105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4348 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  80.62 
 
 
418 aa  672    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  100 
 
 
418 aa  848    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  62.76 
 
 
429 aa  514  1e-144  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  62.09 
 
 
424 aa  496  1e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  58.95 
 
 
412 aa  476  1e-133  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  55.13 
 
 
410 aa  416  9.999999999999999e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  51.64 
 
 
420 aa  377  1e-103  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  51.18 
 
 
415 aa  372  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  45.91 
 
 
411 aa  329  5.0000000000000004e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  45.29 
 
 
394 aa  301  1e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  43.61 
 
 
413 aa  296  4e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  44.34 
 
 
412 aa  294  2e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  43.85 
 
 
408 aa  288  1e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  43.59 
 
 
408 aa  287  2e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  43.59 
 
 
408 aa  287  2e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  46.96 
 
 
421 aa  286  5e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  43.38 
 
 
416 aa  284  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  43.33 
 
 
406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  42.65 
 
 
417 aa  275  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  41.99 
 
 
425 aa  271  1e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  40.82 
 
 
425 aa  270  2e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  36.22 
 
 
408 aa  192  7e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  32.29 
 
 
462 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.57 
 
 
455 aa  182  8.000000000000001e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  29.77 
 
 
447 aa  179  1e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  31.29 
 
 
445 aa  175  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  29.4 
 
 
448 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  29.4 
 
 
448 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  31.16 
 
 
445 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  32.8 
 
 
458 aa  171  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  33.11 
 
 
474 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  32.23 
 
 
447 aa  163  6e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.95 
 
 
449 aa  162  8.000000000000001e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  31.14 
 
 
445 aa  161  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  29.78 
 
 
467 aa  161  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  31.11 
 
 
437 aa  160  4e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  28.6 
 
 
446 aa  160  5e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  28.37 
 
 
441 aa  158  2e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  28.67 
 
 
467 aa  157  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  30.53 
 
 
437 aa  157  4e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  30.53 
 
 
437 aa  157  4e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  30.44 
 
 
476 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  32.91 
 
 
491 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  31.15 
 
 
463 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  27.29 
 
 
443 aa  154  2e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  29.62 
 
 
444 aa  150  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  32.05 
 
 
744 aa  150  4e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  33.59 
 
 
455 aa  149  9e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  34.57 
 
 
469 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  28.71 
 
 
464 aa  144  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  30.75 
 
 
507 aa  143  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  27.31 
 
 
451 aa  141  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  28.29 
 
 
446 aa  141  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  31.17 
 
 
463 aa  141  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  29.58 
 
 
474 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  27.31 
 
 
451 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  33.8 
 
 
436 aa  139  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.66 
 
 
452 aa  135  9.999999999999999e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  31.54 
 
 
466 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.06 
 
 
445 aa  127  3e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  27.56 
 
 
472 aa  124  3e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  31.36 
 
 
456 aa  107  5e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.21 
 
 
445 aa  106  7e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  30.57 
 
 
430 aa  104  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  31.51 
 
 
429 aa  95.1  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  24.09 
 
 
470 aa  90.1  7e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  36.14 
 
 
490 aa  85.5  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3669  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  27.84 
 
 
469 aa  55.8  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00445508  normal  0.10958 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1111  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.86 
 
 
472 aa  54.7  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0050  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  27.02 
 
 
516 aa  49.3  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.046851  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0589  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  31.01 
 
 
466 aa  49.3  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1685  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  35.4 
 
 
460 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.500264 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2898  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase/UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase  22.92 
 
 
1005 aa  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0124721  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0182  UDP-N-acetylmuramate-alanine ligase  24.6 
 
 
512 aa  47.4  0.0004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0493  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  33.33 
 
 
460 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0690  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  35.29 
 
 
462 aa  47.4  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.255156  normal  0.240658 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0403  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  22.71 
 
 
465 aa  46.6  0.0009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.100225 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3396  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.74 
 
 
470 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.291122 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1492  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  30.08 
 
 
447 aa  46.2  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.125156  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.8 
 
 
477 aa  46.2  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00131729  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1049  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  36.89 
 
 
466 aa  45.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148666  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2192  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.23 
 
 
466 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0349  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  29.13 
 
 
487 aa  45.4  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.593739  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1968  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.8 
 
 
477 aa  45.1  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0316215  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1408  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  25.43 
 
 
472 aa  44.7  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0738105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4983  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  23.72 
 
 
480 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80635  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5098  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.81 
 
 
455 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0486  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  27.69 
 
 
489 aa  44.7  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00092134  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2705  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  24.06 
 
 
511 aa  45.1  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.234649  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57330  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  23.72 
 
 
480 aa  44.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2496  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  27.27 
 
 
473 aa  43.9  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.594134  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1992  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  30.97 
 
 
466 aa  44.3  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00736654  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2626  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  23.39 
 
 
469 aa  43.9  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000210646  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2401  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  22.65 
 
 
455 aa  43.9  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4050  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.17 
 
 
469 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6176  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.74 
 
 
466 aa  43.5  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.138978 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2084  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  34.21 
 
 
463 aa  43.5  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0517095  decreased coverage  0.000454332 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1845  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  31.5 
 
 
537 aa  43.5  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.186295 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2153  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.41 
 
 
461 aa  43.1  0.008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.136521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4635  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.03 
 
 
455 aa  43.1  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0173708 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>