More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0966 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  100 
 
 
464 aa  962    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  44.4 
 
 
474 aa  397  1e-109  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  42.83 
 
 
466 aa  372  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  43.56 
 
 
469 aa  355  6.999999999999999e-97  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  42.17 
 
 
476 aa  354  2e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  40.4 
 
 
463 aa  332  1e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  38.88 
 
 
446 aa  322  9.999999999999999e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  36.38 
 
 
467 aa  308  2.0000000000000002e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  39.06 
 
 
446 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  39.15 
 
 
444 aa  300  4e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  34.96 
 
 
462 aa  294  2e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  36.75 
 
 
467 aa  287  2.9999999999999996e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  36.96 
 
 
437 aa  278  2e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  37.17 
 
 
463 aa  276  5e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  35.09 
 
 
445 aa  276  6e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  36.96 
 
 
437 aa  273  3e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  36.96 
 
 
437 aa  273  3e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  38.83 
 
 
474 aa  273  6e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  35.01 
 
 
448 aa  272  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  35.01 
 
 
448 aa  272  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  36.42 
 
 
455 aa  271  2e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  35.97 
 
 
456 aa  269  1e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  35.68 
 
 
445 aa  267  2e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  35.79 
 
 
449 aa  265  1e-69  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  34.22 
 
 
458 aa  265  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  34.8 
 
 
447 aa  262  8e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  34.53 
 
 
491 aa  258  1e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  36.49 
 
 
436 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  34.39 
 
 
451 aa  242  1e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  33.13 
 
 
507 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  34.39 
 
 
451 aa  241  2e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  35.52 
 
 
441 aa  241  2e-62  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  34.54 
 
 
447 aa  239  9e-62  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  33.93 
 
 
445 aa  231  3e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  34.19 
 
 
744 aa  225  1e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.78 
 
 
455 aa  222  9.999999999999999e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  32.33 
 
 
452 aa  217  4e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  30.84 
 
 
443 aa  209  1e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.8 
 
 
445 aa  202  9.999999999999999e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.12 
 
 
490 aa  189  9e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  31.1 
 
 
430 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.42 
 
 
445 aa  179  1e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  32.45 
 
 
429 aa  173  6.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  27.93 
 
 
472 aa  166  5.9999999999999996e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  31.71 
 
 
418 aa  152  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  28.51 
 
 
411 aa  150  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  28.25 
 
 
412 aa  150  6e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  27.98 
 
 
429 aa  144  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  28.74 
 
 
424 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  28.71 
 
 
418 aa  139  7e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  28.61 
 
 
394 aa  139  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  27.39 
 
 
470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  28.44 
 
 
412 aa  130  6e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  29.52 
 
 
421 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  30.28 
 
 
416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  28.44 
 
 
425 aa  124  5e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  27.36 
 
 
413 aa  123  7e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  27.84 
 
 
408 aa  120  7e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  27.84 
 
 
408 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  30.03 
 
 
417 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  27.84 
 
 
408 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  28.17 
 
 
410 aa  111  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  27.87 
 
 
425 aa  108  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  26.98 
 
 
408 aa  108  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  27.87 
 
 
406 aa  106  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  26.03 
 
 
420 aa  105  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  25.81 
 
 
415 aa  102  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0486  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  32.34 
 
 
489 aa  67.4  0.0000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00092134  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0451  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  25.18 
 
 
491 aa  66.6  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.367175  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0844  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.6 
 
 
468 aa  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.952175 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0977  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  22.55 
 
 
457 aa  63.9  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000230391  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15291  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  23.1 
 
 
477 aa  63.5  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1481  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  25.08 
 
 
463 aa  63.2  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3978  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  28.11 
 
 
468 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0676  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  24.67 
 
 
462 aa  61.6  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0480  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  23.73 
 
 
459 aa  60.8  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000047898  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3809  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.86 
 
 
496 aa  60.5  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2409  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  29.41 
 
 
473 aa  60.5  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.125264 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0920  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  23.96 
 
 
485 aa  60.1  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.350013  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2723  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  27.79 
 
 
464 aa  60.1  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3325  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.77 
 
 
451 aa  59.3  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.148113  normal  0.545808 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2609  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  24.36 
 
 
493 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000060186 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2414  Mur ligase family protein  23.49 
 
 
401 aa  59.7  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00339863  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0448  UDP-N-acetylmuramoylalanine/D-glutamate ligase  30 
 
 
471 aa  59.3  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.483949  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1496  UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase  22.96 
 
 
449 aa  59.3  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2925  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  25.27 
 
 
471 aa  59.3  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000583962  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0055  cyanophycin synthetase  22.75 
 
 
894 aa  58.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2371  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.49 
 
 
493 aa  58.9  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00139261  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2672  cyanophycin synthetase  25.23 
 
 
871 aa  58.9  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1076  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  23.61 
 
 
467 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_002978  WD0495  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  23.13 
 
 
498 aa  58.5  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.542563  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3631  UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase  25.29 
 
 
453 aa  57.8  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0135  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  23.9 
 
 
569 aa  57.8  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3715  UDP-N-acetylmuramate  24.46 
 
 
463 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.284127  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0359  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.47 
 
 
476 aa  57.4  0.0000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0898  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  24.5 
 
 
486 aa  57.4  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0617  cyanophycin synthetase  33.13 
 
 
894 aa  57.4  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.634255  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0719  UDP-N-acetylmuramate  24.46 
 
 
463 aa  57.4  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.161321  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3592  UDP-N-acetylmuramate  24.46 
 
 
463 aa  57.4  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.421536  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2401  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  24.27 
 
 
455 aa  57.4  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>