 
456 aa  132  2e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  28.3 
 
 
474 aa  131  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  26.99 
 
 
445 aa  130  5e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  25.36 
 
 
447 aa  127  4e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  27.68 
 
 
451 aa  125  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  27.68 
 
 
451 aa  125  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.36 
 
 
455 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  25.42 
 
 
436 aa  117  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  25.69 
 
 
463 aa  116  9e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  25.92 
 
 
445 aa  115  2e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  25.06 
 
 
412 aa  113  6e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  24.16 
 
 
411 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  25.43 
 
 
418 aa  107  3e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  24.69 
 
 
445 aa  103  7e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  23.89 
 
 
429 aa  102  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  26.16 
 
 
410 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  24.09 
 
 
418 aa  100  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  24.12 
 
 
424 aa  100  7e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  24.8 
 
 
394 aa  99.8  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  25.63 
 
 
420 aa  93.2  9e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  25.45 
 
 
415 aa  91.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  25.64 
 
 
408 aa  86.7  9e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  32.91 
 
 
490 aa  83.2  8e-15  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  23.38 
 
 
425 aa  82.8  1e-14  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  24.15 
 
 
416 aa  81.6  2e-14  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  24.79 
 
 
412 aa  80.5  6e-14  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  24.04 
 
 
406 aa  79.3  1e-13  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  22.84 
 
 
408 aa  79  2e-13  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  30.27 
 
 
472 aa  79  2e-13  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.85492e-07 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  22.84 
 
 
408 aa  79  2e-13  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  22.84 
 
 
408 aa  77.8  4e-13  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  23.77 
 
 
425 aa  74.7  3e-12  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  25.37 
 
 
430 aa  70.1  8e-11  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.88378e-11 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  23.11 
 
 
417 aa  69.7  1e-10  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  25.59 
 
 
421 aa  68.6  2e-10  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  31.61 
 
 
429 aa  65.5  2e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  27.15 
 
 
413 aa  63.2  1e-08  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1685  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  28.21 
 
 
460 aa  52.4  2e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.500264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0493  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  27.69 
 
 
460 aa  50.1  8e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3631  UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase  36.27 
 
 
453 aa  49.7  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15661  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  25.98 
 
 
476 aa  48.5  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05211  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  33.06 
 
 
460 aa  47.8  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15511  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  25.68 
 
 
476 aa  47.4  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0977  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  20.58 
 
 
457 aa  47  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  2.30391e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2192  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  21.62 
 
 
479 aa  46.6  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604206  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3715  UDP-N-acetylmuramate  28.57 
 
 
463 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.284127  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0719  UDP-N-acetylmuramate  28.57 
 
 
463 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.161321  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3592  UDP-N-acetylmuramate  28.57 
 
 
463 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.421536  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3147  UDP-N-acetylmuramate  28.57 
 
 
465 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4050  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  25.84 
 
 
469 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0820  UDP-N-acetylmuramate  28.57 
 
 
465 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.700017  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0791  UDP-N-acetylmuramate  28.57 
 
 
465 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1811  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  34.86 
 
 
449 aa  44.7  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.518837  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06515  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  31.58 
 
 
451 aa  44.3  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4067  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  26.21 
 
 
482 aa  44.7  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1461  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  23.48 
 
 
468 aa  43.9  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.1012  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2596  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.59 
 
 
470 aa  43.9  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.34981  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3483  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.28 
 
 
461 aa  43.9  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0234  UDP-N-acetylmuramate  21.58 
 
 
468 aa  43.9  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2856  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  25.86 
 
 
470 aa  43.9  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00477347 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0827  UDP-N-acetylmuramate  27.14 
 
 
464 aa  43.9  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0546  cytoplasmic peptidoglycan synthetase domain-containing protein  30.38 
 
 
477 aa  43.9  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18293  normal  0.62301 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6979  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  32.11 
 
 
463 aa  43.5  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0152734  hitchhiker  4.20248e-08 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2093  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  34.74 
 
 
450 aa  43.1  0.009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2782  UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl- meso- diaminopimelate ligase transmembrane protein  24.24 
 
 
461 aa  43.1  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3325  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  33.68 
 
 
451 aa  43.1  0.01  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.148113  normal  0.545808 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3396  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  25.28 
 
 
470 aa  43.1  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.291122 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>