192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1250 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  100 
 
 
455 aa  939    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  55.56 
 
 
445 aa  528  1e-149  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  51.2 
 
 
452 aa  461  9.999999999999999e-129  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  51.13 
 
 
445 aa  455  1e-127  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  48.53 
 
 
449 aa  437  1e-121  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  48.53 
 
 
441 aa  430  1e-119  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  46.89 
 
 
447 aa  428  1e-118  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  43.89 
 
 
443 aa  372  1e-102  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  41.8 
 
 
451 aa  350  2e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  41.8 
 
 
451 aa  350  2e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  38.1 
 
 
467 aa  293  5e-78  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  37.45 
 
 
467 aa  276  6e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  35.45 
 
 
462 aa  256  4e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  36.22 
 
 
446 aa  241  2e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  31.81 
 
 
458 aa  236  7e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  33.04 
 
 
447 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  33.33 
 
 
446 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  32.21 
 
 
476 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  32.72 
 
 
445 aa  233  5e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  35.97 
 
 
437 aa  231  3e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  36.27 
 
 
437 aa  229  6e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  36.27 
 
 
437 aa  229  6e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  31.78 
 
 
464 aa  225  1e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  32.1 
 
 
445 aa  224  4e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  33.11 
 
 
469 aa  222  9e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  31.69 
 
 
445 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.27 
 
 
455 aa  219  7.999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  31.15 
 
 
474 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  31.32 
 
 
491 aa  212  1e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  31.35 
 
 
466 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  30.49 
 
 
448 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  30.49 
 
 
448 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  33.79 
 
 
444 aa  207  3e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  30.75 
 
 
463 aa  204  4e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  33.05 
 
 
474 aa  197  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  29.89 
 
 
463 aa  197  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  30.07 
 
 
744 aa  195  2e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  29.22 
 
 
507 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  31.15 
 
 
436 aa  187  4e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  30.47 
 
 
456 aa  184  4.0000000000000006e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  29.57 
 
 
429 aa  182  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  30.18 
 
 
412 aa  178  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  32.01 
 
 
418 aa  178  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  27.75 
 
 
413 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  31.99 
 
 
418 aa  171  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  29.61 
 
 
424 aa  169  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  28.67 
 
 
408 aa  167  4e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  28.67 
 
 
408 aa  167  4e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  28.05 
 
 
411 aa  166  6.9999999999999995e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  28.67 
 
 
408 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  28.73 
 
 
412 aa  164  4.0000000000000004e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  28.71 
 
 
425 aa  164  4.0000000000000004e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  29.5 
 
 
394 aa  162  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  28.51 
 
 
425 aa  159  1e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.3 
 
 
490 aa  157  3e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  28.57 
 
 
406 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  30.79 
 
 
410 aa  150  5e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  29.11 
 
 
421 aa  150  6e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  28.79 
 
 
472 aa  148  2.0000000000000003e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  31.1 
 
 
417 aa  147  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  28.1 
 
 
420 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  28.1 
 
 
415 aa  144  5e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  28.97 
 
 
430 aa  142  9e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  29.95 
 
 
416 aa  140  4.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  30.12 
 
 
408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  29.06 
 
 
429 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  27.71 
 
 
470 aa  124  4e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1644  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  27.73 
 
 
461 aa  64.3  0.000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000174573  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6979  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.71 
 
 
463 aa  58.5  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0152734  hitchhiker  0.0000000420248 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0486  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  28.34 
 
 
489 aa  57  0.0000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00092134  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1435  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  24.56 
 
 
455 aa  56.6  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0264  UDP-N-acetylmuramyl pentapeptide synthase  23.74 
 
 
455 aa  55.8  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2359  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  35.04 
 
 
454 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0150548 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2645  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  30.6 
 
 
495 aa  54.7  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0204  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  22.68 
 
 
463 aa  54.7  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.516376  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0493  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  36.17 
 
 
460 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2192  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  31.03 
 
 
466 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2013  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  25.1 
 
 
460 aa  53.5  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1742  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  26.43 
 
 
467 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0304056  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1992  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  31.03 
 
 
466 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00736654  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1685  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.98 
 
 
460 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.500264 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1845  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  31.06 
 
 
537 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.186295 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0509  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.1 
 
 
461 aa  50.8  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0053  UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase  23.94 
 
 
464 aa  50.4  0.00006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0436  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanylligase  22.8 
 
 
460 aa  50.4  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27400  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  28.78 
 
 
472 aa  50.1  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.618514  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2094  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  27.74 
 
 
475 aa  49.3  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0467874  hitchhiker  0.00000530734 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5762  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  29.29 
 
 
466 aa  49.3  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.500681  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0182  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  22.88 
 
 
478 aa  49.7  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0120552  normal  0.632755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5174  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.77 
 
 
455 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1277  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  31.91 
 
 
466 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.396011  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0492  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.74 
 
 
461 aa  49.7  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3016  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  32.33 
 
 
529 aa  49.7  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.688365  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2989  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  32.31 
 
 
475 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0256473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4050  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  30.28 
 
 
469 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2493  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  23 
 
 
522 aa  48.5  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3396  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  29.31 
 
 
470 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.291122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3518  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  22.98 
 
 
484 aa  48.5  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0977  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  23.55 
 
 
457 aa  49.3  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000230391  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0233  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  22.96 
 
 
458 aa  48.9  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>