More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4768 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4768  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 509 aa  1021    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.474869  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2380  periplasmic solute binding protein  65.72 
 
 		 514 aa  627  1e-178  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0133662 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2620  periplasmic solute binding protein  57.37 
 
 		 532 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2033  periplasmic solute binding protein  55.69 
 
 		 532 aa  548  1e-154  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.479216  normal  0.395219 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1238  anchored repeat ABC transporter, substrate-binding protein  43.01 
 
 		 571 aa  434  1e-120  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000243739 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  38.46 
 
 		 294 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  43.02 
 
 		 310 aa  124  5e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  36.57 
 
 		 292 aa  124  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  40.1 
 
 		 305 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  39.25 
 
 		 313 aa  120  6e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  41.01 
 
 		 333 aa  120  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  39.13 
 
 		 301 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  39.47 
 
 		 307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  36.36 
 
 		 494 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  38.98 
 
 		 301 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  35.79 
 
 		 497 aa  117  5e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  36.72 
 
 		 305 aa  113  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  38.1 
 
 		 304 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3046  periplasmic solute binding protein  36.26 
 
 		 336 aa  113  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0205239  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  35.35 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  40.21 
 
 		 291 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  36.41 
 
 		 302 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  39.43 
 
 		 309 aa  109  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  32.4 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  33.14 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  38.55 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  31.84 
 
 		 303 aa  108  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  39.43 
 
 		 309 aa  108  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  33.89 
 
 		 317 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  34.27 
 
 		 328 aa  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  34.44 
 
 		 326 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  32.42 
 
 		 325 aa  107  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  31.87 
 
 		 344 aa  105  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  32.02 
 
 		 325 aa  104  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07770  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  39.01 
 
 		 331 aa  104  3e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  36.81 
 
 		 321 aa  104  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  34.1 
 
 		 310 aa  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2836  periplasmic solute binding protein  32.2 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  33.9 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  38.1 
 
 		 327 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  37.75 
 
 		 291 aa  101  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  34.44 
 
 		 316 aa  101  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  34.09 
 
 		 346 aa  101  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  32.57 
 
 		 319 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  37.22 
 
 		 301 aa  100  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0773  periplasmic solute binding protein  30.68 
 
 		 335 aa  100  8e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0800  periplasmic solute binding protein  30.68 
 
 		 335 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.043708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  32 
 
 		 304 aa  99.4  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  36.81 
 
 		 307 aa  99.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.49 
 
 		 315 aa  99.4  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  40.48 
 
 		 311 aa  99  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2846  periplasmic solute binding protein  36.17 
 
 		 335 aa  98.6  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  31.43 
 
 		 304 aa  97.4  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  33.52 
 
 		 346 aa  97.1  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  34.09 
 
 		 345 aa  97.1  8e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  39.06 
 
 		 289 aa  97.1  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  33.15 
 
 		 319 aa  96.7  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1164  periplasmic solute binding protein  33.52 
 
 		 321 aa  95.9  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.231796 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  33.91 
 
 		 307 aa  95.9  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  35.59 
 
 		 320 aa  95.5  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  34.55 
 
 		 323 aa  94.7  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  31.25 
 
 		 313 aa  95.1  3e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  37.01 
 
 		 293 aa  95.1  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  37.35 
 
 		 311 aa  94.7  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  35.71 
 
 		 354 aa  94.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  35.23 
 
 		 309 aa  94.4  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  31.07 
 
 		 322 aa  94.7  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  42.4 
 
 		 339 aa  94.4  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  35.48 
 
 		 300 aa  94  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  34.64 
 
 		 315 aa  94.4  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  26.99 
 
 		 290 aa  94  5e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0688  periplasmic solute binding protein  30.68 
 
 		 314 aa  94.4  5e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000152738  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  31.94 
 
 		 371 aa  94  6e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  36.84 
 
 		 309 aa  94  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  34.46 
 
 		 344 aa  94  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  34.66 
 
 		 306 aa  94  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  28.73 
 
 		 353 aa  93.6  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  35.03 
 
 		 321 aa  93.6  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1704  putative high-affinity zinc uptake system protein  36.16 
 
 		 356 aa  93.2  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0200273  normal  0.0153509 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02035  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  28.98 
 
 		 303 aa  93.2  9e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  30.51 
 
 		 322 aa  92.8  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  30.51 
 
 		 311 aa  92.8  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  34.94 
 
 		 298 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  34.94 
 
 		 298 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  30.43 
 
 		 316 aa  90.9  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.34 
 
 		 305 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.34 
 
 		 305 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.34 
 
 		 305 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.34 
 
 		 305 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.51 
 
 		 313 aa  91.3  4e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.34 
 
 		 305 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2805  periplasmic solute binding protein  32.14 
 
 		 326 aa  90.5  6e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1995  periplasmic solute binding protein  33.7 
 
 		 370 aa  90.1  8e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  29.71 
 
 		 347 aa  89.4  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  38.71 
 
 		 320 aa  89.4  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  35.16 
 
 		 308 aa  89  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  42.11 
 
 		 339 aa  89  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  29.35 
 
 		 310 aa  89.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  28.42 
 
 		 321 aa  87.8  4e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  31.11 
 
 		 368 aa  88.2  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>